“如今，陛下貴為天子，富有四海，行高恩重，智明意深，愛臣好民，可以說是一位好君主。但到現在，天地未應，祥瑞不至，這是因為教化不利，萬民不正的緣故，親代的不正之風依然殘存在本朝風土之中法令公布了卻奸佞迭出，已到不得不更弦易張的時候了。自漢朝廷建立以來七十多年時間裏，曆為帝王都努力建立治道，但都不成功，這就是因為應該改變教化方式而沒有采取實際措施的緣故。”
董仲舒說完這一席話，漢武帝心中極為暢快。在他心中，早就在醞釀一場史無前例的大變革，苦於自己思想不係統，不能全然表達出來。這次，董仲舒用係統的儒家思想將自己的想法說出來，武帝頓時心潮澎湃，感歎大漢王朝竟然有這種奇才。武帝還沒有從第一個問題中跳出來，又欣悅地向董仲舒下了第二道製書，並請他寫成文字，以奏折的方式呈上來。董仲舒受寵若驚，連忙恭維地道：“臣領旨，臣這就回去擬文。”說完，董仲舒就回去了。
幾天之後，董仲舒上奏了第二道對策，其中再次係統地總結了曆史上政治經驗，特別指出在秦朝以刑法統治國家，最終導致官員橫征暴斂，百姓苦不堪言，犯法被處死的人比比皆是，犯奸作亂成為普遍現象。他最終總結，治國要以德為主體。要讓百姓有德，就必須教化。所以他建議武帝成立太學，作為教化國人的場所。董仲舒最後還寫道：“陛下如果能以考試和策問的方式引進人才，就可以實現三代的至治局麵，聖上的英名就能與古代的明君堯舜相媲美。”武帝看完董仲舒的第二個對策，龍顏大悅，認為董仲舒與自己的想法不謀而合。
不久，漢武帝又下了第三份製書給董仲舒，當中，武帝這樣說：“朕聽說善於談天的人必有人間的事做佐證。善於說古的人必在當世有應驗，所以我願意虛心接受先生的天人相應學說，接受曆史的教訓，改正以往的所作所為。先生即談論了治國的大道理，又分析了國家盛衰的原因，讓朕茅塞頓開。現在想請先生講得透徹一些，朕將親自覽閱思考。”
兩次對策都讓漢武帝欣喜若狂，董仲舒決定，在第三次上奏對策中，將自己多年學習研究出的治國思想和哲學觀點推銷給漢武帝，董仲舒寫道：“治國之道出於上天。天不變，道亦不變。”他要求漢武帝遵從天道。在天道不變的情況下，讓君臣、父子、夫妻、兄弟之間的關係順從天意，維持尊卑關係，使貴賤有等，衣服有別，朝廷有位，鄉黨有序，實現所謂“永遠的封建秩序”。
在這個對策的最後部分，董仲舒說出了自己的心聲，稱：“思想大一統是是天地間正常的軌道；自古至今，通暢無阻的大義。而今天負責教化的人來源不同，每人的議論見解又迥然不同。一百家有一百家治理國家的說法，結論也不一樣，以主義在上位的不能堅持一個統一的原則，法令常常更改，下位不知如何遵從。臣很愚鈍，現在說說自己的建議：凡是不在儒家的經典六經——《易經》、《禮經》、《樂經》、《詩經》、《書經》和《春秋》之內的其他思想流派全部，都應徹底根絕，不準許它們與儒家學說並存。那些低俗蕪雜的思想鏟除之後，道統和綱紀才能統一，法令才顯得嚴明，暴行才懂得遵從正道。這樣天下就太平了。”
看完董仲舒的對策之後，漢武帝更賞識他了。因為這完全符合他獨霸天下的願望。漢武帝極為高興，於是任命他為江都國的相，幫助漢武帝的異母兄長江都王劉非。劉非這人生性暴烈，心浮氣躁，武帝讓溫文而雅的董仲舒去輔佐他，目的就是馴化他的性格，讓他收斂一些。董仲舒常常在江都王麵前直諫，很受他器重。
由於董仲舒的對策是建元年間寫出，史稱“建元對策”。在董仲舒的一手推動之下，會稽吳縣的嚴助和年過六十的川人公孫弘，分別被升任為中大夫和博士。這就是“廢黜百家，獨尊儒術”的開端。
董仲舒在江都上任之後，覺得自己身困池中，心裏很是鬱鬱。沒辦法，他隻好在江都郡宣傳自己的天人相應學說，受了一批學生。
公元前135年，漢武帝正躊躇滿誌時，遼東和長陵突然傳開兩個消息，北方的高廟和長陵的高園便殿發生火災。當時，董仲舒閑居在家，得到消息後，借題發揮，用災異學說對其進行了大膽的評論。認為這是天下對漢武帝過失的警告，並且不考慮任何政治後果，將自己的觀點寫成題為《災異論》的文章，準備上奏漢武帝。但是，還沒等他出門，朝廷重臣主父偃就探聽到，並將文章偷出來，直接送到漢武帝麵前。皇帝看了這篇文章，氣急敗壞，馬上召集群儒，審閱此文。當時在場的有董仲舒的學生呂步舒，他看到文章，不知何人所作，將作家罵得狗血噴頭，當武帝說明是董仲舒所作時，他頓時目瞪口呆，半天說不出話來。