福濟本來不想保舉李鴻章，偏偏和春又先他一步將奏報拜發，他也隻好如實稟報。但福濟的奏折卻寫成“奴才特遣知府銜幫辦團練李鴻章，率團勇兩千，襲取長毛屯糧重地無為州，盡毀長毛糧草，長毛不得不分兵去救”。
李鴻章因功被賞加三品頂戴、按察使銜;道員銜署安徽按察使兼署和州知府元詳，被革職發配黑龍江寧古塔。
元詳哭著來向福濟辭行。福濟一麵歎息，一麵無輕無重地安慰了兩句。元詳掩麵退去。望著他的背影，福濟抱愧地對江忠義和張功說道:“蛤蟆是上不得席麵的，你就是把它捧上來當作一盤菜，它也要蹦下去往泥鰍堆裏紮。哈哈哈!”
江忠義沒有言語，張功卻討好地搶著說道:“大人真是高論，想想可不是嗎?把蛤蟆和鯉魚擺在一起，不是要蛤蟆的命嗎?”
進入大員行列的李鴻章，此時卻與福濟的隔閡越來越深。李鴻章深知，福濟是不會允許自己在安徽官場長久駐足的，自己遲早要成為第二個袁甲三。
安徽即將平穩，福濟撈大錢的日子就要來到，他能允許別人向自己的盤裏伸勺子嗎?李鴻章左右為難，進退不得，感到前途一片渺茫。
鹹豐八年(公元1858年)初，形勢發生根本性的變化，太平軍調集重兵分路進入安徽。李鴻章急忙告假，將母親及家小再次遷到磨店鄉居住。李鴻章當日又趕回大營，隨福濟迎戰太平軍。
三月，太平軍連破太湖、潛山、桐城、舒城、廬州、三河鎮等安徽十幾個州縣，安徽全境大半陷入戰火之中。
次年初，太平天國在江西、浙江、江蘇、福建各省大量用兵，太湖、潛山、桐城、舒城、廬州、三河鎮等安徽十幾個州縣，又相繼被清軍收複。太平軍人馬有一大半退出安徽。這個時期，安徽較其他省份相對穩定。
鹹豐皇帝急調和春離皖，出任欽差大臣督辦江南軍務，又調江忠義一軍進規江西，命福濟一人統軍兩萬，在安徽支撐局麵。福濟大撈銀子的時機來到，他一麵尋機排擠三品按察使銜的李鴻章，一麵開始賣官鬻爵，大行克扣軍餉之事。安徽被他搞得烏煙瘴氣，官風極其敗壞。
李鴻章卻預見到太平軍不可能就此放過安徽，安徽更大的戰火將在後頭。他再次告假，緊急趕回磨店鄉，會同大哥李瀚章及四位老弟，把闔家老小搬遷到更遠的一處山村賃屋居住，磨店鄉隻留少許家人看守。李鴻章把家小安排停當，方返回大營。
三月，李瀚章丁憂期滿，分發湖南為補用知府。李瀚章很快到湖南巡撫衙門稟到，被調任湖南團練幫辦、總理湘軍報銷局。
這時的湖南團練大臣是禮部在籍丁憂侍郎曾國藩。曾國藩能委重任於李瀚章，看中的是李瀚章謹小慎微、忍耐成性的品格。