作家借柳璀之口道出了自己的憎惡：“假定全世界都認為犀牛角真能勝過偉哥，又如何？她想到了曾經看到的揭發報道，北方某公司把飼養的熊胸前剖開一個口子，掛了一個瓶，天天收取膽汁。那麼犀牛如何取角？一大群的犀牛被處死，鋸掉了角，倒在陽光下的養殖場院裏，黑壓壓的蒼蠅圍著血淋淋的屍體嗡嗡叫著，這個集體殘殺的場麵太可怕了。”科學技術的發展究竟帶給人類，帶給地球的是福還是禍？人類借助科技之手可以操控自然，征服自然，改變自然，就一定是文明的進步嗎？諾貝爾獎獲得者、紐約州立大學教授豪普特曼在《科學家在21世紀的責任》一文中說：“一方麵是閃電般前進的科學和技術，另一方麵則是冰川式進化的人類的精神態度和行為方式——如果以世紀為單位來測量的話。科學和良心之間、技術和道德之間的這種不平衡衝突已經達到了如此地步：它們如果不以有力的手段盡快地加以解決的話，即使毀滅不了這個地球本身，也會危及整個人類的生存。”87深層生態學家奈斯也說過類似的話：“在我們的文明中，我們已掌握了隨意毀滅其他生命的工具，但我們對其他生命的情感卻十分的不成熟。迄今為止，絕大多數人的情感都是十分狹隘的。”88
在這段描寫裏，虹影借柳璀之眼看到人類的愚昧、自私和殘酷。為了自己的享受而殘無人道的虐殺動物，並期望借助科學技術來更大規模控製生物，以獲取利益。“她已經明白了人類的傲慢。這讓她想起了在顯微鏡下看到的細菌菌落，那無窮分裂，繁殖量級數增，把培養皿上全部的膠質都吞食，然後才罷休，才集體死亡，剩下個別的裹成休眠孢子，不死不活地等待下次感染的機會。最高級生物與最低級生物，怎麼會走上一條路？”
作者高妙還在於把曆史和現實糾結在一起，把人類之間的相互殘害與人對自然的殘害結合在一起，更深刻多麵地展現人性的醜惡。在柳璀還在為丈夫有外遇並對她刻意隱瞞而生氣時，丈夫告訴她一個驚天秘密，當年柳專員的檔案材料裏還有一份柳璀母親所寫的揭發材料，而其他材料都是他以前的老部下所寫。這種人類因權力而相互虐殺的事件與人類為了取膽汁而終日在熊身上吊個瓶，與人類幾乎殺光了犀牛，使其變成瀕危動物後，又想克隆犀牛以取角壯陽之類的愚昧事件並置在一起，使人類的自私貪婪，人性的黑暗殘暴展露得更為清晰徹底。人類為了一己之私什麼事都能做出來，而人與獸之間的殘殺不一樣的是，人類會為自己的暴虐安上許多堂皇動聽的美名，甚至將之變成自己的成績，從而博取名利。
當年的柳專員犧牲掉原本就應該被新製度消滅的和尚妓女使自己升遷。而他的部下犧牲掉他而保全了自己。今天的吳董事長以犧牲犀牛來獲取巨額財富，並想用錢買通科技生產更多犀牛使他更發財。李路生之所以將埋藏多年的柳璀父母的秘密告訴柳璀，隻是想保住他的婚姻，以免他在政治生涯轉折時不要出事。
