在這種背景之下，我們也就不難理解為何美國的國父們普遍憎惡基督教。在他們決定脫離英國獨立時，采取了政教分離的原則，同時與基督教割離了關係。《美國獨立》宣言由傑斐遜起草，富蘭克林和約翰·亞當斯修改，這三人都是自然神論者，他們開節明義地宣布其信仰：
“在人類事務的進程中，當一個民族必須與另一個民族斷絕他們之間的政治紐帶並在大地的各威權之間，接受由自然及自然之神的定律所賦予他們的分離和平等的地位，出於對人類輿論的尊重，必須把他們不得不分離的原因加以宣布。”
自然神論者是世俗主義者、人文主義者，認為人類事務是完全屬於世俗的事務，不受神的幹預，因此他們強調的是“大地的威權”、“人類輿論”，隻接受“自然及自然之神的定律”（the Laws of Nature and of Nature’s God）。為了避免引起誤解，特地在“神”之前以“自然”一語修飾，以表明他們所說的“神”與“自然”等價。《美國獨立宣言》的通行中譯本的譯者顯然不了解其起草者的自然神論信仰，將“自然及自然之神的定律”一句錯誤地翻譯成了“自然法則和上帝的意旨”。
那位相信“隻有基督徒才能當美國總統”的基督徒，顯然從來沒有認真讀過美國憲法。美國憲法在第四款第六條明確規定：“不得以宗教信仰作為擔任合眾國任何官職或公職的必要資格。”根據製憲會議記錄，該條款被一致通過。美國總統在就職時也無須手按《聖經》向上帝宣誓，甚至連宣誓也不強求，可以以鄭重聲明代替。按照美國憲法第二款第一條的規定，總統就職誓詞不帶任何宗教色彩，全文為：“我謹莊嚴宣誓（或鄭重聲明），我一定忠實執行合眾國總統職務，竭盡全力，恪守、維護和捍衛合眾國憲法。”
在美國憲法製定期間，傑斐遜正好在法國擔任大使，因此未參與憲法的製定。憲法未規定保護公民的權利特別是宗教信仰自由，這使傑斐遜深感擔憂。不過，他的擔心很快就被消除。憲法第一修正案不久被提出來並在1791年生效，其中明確規定“國會不得製定關於下列事項的法律：確立國教或禁止宗教活動自由”。一位基督教的長老在呈交華盛頓總統的谘文中，抱怨憲法未確認上帝和基督教信仰。華盛頓總統答複說：
“我們的政府將努力推動道德和科學的進步，在此進程中，我們可以充滿信心地期望真正宗教的進展和幸福的圓滿。”
如果說，以上種種說明、限製包括了一切宗教，而並不特指基督教的話，那麼，美國政府的確曾經明確宣布過不以基督教立國。在美國建國後最早締結的條約中，其中一個是1796年與北非海盜締結的第黎波利條約。由於北非屬於穆斯林，而穆斯林和基督徒是世仇，因此美國政府覺得有必要正式撇清與基督教的關係。該條約第11條明確宣布：
“由於美國在任何意義上都不是建立在基督教的基礎上，由於美國對穆斯林法律、宗教和安定不抱任何敵意，又由於美國從未參與針對任何穆斯林國家的戰爭或敵對行為，雙方宣布，不應該因為宗教的意見而產生借口破壞兩國的和諧共處。”
該條約在1797年由美國參議院一致通過，第二任總統約翰·亞當斯簽署。這時候美國政府對基督教的態度，也許可以用亞當斯致傑斐遜的信中的話來說明：
“一想起十字架，這個人類有史以來妄用苦難的最要命的象征，我就幾乎要渾身發抖。想想這個苦難的器具所帶來的災難！”
2000年6月8日
美國以“政教分離”立國
美國最高法院在2000年6月19日以6票對3票做出了一項維護政教分離的重要判決：在公立學校的體育活動中，舉行校方支持的禱告儀式違反憲法。該案發生於1995年秋，兩名中學生（一名為天主教徒，一名為摩門教徒）及其母親控告得克薩斯州聖塔菲（Santa Fe）市一所公立學校在舉行橄欖球比賽之前，讓學生代表帶領觀眾禱告，違反了憲法規定的政教分離原則。聯邦法庭早先已判決學生勝訴，現在最高法院也支持該項判決。