康澤所領導的軍委會別動隊不同於國民黨的一般部隊，它是一支執行特殊任務的武裝力量，以政治為主，作戰為輔，其任務為“三分軍事，七分政治”，主要活動於接近作戰地區的蔣軍後方，開展所謂的“組織民眾，訓練民眾”工作，是一支反共反民主的急先鋒。康澤經常訓導別動隊成員，要服從命令，效忠黨國，“生的進來，死的出去”，死心塌地為蔣介石獨裁政權賣命。
別動隊一成立，就在康澤的率領下參加了蔣介石對紅軍的第五次反革命“圍剿”，駐紮於江西、福建兩省。其具體活動是：（1）推行保甲製度；（2）在民間實施反共政治軍事訓練；（3）收容訓練蘇區逃亡地主；（4）推行蔣介石的新生活運動；（5）維護國民黨軍隊的軍風軍紀；（6）吹捧推崇蔣介石。
除此之外，康澤的別動隊還擔負監視非蔣介石係軍政人員的任務，所以，人們對別動隊都側目而視，稱之為“禦林軍”、“天子門生”、“監軍”、“蔣委員長耳目”、“見官大一級”等等。在個別情況下，別動隊也同紅軍小股部隊及遊擊隊打仗。1935年夏，康澤將別隊擴編為七個大隊和一個巡輯隊，並於大隊之上增設支隊一級。
蔣介石十分欣賞康澤的才幹，將其別動隊調往四川，讓他兼任行營參謀團政訓處長、四川省保安處政訓室主任、四川國民軍訓會主任委員和峨嵋軍官訓練團政訓組副組長等要職，把四川方麵的事都交給他負責。
以康澤為代表的蔣派勢力伸入四川後，引起了以劉湘為首的當地實力派的極大不安，雙方明爭暗鬥，互不相讓。
康澤到成都後，住在位於黃瓦街的妻兄朱兆南的家裏，一天到晚車水馬龍，三請六宴，高朋滿座，不可一世。住在對麵的川軍李注東旅官兵看不過眼，有天晚上在康澤乘車歸來時，李旅發動突然襲擊，將他的司機和衛兵抓走，康澤在副官易秋泰的保護下得以脫身。他當晚移住瀛環中學第一中隊隊部，加強了戒備，但仍感不安全，又連夜遷往鄧錫侯手下將領家中居住。這是蔣派中央勢力和四川地方勢力矛盾尖銳化的表現。兩派之間不但武鬥，而且文攻。與劉湘合作的張瀾寫了一篇名為《川人治川》的文章，用以抵製蔣派勢力的滲透。康澤馬上授意尹昌齡寫了一篇《異哉所謂川人治川》的文章，對川派勢力加以反擊。雙方唇槍舌劍，互不服氣。
康澤及其別動隊在四川各地複興社組織和保安處各區政訓室的配合下，開展了一係列的反共活動，一是構築碉堡，阻截長征中的紅軍；二是訓練保甲骨幹，加強基層政權；三是監軍督戰；四是收買革命陣營中的叛徒。
他的反共活動在一定的區域內取得了一些成效，為此他進一步受到蔣介石的重用，並被蔣看作青年精英。
喜歡別人稱其為“主任”，大肆培植自己的勢力
抗日戰爭爆發後，康澤更受到蔣介石的重用，又兼任了中央政治學校特別訓練班主任、軍委會政治部第二廳廳長、禁煙督察處緝私主任、戰時青年服務總隊總隊長等要職。並且還負責指揮李香權旅、公秉藩師和張蔭梧的河北民軍。
但好景不長，由於國民黨內部的派係爭鬥，康澤所兼的一些職務不久就易手他人了。關於中央政治學校特別訓練班主任的職位，陳誠為了將這股力量抓在手中，竟將該班並入軍委會戰時工作幹部訓練團，改稱為留日學生歸國訓練班，把康澤拋在了一邊。關於中央軍事學校特別訓練主任的職位，1936年曾被潘佑強奪去，不久，康澤又從潘手中搶回。中央軍校特別訓練班從1933年7月開辦到結束曆時13年，它既是培養蔣介石係軍事、政工人員的場所，又是訓練職業特務、別動隊員的搖籃。特訓班是康澤效忠蔣介石的一大作為，也是他升官發財的資本，正如蔣介石喜歡別人叫他“校長”一樣，康澤喜歡別人稱其為“主任”，其目的都是為了培養個人勢力。關於政治部第二廳廳長的職位，因1938年康澤與陳誠的關係惡化，廳長一職被杜心如搶去。就連禁煙督察處緝私主任的職位也被別人奪去了。
抗戰初期，康澤曾圖謀向軍事方麵發展，企望將別動隊改為警衛軍。他首先把各大隊的兩個中隊改為步兵營，隻剩下一個隊員中隊，然後到上層去活動，由於康澤與陳誠矛盾尖銳，便走軍委會參謀總長兼軍政長何應欽的門路。但陳誠是軍委會政治部長兼第六、第九戰區司令長官，並任湖北省政府主席，又是蔣介石的親信，號稱“小委員長”。何應欽雖係軍界元老，但不想得罪陳誠，對於康澤之求是心有餘而力不足，所以，康澤的警衛軍長之夢終未實現。
“八一三”上海抗戰時，別動隊曾派一、五兩個大隊到上海附近應付，上海撤退時第一大隊全部潰散。1938年徐州會戰時，別動隊派了第四大隊的一個中隊前往，旋即撤回。抗戰時期，別動隊的其它大隊或從事搜刮民財，或駐在川陝大後方監視異己。