在編排次序上，朱熹首列《大學》，次列《論語》和《孟子》，最後列《中庸》。他的意圖是要人先讀《大學》，以定其規模；次讀《論語》，以立其根本；次讀《孟子》，觀其發越；次讀《中庸》，以求古人微妙之處。
在注釋方式上，朱熹不同於漢唐學者的作風。漢唐學者注釋，注重經書的原本，文字的訓詁和名物的考證分量很重，做法繁瑣。朱熹注釋則注重闡發“四書”中的義理，並往往加以引申和發揮，其意已超出“四書”之外。
朱熹注釋“四書”的目的，不僅僅是整理和規範儒家思想，宣揚和貫徹儒家精神，其更主要的是把“四書”納入到自己的理學軌道，用“四書”中的哲理作為構造自己整個思想體係的間架。從這個意義上說，《四書章句集注》不僅是儒家學說的大成，而且是朱熹儒學體係的基礎。
朱熹幾乎用了畢生精力研究“四書”。他在34歲時寫成了《論語要義》，10年後又寫成《論語正義》，之後又寫《論語集注》、《孟子集注》、《論語或問》、《孟子或問》。60歲時，他撰寫《大學章句》、《中庸章句》，之後還寫了《大學或問》、《中庸或問》。他在臨去世前三日還修改《大學·誠意章》的注釋。
“四書”經過朱熹的反複研究，頗為完整，條理貫通，無所不備。“四書”在南宋以後之所以能代替“五經”的權威，與朱熹的努力是分不開的。
《四書集注》被曆代所推崇，1212年，宋寧宗把《論語集注》和《孟子集注》列入學官，作為法定的教科書。宋理宗於1227年下詔盛讚《四書集注》“有補治道”。
宋以後，元、明、清三代都以《四書集注》為學官教科書和科舉考試的標準答案。因此，理學成為官方哲學，占據著統治地位，而《四書集注》作為理學的重要著作，也被捧到了一句一字皆為真理的高度，對我國古代思想產生了深遠、巨大的影響。
隨著儒學在我國社會中定於一尊，曆代學者紛紛為諸經作注解。其中，漢代及稍後的學者們做了大量的注釋工作，人們稱之為“注”或“箋”。
唐宋時期，由於時代久遠，人們對漢代的注釋也難於理解了，於是一些學者不僅注解經傳的正文，而且對前人的舊注也進行解釋和闡發，習慣上就稱之為“疏”或“正義”。
曆代解釋“十三經”的著作很多。南宋以前，注和疏本來都是單獨成書的，南宋時期始合刻在一起。
南宋紹熙年間，開始有了彙集唐宋之前最具權威性的“十三經”注、疏的合刊本，形成一整套經書及其注文，稱為《十三經注疏》，後複有十行本。
到了明嘉靖時期，出現閩本《十三經注疏》，據十行本重刻；明萬曆間有監本，據閩本重刻；明崇禎時期有毛氏汲古閣本，據監本重刻。
在編排次序上，朱熹首列《大學》，次列《論語》和《孟子》，最後列《中庸》。他的意圖是要人先讀《大學》，以定其規模；次讀《論語》，以立其根本；次讀《孟子》，觀其發越；次讀《中庸》，以求古人微妙之處。
在注釋方式上，朱熹不同於漢唐學者的作風。漢唐學者注釋，注重經書的原本，文字的訓詁和名物的考證分量很重，做法繁瑣。朱熹注釋則注重闡發“四書”中的義理，並往往加以引申和發揮，其意已超出“四書”之外。
朱熹注釋“四書”的目的，不僅僅是整理和規範儒家思想，宣揚和貫徹儒家精神，其更主要的是把“四書”納入到自己的理學軌道，用“四書”中的哲理作為構造自己整個思想體係的間架。從這個意義上說，《四書章句集注》不僅是儒家學說的大成，而且是朱熹儒學體係的基礎。
朱熹幾乎用了畢生精力研究“四書”。他在34歲時寫成了《論語要義》，10年後又寫成《論語正義》，之後又寫《論語集注》、《孟子集注》、《論語或問》、《孟子或問》。60歲時，他撰寫《大學章句》、《中庸章句》，之後還寫了《大學或問》、《中庸或問》。他在臨去世前三日還修改《大學·誠意章》的注釋。