被鎮壓的紅蓮何許人也？在陳阿姨的敘述裏，不過二十五六歲，“長得挺漂亮，瓜子臉蛋，雙眼皮，身段也好，女紅最上手，人又勤快幹淨。可惜命苦，父母雙亡，不滿哥哥包辦婚姻，深夜逃出村莊，不幸被人拐賣給走船的老板，又被轉手賣給妓院。”當初逃婚是因為沒有見過夫家，害怕嫁給個歹人，而改造班的前途是被領出去結婚，這讓她十分害怕。陳阿姨私自放走紅蓮。她沒想到會給紅蓮帶來更大的災難。在這樣一個幾乎是過場人物身上集中了虹影關於女性命運的探討。或者說以紅蓮為中心，凸現了女性問題。革命話語的年代關於女性的話語是，男女都一樣，女人也頂半邊天。而在實際的生活際遇裏，那些從戰場上回來的男性英雄可以隨意休掉家鄉的黃臉婆，在女學生中另擇佳偶，柳璀父親就是其中一個。在這些婚姻裏，挑選的主動權依然握在男人手裏，女人是被看中，然後又組織出麵“說服”。因此紅蓮死後，陳阿姨和柳璀母親都有一個很大的改變，尤其是柳璀母親，她幹脆不與柳專員同床了，婚姻變得名存實亡。
同時虹影寫到觀眾的殘酷，在和尚妓女被捆示眾時，“街上擠得像煮開了鍋的沸水，人們亂吼亂叫、警衛班開道也很難通得過去。人看淫婦過了癮後，還要擠到另一邊看無恥的和尚，看過無恥的和尚的，還要擠過來看淫婦。趕集的農民、鎮上的市民，一個個都想鑽到前麵，朝兩個人吐口水，扔臭菜幫和臭爛布鞋。有的人還用尖石頭砸他們。
陳阿姨看到這兩個人頭上、身上、臉上，掛滿了口沫和濃黃的痰，石頭打出的血，順著往下流，樣子慘不忍睹。擠到武裝部前麵這一段街時，人更多，很多老百姓跑上去又擰又捏，抓紅蓮的兩個奶子，抓和尚腿間的那蔫成一團的玩意兒。警衛看這陣勢，無法無天，根本攔不住，隻好不管，人們鬧得更凶。街上一個女人竟然找了根擀麵杖似的東西，去捅紅蓮的下身，捅出鮮血來，周圍一片喊好。”
如此的暴虐，沒有了一丁點兒對於生命的同情，人們陶醉於對惡的懲罰中，陶醉於和尚妓女私通這個特殊的刺激性罪名所帶來的精神迷狂，已忘記了作為人本身的善和對人本身的愛護。這正是柳專員用意之所在，他用這種方式激發民眾對奸情的義憤，將這兩人捆綁示眾，使他們失去辯解的機會，從而坐實了他們的罪名，順利、果斷而又迅速地將其槍斃。這種集體的惡不僅僅關乎道德，似乎在這種集體迷狂中，人已非人，已失去了最起碼的是非判斷。人性所顯露的是徹底的黑暗。
在柳專員他們看來，和尚不聽召令，原本該死，妓女不服改造，也活該當誅，用“通奸”罪名及將其裸體示眾刺激了公眾的神經，變成了公眾欲殺他們。在這裏所顯露的政治的黑暗，人性的肮髒，是近乎憤激的說出的。喧囂與血腥，殘酷與黑暗，犧牲與掠奪，已無法用語言來評說，對人的尊嚴、生命、情感的無情踐踏，都隻是為了一個“權”字。
柳專員也在文革中遭受了同樣的冤屈和肆意虐待，被關押、被往死裏整，最後從十二樓跳樓自殺。這種看似“德虧必報”的一筆補寫實際上再次強調了人性的黑暗。
“柳璀一閉上眼睛，就看見一群少年在打一個四五十歲的男人，把他按在牆上，拳打腳踢。那人倒在地上，不停地求饒。
她完全能想象父親在台上的樣子：頭發剃掉一半，脖子上垂著沉甸甸的木塊，上麵墨汁淋淋地寫著他的名字，胡亂塗了點紅杠子，前麵加了各種最難忍受的形容詞。被造反派紅衛兵雙臂反剪，坐噴氣式飛機，她完全可以想象這一切，她並沒有覺得痛苦，卻感到十分羞辱。”
四十多年後，因遷移費被扣，手執請願書的陳月明和其它三峽移民被警察電棍打，銬上手銬、拘留。他又成為酒店經理和汪主任之流的把柄，用以控製或威脅李路生、柳璀。人對人的暴虐似乎並沒有因為時間的遷移而有所改變。曆史與現實在暴力麵前重合，使得小說的主題進一步強化。
