回頭再說嚴世蕃被貶戍雷州衛，途中竟和門客羅龍文脫網逃回了江西老家，躲了一陣，見無人追究，膽子便大了起來。他和羅龍文四處活動，又過起了花天酒地的生活。羅龍文勸說嚴世蕃：“少爺，我們是被貶戍的犯人，理應夾著尾巴做人才是，如此明目張膽，恐怕不妥。”
嚴世蕃趾高氣揚地說：“有何不妥？我等被貶戍雷州衛，途中逃脫誰又敢來過問！我父乃國家功臣，先太後有免殺令，別看徐階現在得意，要不了多長時間，我父子必然跟他算總賬！”
禦史林潤獲知了嚴世蕃的情況，密告徐階，請求派兵前往緝拿。此時徐階還沒有控製朝廷，“嚴黨”在朝中的勢力還非常強大，如抗倭名將胡宗憲、俞大猷、戚繼光等名將都屬“嚴黨”陣營，徐階等人稍有不慎，就會搬起石頭砸自己的腳。所以，徐階對林潤說：“嚴世蕃言之有理，本相和嚴氏父子還有最後一戰。若此戰不利，嚴氏父子必將大舉反攻，到時後果不堪設想。”
林潤問：“依相爺的意思，眼下當如何才好？”
徐階說：“密切注意嚴世蕃的動向，並派人打入他的內部。不但要掌握他的犯罪證據，還要唆使他犯下更大的罪行，這樣才能一舉將他置於死地。”
徐階欲擒故縱，並派人打入嚴世蕃內部，唆使嚴世蕃為惡。嚴世蕃小人心性，不但不及時聯絡“嚴黨”為自己父子翻案，還喪心病狂在家鄉為所欲為，貪圖享受，等待著八十多歲的老父翻案。一年後徐階控製了局勢，就毫不猶豫地打響了倒嚴戰的最後一槍。
嘉靖四十三年（1564）十月，在徐階的指使下，禦史林潤又上述彈劾嚴世蕃，稱其私逃回鄉，招財納賄，聚眾為逆，禍害鄉裏。嘉靖皇帝聽說嚴世蕃逃回家中繼續作惡，勃然大怒，再次下旨將嚴世蕃逮捕治罪。
嚴世蕃被關進了獄中，卻並不害怕。有許多過去交往密切的官員來看嚴世蕃，大家惺惺作態，少不了要說一些安慰奉承的話。嚴世蕃眼睛轉了轉，便很知己地跟他們談笑：“林潤參我兩大罪狀，都不算什麼。招財納賄，自古有之。你看皇上治過多少貪官的罪？說我聚眾為逆，他還沒有抓到真憑實據。就憑他們想置我父子於死地，門都沒有。我聽說人們都把楊繼盛和沈煉的死推到了我嚴氏父子的身上，他們要是給我父子安個草菅人命亂殺無辜的罪名，我父子就算死定了。可惜他們沒有這個智能。”
探監的官員們走後，和嚴世蕃同監的羅龍文便抱怨開了：“少爺，他們正不知如何下手害我們，你對他們說了，焉知他們不說出去？你這是自掘墳墓呀！”
嚴世蕃開心地說：“你知道個屁！任他燎原火，自有倒海水。他徐階奈何不了我。你等著吧，不出十天，我們必然會出去。”
果然，那些探監的官員一出來，就把嚴世蕃的話透露了出去。刑部尚書黃光升、左都禦史張永明、大理寺卿張守直等負責審理嚴案的官員正發愁安在嚴世蕃身上的貪汙罪太輕，弄不好得放他出去，聞此訊立刻聚到一起商量，認為楊繼盛和沈煉都彈劾過嚴嵩，也都因為嚴嵩而死，便給嚴世蕃補上冤死沈，楊的重罪，欲將嚴世蕃置於死地。
徐階看到奏章後，大吃一驚，說：“你們是想替嚴世蕃脫罪嗎？”
黃光升等人都不解，說：“嚴世蕃一死尚不足抵罪，何說替他脫罪？”
徐階說：“楊、沈雖然是被嚴氏父子所害，但終是皇上禦批。要論追究責任，罪在皇上，你說你們上這樣的奏折，不是在替嚴世蕃開脫嘛！”
眾人恍然大悟。接著徐階指點道，貪汙罪固然分量不足，但嚴世蕃手下有個官兒和大海盜汪直是兒女親家，汪直又向來和日本人勾結，要說嚴世蕃勾結倭寇，意圖謀反那就再合適不過了。在徐階的指點下，黃光升等人將嚴世蕃的罪狀擬成了如下四條：一、嚴世蕃在他老家蓋了一座帝王規製的府邸。二、嚴世蕃在京城與宗人朱某某，多聚亡命，組織軍隊。三、嚴世蕃之門下客羅龍文，組死黨五百人，與倭寇串通，隨時準備逃往日本。四、嚴世蕃之部曲牛信，本在山海衛把守邊關，近忽“棄伍北走”，企圖“誘致外兵，共相響應”。這四條罪狀，每一條都是犯上作亂的殺頭之罪。嘉靖皇帝看了，大筆一揮：抄家問斬。