很顯然，是地方上的鄉紳通過地方勢力，買通了省裏京裏，終於把海瑞清除出去了。吏部也認為海瑞這樣的人雖然方正，卻少變通，看來更適合在條條上工作，而不適於塊塊。戶部主事主要的職掌是各地的財政稅收監管工作，實際上不過是簽簽公文，專業性較強，和其他部門發生關係較少，相對安靜。這一回，海瑞應該能夠安分工作了吧。
沒想到，在這個“相對安靜”的崗位上，海瑞卻闖了個塌天大禍。
罵皇帝
嘉靖四十五年（公元1566年）二月，任戶部主事一年後，海瑞上了那道使他留名千載的“罵皇帝疏”，即《直言天下第一事疏》。
嘉靖皇帝可以算是一個典型的“昏君”。他個性很強，行事荒唐且固執己見，從不與大臣妥協。他酷愛方術，為了煉出長生不老藥，竟然摧殘宮女，以獲原料。宮女們走投無路，趁他睡著之時，企圖用絲帶勒死他，然而慌張中絲帶打成死結，嘉靖得以大難不死，此為明史上有名的“宮婢之變”。然而，他並沒有從此事中汲取教訓，反而變本加厲，幹脆搬出皇宮，不再上朝，專心修煉。大臣們起初也曾拚死相爭，然而爭不過這位“性剛”
的皇帝。
要知道，這位皇帝即位之初曾一怒之下廷杖一百八十人，其中十七人被活活打死。在多人被罷官免職甚至處以重刑之後，非議皇帝的聲音消失了，“無敢言時政者”。更多的大臣投皇帝所好，向皇帝獻祥瑞，寫給皇帝作法用的青詞，朝廷上彌漫著一股請仙設壇的香煙味道。
然而，海瑞進京了，死氣沉沉的政治局麵注定要被打破。他做地方官時，天高皇帝遠，無緣關心朝廷之事。而現在，來到了帝國的政治中心，關於皇帝無道、朝政日非的樁樁件件呈現在他麵前。他的道德觀、責任感使他無法保持沉默。海瑞隻認天理，不認形勢。皇帝“性剛”，他的“性”更剛。皇帝無道，臣子直言，這對海瑞來說，就像左右手各有五指那樣簡單。
當然，海瑞並非不懂世事之人。他完全知道這封奏疏的後果，那可不僅僅是丟官罷職，而很有可能是殺身之禍。縱然自己甘於舍生取義，堂上還有八十歲的老母，膝下尚且空虛，作為海家的單傳之子，無後之罪尤大。
這應該說是海瑞入京一年後才遞上這道奏疏的原因。關於海瑞的這一段彷徨猶豫，從來沒有史家提及。然而，可以想見，這一次定然是海瑞一生中“天理人欲”“交戰胸中”最激烈、最殘酷、最曠日持久的一次。通觀海瑞一生，性格火暴易於衝動的他還沒有哪一次抉擇進行得這樣艱難。
海瑞的京官做得實在是不容易。首先是每天的工作大都是虛應故事，沒有什麼實質內容。坐在辦事堂上，大部分時間是白白浪費。回想起來，他還是留戀在縣裏忙得腳打後腦勺的日子。再一個，他和同僚們也處不來。這些人都是些混日子的高手，一杯清茶泡上，他們就開始扯閑話，東西南北，天上地下，聊個昏天黑地。海瑞從來插不上話，總是在一邊落落寡合。
其實他是打心眼裏討厭這些人。辦事的時候，他們是油滑慣了，順水推舟送人情，該辦不辦吃要拿，而海瑞則堅持必須按規定來。所以，許多環節到海瑞這裏就卡住了。漸漸地，海瑞就變得非常孤立。
正是在做京官的日子裏，海瑞對帝國的政治狀況有了整體性的了解。這個帝國已經整體腐爛掉了。在他看來，問題的根子出在皇帝，解決的辦法也自然在皇帝。皇帝為天下之本，是天下之表率。“一人正，天下無不正。”
曆來談到海瑞上書，人們總是津津樂道於海瑞直言皇帝無道一段，“嘉靖者，言家家皆淨而無財用也”，“天下人不直陛下，久矣”屢屢被人引用，而很少有人注意奏折最後一段裏麵的話：
陛下誠知齋醮無益，一旦幡然悔悟，日禦正朝，與宰相、侍從、言官講求天下利害，洗數十年之積誤，置身於堯、舜、禹、湯、文、武之間，使諸臣亦得自洗數十年阿君之恥，置其身於皋、夔、伊、傅之列，天下何憂不治，萬事何憂不理？此在陛下一振作間而已。
如果不讀這一段，就不能讀懂海瑞，也不能讀懂嘉靖皇帝對海瑞的優柔態度。在這一段裏，海瑞向嘉靖帝講述了一個古老的神話：人的精神決定一切，天下治亂，隻在皇帝一念之間。隻要皇帝一振作起來，按聖人之言去處理每一件事，那麼天下很快就會變成傳說中的大同盛世，百姓很快就會安居樂業，皇帝也自然成為堯舜那樣的偉大帝王。
這個不可能實現的神話，支撐著海瑞一生，也支撐著中華民族度過了幾千年的艱難歲月。海瑞這個天生的理想主義者，天真得爛漫，天真得透明，天真得讓人無法不感動。
嘉靖皇帝之所以不殺海瑞，就是因為從這些文字中看到了海瑞的真誠，看到了海瑞高舉著的一顆拳拳之心。海瑞寫此疏，並不是為了泄憤，也不是為了沽名，他是實實在在地為了皇帝為了天下。他罵得激烈，是因為他愛得深沉。海瑞所言，其實在皇帝看來，也是完全符合聖人之道，氣勢滔滔，不容辯駁。所以，皇帝的反應才這樣矛盾：