魏文侯的信任為吳起提供了一個施展才華的舞台，可惜好景不長，魏文侯病死了，魏武侯繼位。此時的魏相是公叔，他對吳起十分畏懼，想要害掉吳起。再加上他的妻子是魏國公主，由此他心生一計。他勸武侯把妹妹嫁給吳起以試探其忠心。吳起如果接受，那麼他肯定不會有二心；如果不接受，就說明他不甘久居於魏國，需要提早提防。公叔先把吳起請到家裏，令他目睹公主對丞相丈夫的羞辱和嗬斥。自尊心本來就很強的吳起看過之後自然心生反感，當魏武侯再向他提出婚事時，他馬上拒絕了。同時，吳起也失去了魏武侯的信任，隻得再次離開魏國，到他國謀出路。
2.楚國任相，變法革新
後來，吳起來到楚國謀求生路。楚悼王早就聽說吳起很有才幹，就任命他為相。吳起任相後做的第一件事便是在楚國實施變法。他的變法首先從精簡政府機構和人員開始。他嚴明法令，裁汰冗員，廢除了較疏遠的公族，把節省下的錢糧充入軍費，用以更新軍備，加強國防。軍資充足的楚軍，戰鬥力迅速提升。隨著國力的強盛，吳起又領兵平定了南麵的百越，兼並了北麵的陳國和蔡國，擊退了韓、趙、魏的擴張，並向西征討秦國。在吳起的大力改革下，楚國很快成為了軍事強國，聲威大震，各諸侯國都深感不安。
吳起的革新變法雖然使楚國強大了，但是他實施的精簡政策卻得罪了原來楚國的貴族，他們早就恨死了吳起。公元前381年，楚悼王駕崩，貴族大臣馬上掀起了意在殺死吳起的叛亂。在楚悼王的靈堂裏，叛兵衝殺進來。吳起急忙跑到楚悼王的屍體旁伏在屍體上，以為這樣可以使叛兵有所顧忌。但追殺吳起的楚國貴族還是射殺了吳起，同時箭也射到了楚悼王的身上。後來楚肅王即位，凡是射中楚悼王屍體的人皆被斬殺。
3.以治為勝，安危在德
吳起善於用兵，更善於治兵。他在帶軍征戰的同時，還總結了戰國初期軍事鬥爭的經驗，並將其深化、發展為兵法謀略的理論，成之於《吳子》一書。
吳起的治兵思想強調“以治為勝”，他認為兵不在多而在“治”，並且首創考選士卒之法：凡能身著全副甲胄，執12石之弩(12石指弩的拉力,一石約今30公斤)，背負矢50個，荷戈帶劍，攜三日口糧，在半日內跑完百裏者，即可入選為“武卒”。“武卒”可享受免除全家徭賦和田宅租稅的待遇。經過嚴格訓練的“武卒”，最終成為國之精銳部隊。此外，吳起主張賞罰分明、教戒為先，要求做到“進有重賞，退有重刑”。他認為若法令不明，賞罰不信，即便擁有百萬之師也沒用。他還曾斬殺一名未奉令即進擊敵軍的兵士，以示軍令。對於將領的選拔，吳起堅持選拔符合“總文武”、“兼剛柔”，且能夠“率下安眾、怖敵決疑”(《吳子·論將》)的人為將帥。
吳起做將軍時，不僅能夠以身作則，還能同將士同甘共苦。平日裏，他和最下層的士卒同衣同食，而且睡覺時不鋪席子，行軍時也不騎馬坐車。遠征時，他親自背幹糧，和士卒共擔勞苦。他極為關心、體貼士兵的冷暖，能為士兵排憂解難，甚至士卒中有人生瘡，吳起還用嘴為他吸膿。
史書曾記載一則趣事：吳起為一個生病的士兵吮疽，這個士兵的母親知道這件事後大哭起來。別人問：“你兒子隻是個士兵，將軍親自為他吸取瘡上的膿，你為什麼還要哭呢？”母親回答：“我不是為這件事感動而哭，而是以前吳將軍就曾為他父親吸過瘡上的膿，他父親作戰時就一往無前，因而戰死。現在吳將軍又為我兒子吸瘡上的膿，看來我的兒子也快死了，所以我哭。”這則趣事反映出吳起之兵為何如此勇敢。吳起懂得從根本上治軍的方法，那就是“使士卒樂死”。他關愛下屬到了這樣的程度，怎能不令他的士兵因感動而在戰場上以死效命呢？
“內修文德，外治武備”是吳起總的軍事思想，簡而言之，就是他認為國家要想在軍事上立於不敗之地，必須做到政治與軍事並重，而且一國的政治建設往往決定了其戰爭的勝負。國家的安危“在德不在險”，便是吳起的軍事觀點。
吳起曾與魏武侯一起乘船順西河而下，船到中流，武侯說：“美哉乎山河之固，此魏國之寶也!”吳起卻對答道：“在德不在險。昔三苗氏左洞庭，右彭蠡，德義不修，禹滅之。夏桀之居，左河濟，右泰華，伊闕在其南，羊腸在其北，修政不仁，湯放之。殷紂之國，左孟門，右太行，常山在其北，大河經其南，修政不德，武王殺之。由此觀之，在德不在險。若君不修德，舟中之人盡為敵國也。”武侯對他的話很讚同。吳起的這番話，就是在強調一國之君修明政治是的必要性，而國君能否“善政”，關鍵在於君主的德行是否高尚。