明眼人很快就看出，燕王的勝算更大一些。對比一下燕王和建文帝的謀士集團，是件很有意思的事。燕王不太喜歡士人，而注意招攬一些奇人異士，所以身邊的謀臣多是些和尚術士，看上去不倫不類，實際上這些人集中了民間的智慧，比起建文帝那些高居廟堂的書生謀臣來，不知要高明多少倍。
小皇帝及其謀臣，雖然都是滿腹經綸，其實多端寡要，多謀寡斷。建文帝把削藩大事交給齊泰、黃子澄去辦，自己全部精力都投入複古改製中來，成天廢寢忘食地與方孝孺商量，如何按《周官》改定官製，減輕刑罰，以仁義治國，還津津有味地討論如何實行井田。這些書呆子真是愚蠢得可愛。戰爭之初，朱棣還擺出一副穩紮穩打、步步為營的架勢。他的想法是由北到南，一步步地征服天下。然而，在山東他遇到了建文帝手下最有能力的兩員大將鐵鉉和盛庸的頑強抵抗，廝殺數月，損失慘重，不能前進一步。
此時，朱棣突然產生出了一個腦筋急轉彎式的想法：為什麼非要在山東一地和南軍周旋？如果繞過山東，直取應天，坐上皇帝的寶座之後，天下不就傳檄而定了嗎？這個想法一現，朱棣立刻從失敗中重新興奮起來。他重整大軍，取道山東與河南的交界處南下，連破東阿、汶上，一路勢如破竹。
過徐州，經臨淮，燕軍的策略是絕不打攻堅之戰，能攻則攻，攻不下則繞著走。很快，兵臨應天城下。
消失的建文帝
這一年是建文帝登基的第四年。他原以為自己做了明帝國這艘超級巨艦的船長，可以把這艘船開到他想去的地方。沒想到，這廣袤的大海竟然與聖人們留下的航海手冊上描寫的完全不同，雲譎波詭，暗流滾滾，不久就把他卷入漩渦中間，天旋地轉，手忙腳亂。等回過神來，船已到鬼門關外。他實在不明白自己錯在哪裏，本來一開始是那樣美好。
即位四年來，他勤勞不懈，一舉一動都遵循聖人之言，諸項措施，都本著先賢美意。他減輕天下賦稅，取消嚴刑峻法而代之以寬大。他重用儒臣，試行井田製，全麵建設儒家的理想社會。沒想到四年努力換來的是窮途末路。他弄不懂他的臣民。君臣大義是人倫之首，為什麼那麼多武將毫不猶豫地背叛他去投靠燕王？為什麼他被困京城，天下郡縣竟無一人前來勤王？
就在一片胡思亂想之中，應天城一片混亂，殺聲四起，燕兵已經包圍了皇宮。燕王入城，立刻派人去保護關在牢中的周、齊二王。周王一見燕王，撲上前，抱頭痛哭：“奸惡屠戮我兄弟，賴大兄救我，今日相見，真再生也。”燕王的回答，顯示了兄弟倆境界上的不同：“此非我之力，乃皇父皇母在天之靈保佑的結果！”聽了這樣高明的回答，誰還能懷疑燕王不是天生的帝王之才？
朱棣並沒有急著趕到皇宮，而是派人前去圍困。他希望在他到來前，皇宮裏能發生什麼意外。事情的結果，既讓人滿意又有些遺憾。士兵們在皇宮中沒有找到建文帝，隻是在灰燼中找到了一具屍體，不過麵目全非，看上去更像女屍。不管怎麼樣，朱棣當機立斷，“決定”這具屍體就是建文帝。他長歎一口氣，沉痛地說道：“小子無知，果然如此糊塗耶？我來此是為了輔佐你向善，你怎麼做出這樣愚蠢的選擇！”
從容登頂
雖然是初登大寶，朱棣卻從容不迫。他像一位高明的馭手，坐在高高的馭座上，熟練地操縱著手裏的韁繩和鞭子。韁繩是利益，鞭子則是暴力。燕王的有恩必報、有功必賞是聞名已久的。而成了永樂皇帝後，這個傳統更加發揚光大。
朱棣賞賜起功臣來，手筆之大，令人瞠目。那些原本是王府中的親兵首領，地位卑微的小軍官們，現在都成了帝國的新貴，封公封侯，躥升到貴族階層中的頂層。原來的護衛千戶朱能封為成國公，小小的指揮僉事張玉被追封為榮國公，兩人俱“三世贈王”，這是一個大臣所能得到的最高封賞。封侯封伯者各有十餘人，這些人的子孫也享有特權。
朝廷原規定，功臣子孫襲職，必須經過考試武藝。皇帝發布了一個飽含感情的告諭說：“朕見到參加考試的功臣子弟，不覺愴然。舉義之初，他們的父兄忍饑冒寒，艱苦百戰，不幸為國捐軀。今觀其子弟皆稚弱，未必熟悉武藝。如果因此而絕其俸祿，何以自存！可令其先襲職，長成後再考試。”
這類很有人情味的做法，有力地加深了他與他扶植起來的新貴的感情。朱棣知道，這是他統治的重要基礎。
朱棣的有恩必報並不限於那些用得著的人。卑微之輩，他也銘記不忘。
他專門下旨，表揚那些在戰爭中出過力的普通百姓。在北平、保定等地協助燕軍守城的婦女，有的運磚運石，有的運水澆城，在守城過程中起了很大作用，朱棣分級給予賞賜。例如，“保定運磚石婦女，每名賞鈔一百貫，絹一匹，棉花三斤”。連一個小小的船工，朱棣也念念不忘。渡江之時，為他開船的船工是周小二，僅僅為他服務了不到一個時辰，然而他特命“擢上海縣民周小二為巡檢，賜彩帛二表裏，鈔百錠，蠲其徭賦三年”。