英軍的軍事部署為：
利斯將軍率領第30軍，下轄澳大利亞第9師、蘇格蘭第51師、新西蘭第2師和南非第1師，從北麵主攻“非洲軍團”陣地，負責殲滅“非洲軍團”的步兵部隊，在地雷區開辟兩條通道。接著，由拉姆斯登將軍率領第10裝甲軍，通過兩條通道，占領開闊地帶，阻擊德軍裝甲部隊的反攻。第13軍軍長霍羅克斯率領第7裝甲師、第44師和第50師在南麵進行佯攻，牽製德軍裝甲部隊，支援第10軍展開進攻。第13軍必須避免嚴重損失，特別是第7裝甲師必須保持實力，以便向“非洲軍團”防線的縱深地帶推進後能夠機動作戰。
蒙哥馬利準備同時進攻“非洲軍團”的兩側，但卻不打算率先從兩側發動進攻，而是從中央偏右處進攻，等第30軍突破防線後，再根據具體情況，選擇最佳（或左或右）的方向，進攻“非洲軍團”。
9月16日，在軍事會議上，蒙哥馬利提出了這個計劃，軍官們都沒有反對。遠在倫敦的丘吉爾知道後，對該計劃的進攻日期表示不滿。
丘吉爾給亞曆山大發去電報，要求他把進攻的時間提前，最好在9月下旬進行。亞曆山大接到電報後，馬上去找蒙哥馬利。
蒙哥馬利讀過電報後，生氣地說：“讓我們9月份進攻？不會是瘋了吧！我可不能這樣做，現在什麼都沒有準備好，倉促進攻，肯定會戰敗。若等到10月份進攻，我保證一定勝利。你說，我是不是服從在9月份發動進攻的命令呢？”
“首相的目的，或許想配合蘇軍的一些攻勢，還可與盟軍將於11月初在法屬北非海岸登陸的‘火炬’計劃遙相呼應。我認為‘捷足’計劃在‘火炬’計劃發動前兩周開始最好，這時我們能夠殲滅抵抗我們的大部分德軍。”
蒙哥馬利仍然不同意。在整個沙漠作戰中，亞曆山大始終如一地支持蒙哥馬利。這次，亞曆山大完全根據蒙哥馬利的意見發了電文，回複丘吉爾，表示進攻無法提前，必須推遲到10月。丘吉爾暴跳如雷，但最終還是被迫同意了。
化解了丘吉爾的幹擾，蒙哥馬利得到了一定的時間來進行訓練和重組這兩大棘手的工作。在英軍第8集團軍中，有兩個剛到達埃及的英軍師，第44和第51師。
這兩個師沒有沙漠作戰的經驗。9月29日夜間，第44師的兩個旅襲擊了穆納西卜窪地，結果損失慘重。由於這兩個旅傷亡太重，被迫解散，而剩下的第133旅被調往第10軍組建成車載步兵旅。看來，第44師已經不複存在了。
第51師擁有一個訓練場，進行過多次軍事演習。第51師被配屬給北麵的澳大利亞第9師，以使澳大利亞第9師每周能抽出一個旅進行訓練。
在10月18日以前，第7裝甲師第4裝甲旅還需要擔負作戰任務，無法進行訓練。而第22旅擔負的作戰任務少，舉行了多次演習。
9月份，300輛“謝爾曼”坦克運抵埃及，由於一些原因，還未裝備給英軍。結果，第10裝甲軍的訓練大打折扣。蒙哥馬利要求他們以能夠采取的方式進行訓練，以提高戰鬥力。
蒙哥馬利十分重視英軍的訓練情況。雖然英軍的訓練水平提高了，但卻沒有達到預期的目的。尤其是裝甲部隊的訓練水平進展不大，蒙哥馬利認為英軍還不能突破德軍防線。
蒙哥馬利甚至認為，如果訓練未能達到預期目的，進攻很可能失敗。他覺得肩負的責任十分沉重。
在英軍的訓練上，蒙哥馬利最重視的是掃雷訓練。蒙哥馬利派工兵處長組建了掃雷分隊，訓練工兵排雷。蒙哥馬利命令工兵第3連連長彼得·穆爾少校專門負責訓練工作。
穆爾建立了掃雷學校，在他和後來的柯裏少校的努力下，掃雷學校製定了一整套訓練方法，於10月23日前培訓了56組掃雷人員。
