他認為，按照福音書的記述，耶穌將會被任何有理智的人當成騙子。但他認為耶穌不是騙子，而是一名道德高尚的聖人，福音書的記載是錯誤的，因此他編了一本“潔本”的福音書，刪除了那些他認為是迷信、虛假的部分，隻保留了他認為可以接受、推廣的部分。這本名為《拿撒勒的耶穌的生平和道德教誨》的“傑斐遜聖經”，在1820年編成，但直到1904年，才由美國國會批準印刷、限量發行。
林肯在早年是個懷疑論者，他甚至寫了一本猛烈抨擊基督教的書。他的朋友和導師Samuel Hill勸他不要出版這本書，因為這將對他的政治生涯不利。在他競選總統的時候，“不信神”是其政治對手攻擊他的一個理由。他也的確曾經明確說過：“《聖經》不是我的書，基督教也不是我的信仰。”在成為總統後，麵臨著國家危機，或許是為了鼓舞人心或迎合選民，他在公開的場合經常提到“上帝”、“天意”，給人一種他變得虔誠的印象。但是，他心目中的“上帝”、“天意”並不是基督教的“上帝”、“天意”。1856年，在堪薩斯演講時，他如此解釋其“天意”：
“朋友們，我與你們一樣相信天意；但是我相信的是最多人、最大錢包和最長大炮的天意。”
在1862年，當他的朋友Wakefield法官詢問他是否皈依了基督教時，他在回信中明確地說：
“我早年認為基督教的救贖方案和聖經對人類起源的敘述都靠不住，這個觀點隨著時間的推移變得越來越清楚，越來越牢固，我看不出有理由我應該改變我的看法。”
基督教的宣傳品有時還在說，在南北戰爭最困難的時刻，林肯和其內閣成員曾跪下祈禱上帝的保佑。這個傳說，和華盛頓雪地祈禱一樣，都早已被證明純屬捏造。
有趣的是，北方的總司令格蘭特也不信教，而南方邦聯的總統和將軍們都是虔誠的基督徒。如果基督教的上帝是戰神，在這場戰鬥中，他顯然被打敗了。
美國第一位毫無疑問是基督徒的總統是第23任總統本傑明·哈利森（Benjamin Harrison，1888年就任）。在他之前，沒有一位總統可以確認為基督徒；在他之後，除了第27任總統威廉·塔夫特（William Howard Taft，1909年就任）敢於說“我不相信基督的神性”，其他總統至少在表麵上，全成了虔誠的基督徒了。
2000年5月30日
美國不以基督教立國
有一位基督徒網友，看了前麵部分後，給我寫了封信，說是不相信美國最初的幾位總統都不是基督徒，因為他聽說，美國以基督教立國，隻有基督徒才能當總統。“美國以基督教立國”，是我們經常從基督徒那裏聽到的說法。這種說法不僅毫無根據，而且與曆史事實不符。
在美國獨立之前，美洲殖民地倒的確是政教合一，以基督教立法，任何有違基督教教義的言論都是嚴重的犯罪。這類法律之殘酷，讓人聯想到中世紀的歐洲。比如，在被美國人稱為母州（mother state）的弗吉尼亞，1612年由總督德爾（Thomas Dale）發布的法律規定：
第一條：凡是對三位一體或三神聖之一出言不敬者，或者反對基督教信仰者，處以死刑。
第二條：咒罵上帝之神聖名字者，處以死刑。
第三條：詛咒者，初犯根據本地習慣加以嚴懲，再犯用刀戳穿舌頭，三犯處以死刑。
第四條：嘲笑或蔑視神的教誨，或對教士不敬者，當眾鞭打三次，請求公眾的原諒。
第五條：未上教堂或未參加宗教儀式者，初犯扣津貼，再犯當眾鞭打，三犯監禁六個月。
第六條：未守安息日者（指在星期天工作），初犯扣津貼，再犯當眾鞭打，三犯處以死刑。
第七條：殖民地的每個居民以及任何到殖民地來的人，都必須由教士檢查其宗教信仰，如果不合格，要接受教士的教育。如果拒絕去見教士，將被鞭打；再次拒絕，將被鞭打兩次並當眾認錯；如果還拒絕，將每天被鞭打，直到服從。
其他各殖民地也都有類似的法律。以後雖然法律條款逐漸放鬆，但基督教信仰始終是殖民政府的法定宗教，直到1776年，獨立戰爭爆發之時，弗吉尼亞還有法律規定，否認三位一體者，將被判處三年的監禁。