柳璀的孤獨，她對一個溫暖的哪怕是貧窮的家的渴望，使她更像一個原本麵貌的人，她是脆弱的並且清楚地知道自己的脆弱，哪怕她成為了大教授、科學家，她也認為自己在世界上的脆弱。她清晰記得十多歲在內蒙古大草原插隊的那個晚上，寒風飄雪，她騎著馬奔馳在茫茫黑夜，終於看見一處燈光，“她想那如果就是家，有多好，一盞小小的油燈，周圍有四麵泥牆護住的溫暖，隔開這個冷漠無人性的世界。”她需要理解、需要愛，“而她所謂的家中，誰也沒有理解她，母親、丈夫、已故的父親。她感到他們都離她太遙遠，太冷漠，就像遙不可及的寒夜之光。”在這種敘述裏，人與人之間的理解變得艱難，柳璀的父母背負著自己的過去，他們在各自的罪惡感和譴責中無法自拔，他們之間長達十多年的無性生活說明他們之間的無法溝通和理解，甚至存在著難以逾越的恨。因這種“恨”而生的對生活的厭棄又轉到了柳璀身上，父母與子女之間同樣存在著巨大的鴻溝。十六歲被迫去投靠李伯伯，寄人籬下的生活裏她感受到的更多的是“恩”。“實際上無人真正關心過她，那些在她生活裏穿過的人，誰也沒有功夫走入過她的心靈。從那時起，她內心的痛苦，就一直被她小心地掩埋起來……那種孤獨那種永遠無法擺脫的孤獨。”這種孤獨更近似於人類普遍的孤獨。
千年時光在人類看來無比漫長，而對地球，對宇宙而言，不過是一個瞬間。人類的傲慢在這裏顯得無比渺小和可笑。就像書中的柳璀一樣。她會有機會了解自己的曆史，自己的出生，也就更能清楚地理解自己的處境和前方的困惑，她正站在一個至為關鍵的轉折點上。人類也一樣。我們隻有一個地球，地球上每一個人，每一件物體都是緊密聯係在一起的，傷害其中某一類人或某一類物種，就是對地球的殘害，就會使利刃反過來刺到我們自身。
小說末尾附了明代田汝成《西湖遊覽誌》中一段話，說一位官吏到任某地，水月寺和尚玉通不去赴宴，此官派妓女吳紅蓮前去引誘和尚，和尚經不住誘惑，後知是官吏授意的計謀，羞憤而死。死時詛咒要壞官員門風，而官員生下女兒柳翠，流落煙花巷，二十八歲後經點化悟前生，圓寂歸佛。這樣一個類似民間傳說的故事附在小說後是何用意呢？是編輯為了淡化作品中尖銳的政治色彩？還是虹影為了強化小說中人類一代代重複著的自私、狹隘、愚昧？都可自圓其說。我認為所謂的輪回之說不過是一個偽裝，一種打通曆史、現實與未來的手段。在這種輪回視野裏，虹影想說，每個人頭頂有一個“天道”，會有善惡輪回的回報。每個人都要為自己正在做的事情負責。手中握有大權的人，要為自己的決策，為民族的命運和世界的明天而擔負更大的責任。
而代後記《我到三峽走親戚》可算是作品真正的補敘。因為整部作品到柳璀深夜找到月明，之後兩人坐看長江就結束了，實在結束得草率。很多思考剛剛開始就潦草地收尾了。所以我稱《孔雀的叫喊》是半部傑作。而在這篇後記裏，虹影用抒情的筆調反複說，我是三峽的女兒，我對三峽有深情。三峽的前途命運牽扯著她的心。她差一點就永遠留在了長江邊的鄉村裏，如果不是她母親突發善心接回她的話。她的生活很可能就是陳阿姨，陳月明，甚至蝶姑的生活。