鄭樵的淵博學問和遠大抱負得到抗金派宰相趙鼎、張浚等人的重視。就在這時，由於宋高宗重用投降派首領秦檜為宰相，所以趙鼎等人很快被秦檜排斥出朝廷，並嚴加迫害。而秦檜在長達16年的時間中，不但不支持鄭樵著《通誌》，反而接連三次下禁令嚴禁私人修史和著述，違者以“擅修國史”罪論處。在這種殘酷的政治環境中，鄭樵所遭受的危險，可想而知。
年已44歲的鄭樵遭受了一個又一個厄運，先是他的胞弟鄭槱不幸早亡，繼之他的幼子鄭惕和妻子陳氏相繼死去。就在鄭樵沉浸在巨大的精神打擊時，1148年，秦檜又下了一道嚴禁私人修史和著述的禁令。這道禁令終於激怒了鄭樵，於是他在這一年的冬天，毅然又背起著成的140卷新書，徒步走到南宋京都杭州，他要直接把新書獻給皇帝，請求皇帝準許他繼續著述。
然而，由於秦檜的阻撓，盡管鄭樵在杭州苦苦等待了一年時間，依然見不到皇帝，也得不到朝廷準許他續著的公文。
鄭樵見自己著《通誌》的路已被朝廷當權者堵死，悲憤不已，但也無可奈何。為了能把自己平生研究的學問傳給後人，鄭樵在回歸山林之日起，就把書房搬遷到遠離人煙的夾漈山主峰側的高山虛穀中，並在夾漈草堂開始著述遠避宋朝國史300年的史學巨著《通誌》。他要把自己心中的全部憤懣，傾注於《通誌》之中。
經過數年的艱苦勞動，鄭樵終於在54歲那年，初步寫出了這部長達200卷、600多萬字的史學巨著《通誌》初稿。就在他為無錢買文房四寶抄正《通誌》成書而發愁時，所幸有抗金派官員王綸、賀允中、汪應辰等人舉薦，鄭樵才得以入京受到宋高宗的召對。
在召對時，鄭樵見皇帝也很欣賞自己的學術，就當場提出要求皇帝允許他歸山著述《通誌》，以便早日把《通誌》獻給朝廷。但宋高宗不能體會鄭樵的一番苦心，硬是把他留在朝廷擔任一個管理文書檔案的小官。
由於鄭樵的學術批判和科學精神，得罪了朝中的許多學士大夫，因此他們不願意看到山林窮儒出身的鄭樵也在朝中為官，於是當即有禦史葉義問出麵以莫須有的罪名彈劾鄭樵。昏庸的宋高宗不分青紅皂白，竟批準了葉義問的彈劾，讓鄭樵以監潭州南嶽廟的祠官回夾漈山抄正《通誌》。
鄭樵對自己無辜受罪是痛恨於心的。但為了《通誌》，強忍奇辱，毅然憑借一人之力，在高山虛穀中發憤著述。到了1161年，58歲的鄭樵終於完成了這部劃時代的史學巨著《通誌》。
這一年的夏天，當鄭樵把這部傾注他畢生心血的巨著送到杭州時，宋高宗由於戰事無暇顧及接收《通誌》上殿，便讓鄭樵在朝廷擔任樞密院編修官。
鄭樵的淵博學問和遠大抱負得到抗金派宰相趙鼎、張浚等人的重視。就在這時，由於宋高宗重用投降派首領秦檜為宰相，所以趙鼎等人很快被秦檜排斥出朝廷，並嚴加迫害。而秦檜在長達16年的時間中，不但不支持鄭樵著《通誌》，反而接連三次下禁令嚴禁私人修史和著述，違者以“擅修國史”罪論處。在這種殘酷的政治環境中，鄭樵所遭受的危險，可想而知。
年已44歲的鄭樵遭受了一個又一個厄運，先是他的胞弟鄭槱不幸早亡，繼之他的幼子鄭惕和妻子陳氏相繼死去。就在鄭樵沉浸在巨大的精神打擊時，1148年，秦檜又下了一道嚴禁私人修史和著述的禁令。這道禁令終於激怒了鄭樵，於是他在這一年的冬天，毅然又背起著成的140卷新書，徒步走到南宋京都杭州，他要直接把新書獻給皇帝，請求皇帝準許他繼續著述。
然而，由於秦檜的阻撓，盡管鄭樵在杭州苦苦等待了一年時間，依然見不到皇帝，也得不到朝廷準許他續著的公文。