蘇州向為江南繁華地，占領蘇州後，張士誠看到蘇州美女多，風景好，就要定都蘇州。
施耐庵勸告張士誠說：“大王，你是屬兔，又姓張，張者獐也，怎能離開草呢！我看還是以江北草墊一帶做基地為好，然後再逐步用兵，奪取江山。”
張士誠享樂心切，舍不得離開蘇州這個人間天堂，施耐庵的話半點也聽不下去，終於定都蘇州，自稱吳王。張士誠自立吳王後，日益迷戀酒色，施耐庵曾多次勸諫張士誠，均遭拒絕，施耐庵非常失望，知道他難成大事，憤然離去。
之後，朱元璋知道施耐庵做過張士
誠的軍師，是個足智多謀的才子，曾多次派人延請，都未成功。打下蘇州後，聽說施耐庵已避居興化白駒場，立即派劉伯溫專程登門恭請。
劉伯溫與施耐庵本來相知，隻不過後來各事其主罷了。施耐庵知道劉伯溫的來意後，讓人擺上酒席，殷勤勸酒。劉伯溫乘著酒興，隨口吟了幾句詩：
聞說江南一老牛，詔書征下已三秋。主人有甚相虧處，幾度加鞭不轉頭。
施耐庵知道這是戲弄自己，當即答了幾句：
老牛力竭已多年，項破皮穿隻愛眠。犁耙已休春雨足，主人何必再加鞭。
他吟完詩，一連幹了幾大杯，然後裝著酒醉，回書房伏在幾案上睡了。劉伯溫近前一看，桌上放著施耐庵還沒寫完的“武鬆打虎”這一回的書稿，明白了施耐庵不願為官、專心著述的心思，就沒有再多加勸說，回去複旨了。
此後，施耐庵為躲避戰亂，曾流播江南一帶，在常熟、江陰等地鄉下設塾坐館，課徒之餘，繼續寫作《江湖豪客傳》。朱元璋建立明代以後，施耐庵再次回至家鄉興化，不久又遷居白駒，在那裏定居下來。
白駒為張士誠的家鄉，剛剛建立的大明王朝對這裏控製得很嚴。施耐庵為了能安心著述，安頓好家小之後，就來至淮安，隱居在一個朋友家中專心創作。
施耐庵在長期民間傳說、民間說話藝術和元雜劇水滸戲的基礎上加工完成了《江湖豪客傳》。《江湖豪客傳》寫成後，施耐庵感到書名不夠含蓄，想到書中故事多與水有關，就聽從羅貫中建議改名《水滸傳》。成書後，很快被傳抄到社會上去。
《水滸傳》故事發生的地點是梁山泊，而此時的梁山泊已淤積成陸，水跡全無。白駒四周興化、高郵、寶應一帶方圓百裏皆是水鄉澤國。曆史上有1131年張榮率領義兵在興化縮頭湖大敗金兵的記載。於是，這裏成了施耐庵筆下梁山泊的昀好參照。
施耐庵在張士誠義軍中的親身經曆，大大豐富了他的生活感受，《水滸傳》中眾多英雄人物身上，都有義軍中重要將領的投影。比如，武鬆與卞元亨，魯智深與魚日知，阮氏三兄弟的水上生涯，很容易讓人想起張士誠三兄弟操舟販鹽的經曆，潘金蓮和潘巧雲的不貞，很容易讓人聯想到張士誠女婿潘元紹與其兄潘元明的不忠。
吳用未必沒有作者自身的投影，就連征方臘之役，有人也認為就是曆史上朱元璋征討張士誠戰爭的翻版，梁山英雄們的悲涼結局，正是張士誠失敗後作者施耐庵真實心境的寫照。
《水滸傳》在我國文學史上第一次描寫了農民戰爭，展示了宏偉壯麗、波瀾壯闊的鬥爭生活場麵。小說塑造了李逵、魯智深、武鬆、林衝等一係列光彩照人的英雄形象，歌頌了英雄們的反抗精神，表現了他們的優秀品質、英雄氣概、鬥爭意誌和偉大力量。