鄧在訓練團任上校總教官，隻穿軍服，見了將軍們就得行禮。團政治部主任孫伯騫原是鄧的部下，如今鄧要向孫“立正”、“報告”。同事們見後，在背後都笑話他。由於鄧的忍氣吞聲，守規矩，既勤快又無架子，再加上有賀衷寒等人的暗中支持，大家對鄧的印象逐漸好起來。1938年，經賀等人的舉薦，鄧任中央軍校政治部主任，蔣未加反對。
鄧上任後，招攬了不少名流學者，編輯出版了《黃埔周刊》、《黃埔季刊》、《黃埔叢刊》，自以為又可以為所欲為了。豈不知蔣對他餘恨未了，在一次活動中故意讓他當眾出醜。同年秋，中央軍校十五期第一總隊在成都舉行畢業典禮後，蔣親自主持，蔣在大操場邊走邊巡視，鄧也跟在後邊。蔣驟然回頭對鄧說：“你處處跟著我走，是否覺得漂亮些？我不願意看到你這副嘴臉，你給我滾下去！”當時鄧在全校師生和眾多來賓麵前受到如此奇恥大辱，真是無地自容，待典禮一完便氣衝衝地跑回家去了。
鄧的家在成都少城三條巷，妻子李白堅正因難產住院(幾天後就去世了)，鄧因要陪蔣參加典禮而未與妻子見麵，卻未料到蔣給他當頭一棒。鄧意外受辱，惱羞成怒，回家後痛哭流涕，決心用“軍人魂”劍自殺。恰巧當晚軍校教官袁覲賢去看他，見此情形，百般勸說：“校長不是別人，他對你愛極恨深，總有一天會回心轉意的。”鄧氣憤地高聲說，“我連王八都不如，還做什麼人！”他呻吟了很久，氣也逐漸消了。次日，鄧照常到校辦公，一點牢騷也沒有。
1939年4月，鄧文儀被授予少將軍銜。9月，任三青團中央幹事會幹事、宣傳處副處長。1940年，蔣介石任命鄧文儀為第三戰區司令長官部政治部主任，協助顧祝同工作。顧祝同時任第三戰區司令長官，他城府極深，盡管與鄧文儀既有上下級之分，又有師生之誼，但由於鄧文儀是蔣介石的紅人，所以政治部的大事小事一概由鄧定奪，他並不過問。因此，鄧文儀便為所欲為了。
鄧文儀一到第三戰區，就施展其反共本領。他首先整頓了戰區的“前線日報”，將一批進步人士逐出報社，在他的把持下，該報經常刊登一些攻擊新四軍的反動文章。接著，他又成立了一個政治部調查專員室，專門用來對付共產黨人和抗日群眾。調查室的骨幹分子大都是湖南籍的原複興社社員。此外，每逢紀念周時，鄧文儀都要在第三戰區大吹特吹一通，極力宣揚“一切為了需要，需要就是真理”的實用主義觀點和“一個主義、一個政黨、一個領袖”的法西斯獨裁理論，把整個政治部搞得烏煙瘴氣。
在同僚麵前，他一直認為戴笠是蔣介石的希姆萊，自己則是戈培爾。
戈培爾是納粹德國的重要頭目，希特勒的宣傳教育部長。他瘋狂宣傳法西斯主義，鼓吹侵略戰爭，顛倒是非，無所不用其極，以至他的名字也成了造謠、誹謗宣傳的代名詞。而鄧文儀則以“複興社的戈培爾”自居，在意識形態領域為蔣介石拚命鼓噪，是一個十足的蔣介石狂和反共狂。盡管他的文章和演講都隻是一大串語無倫次、亂七八糟的口號，簡直使人無法懂得他到底說的是什麼，但由於他的狂喊狂叫，亂蹦亂跳，卻也同賀衷寒、劉健群一起，被稱為複興社的三大“理論家”和“宣傳家”。
1941年皖南事變發生前，他曾多次率特務到皖南視察，為襲擊新四軍做準備。事變中，他參與製定了對新四軍進攻的作戰方案，是皖南事變的策劃者之一。事變後，他主持了對新四軍被俘人員的整訓工作，並親自到上饒集中營，對被俘的新四軍官兵大打出手，肆意迫害。
1942年，鄧文儀任國民黨軍事委員會政治部第一廳廳長。1944年，蔣介石在大後方組織了10萬青年軍，調鄧文儀出任青年軍政治部設計指導委員會主任。鄧在青年軍中廣泛進行法西斯教育，毒害這些青年，為蔣介石培養日後內戰反共的反動軍隊立下了汗馬功勞，受到蔣介石的嘉獎。為此，在1945年5月召開的國民黨第六次代表大會上，鄧文儀當選為中央執行委員會委員。次年3月，在國民黨六屆二中全會又當選為中央常務委員。