鄭樵見自己著《通誌》的路已被朝廷當權者堵死，悲憤不已，但也無可奈何。為了能把自己平生研究的學問傳給後人，鄭樵在回歸山林之日起，就把書房搬遷到遠離人煙的夾漈山主峰側的高山虛穀中，並在夾漈草堂開始著述遠避宋朝國史300年的史學巨著《通誌》。他要把自己心中的全部憤懣，傾注於《通誌》之中。
經過數年的艱苦勞動，鄭樵終於在54歲那年，初步寫出了這部長達200卷、600多萬字的史學巨著《通誌》初稿。就在他為無錢買文房四寶抄正《通誌》成書而發愁時，所幸有抗金派官員王綸、賀允中、汪應辰等人舉薦，鄭樵才得以入京受到宋高宗的召對。
在召對時，鄭樵見皇帝也很欣賞自己的學術，就當場提出要求皇帝允許他歸山著述《通誌》，以便早日把《通誌》獻給朝廷。但宋高宗不能體會鄭樵的一番苦心，硬是把他留在朝廷擔任一個管理文書檔案的小官。
由於鄭樵的學術批判和科學精神，得罪了朝中的許多學士大夫，因此他們不願意看到山林窮儒出身的鄭樵也在朝中為官，於是當即有禦史葉義問出麵以莫須有的罪名彈劾鄭樵。昏庸的宋高宗不分青紅皂白，竟批準了葉義問的彈劾，讓鄭樵以監潭州南嶽廟的祠官回夾漈山抄正《通誌》。
鄭樵對自己無辜受罪是痛恨於心的。但為了《通誌》，強忍奇辱，毅然憑借一人之力，在高山虛穀中發憤著述。到了1161年，58歲的鄭樵終於完成了這部劃時代的史學巨著《通誌》。
這一年的夏天，當鄭樵把這部傾注他畢生心血的巨著送到杭州時，宋高宗由於戰事無暇顧及接收《通誌》上殿，便讓鄭樵在朝廷擔任樞密院編修官。
一生不願在朝廷為官的鄭樵，因這個官職可以使自己得以方便在朝中讀到許多至今尚未讀到的圖書，於是便欣然接受皇帝所封之官，隨之不顧自己年老體衰，又一頭鑽進書山學海。
然而，使鄭樵萬萬沒有想到的悲劇又發生了。由於朝中學士大夫嫉恨鄭樵的高明學術，他們害怕《通誌》流傳於世，於是他們就照搬葉義問誣陷鄭樵的卑劣手段，聯名上疏彈劾鄭樵。
這一次高宗沒有罷去鄭樵的官職，但他很快終止了鄭樵到三館借書讀的方便，同時也不願為鄭樵分清是非。
鄭樵見自己一生清白到頭來要遭受如此不白之冤，忍憤不過，當即病倒在床，隨之蒙冤而逝，年僅59歲。
《通誌》全書200卷，有帝紀18卷、世家3 卷、後妃傳2卷、年譜4卷、略52卷、列傳106 卷、載記8卷、四夷傳7卷，500多萬字。《通誌》為紀傳體，在體例上也做了一些修正。把“年表”改稱“年譜”，把“誌”改稱“略”，保存了《晉書》的“載記”部分。
《通誌》卷帙浩繁，規模宏大。其記事斷限，大抵本紀從“三皇”到隋，列傳從周到隋，“二十略”從遠古到唐。他注重選擇史料，融會貫通，也能自成體係。其基本方法是盡可能全麵地彙總各種史料，按照年代先後予以整理、編排，探其源流，理出各種事物從古到今的發展過程。
《通誌》中隻有《年譜》，在《六書略》和《七音略》中保留了表圖形式，其他部分並未見圖譜，但鄭樵提出的以實為證，以圖為輔的著書思想，是他的實學精神的具體體現，為他所獨創。其中“總序” 和“二十略” 是全書的精華。特別是其中氏族、六書、七音、都邑、昆蟲草木五略，前史所無，實屬珍貴。