掃雷學校還把“馬蒂爾達”坦克改裝成掃雷裝置，目的是減少工兵排雷的巨大危險，掃雷裝置又稱“蠍子”，後來在非洲戰爭中沒有太大的用處，工兵還是用地雷探測器來排雷。“蠍子”在英國經過多次改進後，在諾曼底登陸時終於發揮了作用。
對於蒙哥馬利強製實施的緊張訓練計劃，隆美爾後來給予了極高的評價。隆美爾在日後回顧這次戰役時，指出英國工兵部隊在布雷區開辟道路的高超技能對英軍幫助很大。隆美爾說，英軍在晚上進行的掃雷工作表明他們訓練有素，在英軍進攻以前他們肯定進行了大量的排雷訓練。
隆美爾曾經多次讚揚英軍良好的訓練水平，他並不是為了替自己的戰敗而辯解，而是發自內心的讚揚。
隆美爾還在日後回顧阿拉曼戰役時作出以下評論：“這次戰役在開始以前就由軍需官們決定勝負了。”英軍得到了充足的後勤保障，使英軍的重型火炮能在阿拉曼戰役的12天內，向德意部隊發射了100萬枚炮彈，平均每門重型火炮每天發射102發。而英軍的中型火炮每天的發射量更大。英軍在炮彈保障方麵就與在其他方麵一樣，都得到了充足的保障。
在前線，蒙哥馬利在兵力和物力上都比“非洲軍團”強大，平均有2比1的絕對優勢。這還不包括英軍儲存的裝備數量，比如，在埃及的修理廠和倉庫中，英軍還有1000多輛坦克。另外，蒙哥馬利還擁有不中斷的補給運輸線優勢。
盡管蒙哥馬利擁有如此巨大的兵力和物力優勢，但他當時仍麵臨著十分艱巨的任務。許多人指責蒙哥馬利在阿拉曼過於謹慎，打了一場“第一次世界大戰”式的陣地戰。事實上，麵對“沙漠之狐”隆美爾，蒙哥馬利必須謹慎。
蒙哥馬利不得不想辦法突破一條由防禦工事組成的德意防線。這些防禦工事的縱深為4至7公裏。在大部分複雜的德意防線前，尤其是在蒙哥馬利想突破的北部和中北部防線前，隆美爾派部隊布設了兩條平行的地雷帶。這兩條地雷帶間隔著一個山坳，隆美爾派部隊在那裏設置了大量複雜的各種地下爆炸物。隆美爾巧妙地把大量繳獲的英國炸彈和炮彈配置在防禦工事裏，準備在德意部隊戰敗的情況下用電來引爆。隆美爾還用狗來看守一些防禦工事。
在德意部隊防線的南段，隆美爾在原英軍的兩個地雷場後麵，從蓋塔拉窪地直到塔卡高地構築了一係列防禦工事。隆美爾通過在每個防禦地段上巧妙地部署兵力來加強防禦體係。每個營有一個連部署在前沿陣地，前沿陣地沿地雷場的邊緣一直延伸到縱深；主要部隊部署在後邊的主防禦陣地，主要防禦陣地在雷區後邊。在兩條地雷帶之間，隆美爾還派人布設了許多小地雷帶，這些地雷帶布置成箱形，為前沿部隊提供翼側支援。
蒙哥馬利知道隆美爾的布雷規模很大，那肯定是個驚人的數字。更使蒙哥馬利感到為難的是，即使他不斷派部隊進行巡邏，也隻能了解到布雷區邊緣的基本情況；至於布雷區的整個情況，蒙哥馬利隻能從空軍的空中照片來估計了。
另外，蒙哥馬利還得知德軍的炮兵都部署在主要防禦陣地後麵。隆美爾企圖憑借這些措施，抵擋住英軍強大的炮火。隆美爾希望能夠阻止英軍突破主要防禦陣地。這樣，德軍就可以從兩翼和正麵發動反攻，把英軍的攻勢擋住。
隆美爾最擔心的是英軍裝甲部隊在防線上打開一個大缺口，這樣一來，英國坦克將源源不斷地從缺口裏推進。由於隆美爾的裝甲部隊缺少燃油，無法進行持久的機動作戰，隆美爾不敢把裝甲部隊部署在主防禦陣地，隻能把德軍第21裝甲師和“艾裏特”裝甲師部署在防線後麵，並把第15裝甲師和“利托裏奧”裝甲師部署在北部防線後麵。