首先，在曆史認識問題上，日本認為日本政府已經在1972年發表的《中日共同聲明》以及1995年6月發表的《村山談話》中，對戰爭所帶給中國人的災難向中國做了道歉，而中國認為《中日共同聲明》並沒有明確的道歉之意，也沒有將《村山談話》當作正式的道歉，因為村山講話當時主要針對的是日本國內漸起的試圖美化曆史、否定侵略的聲音，並不是對中國或者韓國；同時村山講話嚴格說來並不具備法律效應。在關於戰爭賠款問題上，1972年發表的《中日共同聲明》中，中國放棄了“國家戰爭賠償請求權”。
進入20世紀90年代之後，中國民間要求戰爭賠款的聲浪漸起。從日本方麵來看，日本向中國提供的ODA政府開發援助是另一種形式的戰爭賠款，但是從中國方麵來看， ODA政府開發援助是一種需要償還本息的經濟貸款，與戰爭賠款並無相關性。在關於南京大屠殺、慰安婦問題等一係列與曆史認知相關的問題上，日本國內一直存在著正視、否定、部分承認等不同的聲音。但是近年來，隨著日本國內的整體右傾化，知識分子和政府官員等精英階層中，否定南京大屠殺以及慰安婦問題的聲音越來越高。例如，2012年2月名古屋市長河村隆之就公開發表否定南京大屠殺的言論，該言論也受到包括安倍晉三、石原慎太郎等在內的政治精英以及其他日本保守政治勢力的支持。教科書問題從1982年開始就是引發中日民族主義衝突的一顆定時炸彈。日本的教科書由民間機構編撰出版，所出版和修訂的教科書必須向文部科學省申請鑒定，合格之後方可向學校出售。學校有自行選擇教科書的權力，但是所選定的教科書必須是經文部科學省鑒定合格的。圍繞日本試圖修改教科書的爭端，從1982年開始多次引發中日雙方民族主義的衝突。
主張修改曆史教科書的日本人認為，將大東亞戰爭看作“侵略史”是一種自虐史觀，是自我矮化。在修改教科書的同一目標之下，也存在著不同的主張。第一種觀點認為大東亞戰爭是日本反抗西歐列強帝國主義的自衛戰。第二種觀點部分承認日本對中國等亞洲國家的侵略，但是將侵略定義為“阻止 （西歐列強） 侵略的侵略”，認為其目的是為了將亞洲國家從西歐帝國主義的侵略中解救出來。第三種觀點主張“日歐同罪”，認為不應該隻追究日本的戰爭責任。理由是日本隻是效仿了歐美近代化過程中對亞洲國家的殖民做法。第四種觀點完全否定侵略，認為戰爭不存在問責，如果講責任的話，中日雙方都有責任。第五種觀點認為戰爭責任是有曆史性和時效的，現在那麼多年過去了，再談戰爭責任問題不合時宜。在今天的日本年輕人中，持第五種觀點的人非常普遍。
在日本首相參拜靖國神社問題上，小泉純一郎的辯解非常具有代表性，他認為參拜靖國神社是“日本人的情感表達方式”、“靖國神社除了甲級戰犯以外也供奉著眾多的不得不卷入戰爭而最終為國捐軀的英靈”、“參拜靖國神社不是為了紀念軍國主義，而是為了哀悼戰爭中犧牲的將士，為了不再發生戰爭而為”。針對2013年4月23日168名國會議員的盛大參拜，安倍和麻生更是異口同聲回應中韓指責：“祭奠為國捐軀的將士，何罪之有？” 日本國內精英圈中對重要政治人物參拜靖國神社曆來有反對派、分祀派 （主張將甲級戰犯移出） 和支持派等不同的聲音。大多數普通的日本人，對靖國神社參拜問題並不是很關心，但是也有一些日本人認為靖國神社供奉著明治維新以來國內外戰爭中死去的250萬英靈，對死者值得表敬意。據時事通訊社在2013年1月的輿論調查，被訪者中讚成首相參拜靖國神社的有56%，反對者為26%。
中國和韓國等被日本侵略的亞洲國家認為，靖國神社與其他神社不同，它戰前為國家神社，是日本軍國主義精神的象征，戰後雖然改為宗教法人，但是其象征意義依然存在。再加上裏麵供奉的甲級戰犯是犯下戰爭罪行的人，參拜靖國神社意味著否定侵略行為。