耿弇來到上穀，收斬韋順、蔡充，吳漢又殺掉苗曾，調發幽州兵馬，引軍南下。耿弇跟隨劉秀平定了銅馬、高湖、赤眉、青犢等農民起義後，又追擊尤來、大槍、五幡、元氏等部。每場戰鬥，耿弇都身先士卒，親率精銳騎兵衝鋒陷陣，勢不可擋，敵兵懼其氣勢，皆望風而逃。
公元25年，劉秀稱帝，並拜耿弇為建威大將軍。耿弇時年僅二十二歲，成為劉秀手下最年輕的大將軍。公元26年，耿弇被封為好畤侯，管轄好畤、美陽二縣。公元27年，耿弇在穰地大敗公孫述手下的名將延岑，並俘虜了五千餘敵兵，得印綬三百。
2.南陽獻決策，三步平齊
大敗延岑軍後，耿弇跟隨光武帝行軍至南陽舂陵。在這裏，他向劉秀獻上平定山東張步之策，這是他謀劃已久的戰略計劃。他提出需北進上穀調集兵馬，首先攻打漁陽的彭寵和涿郡的張豐，然後回師斬滅富平、獲索等農民軍，最後再東征張步，平定齊地。光武帝聽後盡管心存疑慮，但看到耿弇信心十足，誌在必得的氣勢，便點頭應允了他。
公元28年，耿弇與建義大將軍朱佑、漢忠將軍王常等率部攻打盤踞在望都、故安西山等賊寇，大獲全勝。與此同時，耿弇的父親耿況、弟弟耿舒也平定了漁陽的彭寵勢力。公元29年，耿弇與吳漢領兵攻打富平、獲索農民起義軍，經平原一戰，他們大獲全勝，農民軍兵敗投降者便有四萬之餘。至此，耿弇順利實現了“南陽決策”的前兩步計劃，剩下的便是集中精力攻克張步的勢力，收服齊地。
3.智謀取二城，聲東擊西
公元29年十月，耿弇率軍進攻齊地割據勢力張步。耿弇在攻破濟南後，直奔臨淄而來。張步聞濟南失守，忙命其弟張藍率精兵兩萬堅守西安（今山東淄博市東北），另派諸郡太守聚兵一萬防守臨淄，二城相距四十裏。耿弇軍至位於兩城之間的畫中（臨淄西南）。
耿弇通過視察地形發現，西安城雖小，卻堅固難攻，臨淄城雖大，卻易於攻破。於是他下令，五日後攻打西安。張藍聞訊，日夜戒嚴，不敢懈怠。五日後的半夜時分，耿弇突然命令將士在營地吃完飯後，夜襲臨淄。護軍荀梁等人提出應該先攻西安。耿弇說：“不然。西安聞吾欲攻之，日夜為備；臨淄出不意而至，必驚擾，吾攻之一日必拔。拔臨淄即西安孤，張藍與步隔絕，必複亡去，所謂擊一而得二者也。若先攻西安，不能卒下，頓兵堅城，死傷必多。縱能拔之，藍引軍還奔臨淄，並兵合勢，觀人虛實，吾深入敵地，後無轉輸，旬月之間，不戰而困矣。諸君之言，未見其宜。”於是當夜耿弇領兵突襲臨淄。果然如他所想，臨淄半日即被攻克，耿弇大軍入城。張藍聽說臨淄被克，大為震驚，遂慌忙丟棄西安，率部逃歸劇縣（山東省壽光市南）。
此一戰，臨淄、西安二城俱收，可謂一舉兩得。耿弇聲東擊西，智退張藍，全軍士氣大增，隻待決戰。
4.示弱誘張步，決戰臨淄
耿弇進入臨淄城後，嚴禁部下官兵隨意擄掠，並放言道：“等張步來的時候，一起捉拿”。意在激怒張步。張步聽說後不以為然，還大笑著說：“以尤來，大彤十餘萬眾，吾皆即其營而破之。今大耿兵少於彼，又皆疲勞，何足懼乎！”他甚至聲稱用二十萬兵力就可推進到臨淄城東。於是召集兄弟與各將領謀劃，準備對耿弇發起反攻。戰前，耿弇曾上書劉秀說：“我現在據守臨淄，深挖戰壕，高築城堡。張步從劇縣前來，即將反擊，可是他的部隊既疲勞又饑渴，他們前進，我就引誘他發動，然後迎頭痛擊。他們撤退，我就讓他們離去，然後尾追痛擊。我軍就在自己營壘前作戰，精神百倍，以逸待勞，以實攻虛，十天半月之內，可以斬下張步人頭。”可見耿弇對此戰是勝券在握的。
耿弇布兵於淄水之上，不想正與重異的部隊相遇。耿弇恐怕挫敗了敵軍的鋒芒，使張步心生畏懼而不敢前進，遂隱藏實力，率領部隊退回臨淄小城，假裝懦弱，以驕敵兵。他暗中卻在小城內安置兵力，另派都尉劉歆與泰山郡（山東省泰安市東）長陳俊領兵在城外戒備。
張步聽聞耿弇撤退，更加得意，頓時銳氣昂揚，揮軍直攻耿弇陣地，在城外跟劉歆短兵相接。耿弇登上高台遠觀，察看劉歆部隊作戰情形，然後親率精兵，自東城下攔腰橫斷張步兵陣，大破齊軍。激戰中，耿弇被飛箭射中大腿，他一聲不吭，隨即抽出佩刀，砍斷箭杆，堅持與兵士們血戰到天黑，方才收兵，近衛竟然都沒發現主帥受了傷。
第二日一大早，耿弇便率部出營。這時候，在魯縣的劉秀得到耿弇收到張步攻擊的消息，親自率軍前來救援。見援兵未至，陳俊就勸耿弇閉門休息，等皇上到了再戰。耿弇說：“皇上駕到時，我們做臣屬的，應當殺牛宰豬，用羔羊美酒，招待文武百官。豈能把強盜匪徒（張步），留給君王操心？”於是再度發兵攻擊，從早上麓戰到黃昏，大敗敵軍，奸敵無數，城中的水溝壕坑裏到處都填滿屍體。
入夜之後，張步率部將悄悄撤退。行至半路，伏兵突起，張步大驚。原來耿弇早就料到張步受到重創後，會脫離戰場，所以預先在路側設下埋伏，隻等他到來。伏兵一直將張步餘兵追至钜昧水邊（河名，流經山東省壽光市南），前後約八九十華裏，俘獲張步的輜重二千餘輛。一場拚殺後，橫屍遍野。張步逃回劇縣，其兄弟各領軍隊四散而去。
耿弇大破張步二十萬大軍後，光武帝的援軍才剛剛到達。劉秀親自犒勞眾將，大宴群臣，並對耿弇說：“昔韓信破曆下以開基，今將軍攻祝阿以發跡，此皆齊之西界，功足相方。而韓信襲擊已降，將軍獨拔勁敵，其功乃難於信也。”劉秀說耿弇的功勞與齊王韓信相當，而且此功績的創造難度更大，可見劉秀對耿弇的評價之高。想起耿弇先前在南陽的獻策，劉秀又說“將軍前在南陽建此大策，常以為落落難合，有誌者事竟成也！”這句名言也隨著耿弇的戰績流傳千古。