阿巴亥知道，如果自己一死，自己的幾個孩子立即會成為眾矢之的，不久之後必會遭到皇太極的迫害。她便說，她一生追隨先皇，獲得了許多其他人都沒有獲得的權力與光榮，所以自己也滿足了，可以接受陪葬。可是她最不放心的是自己的幾個兒子，希望他們在自己死後能夠平安地活在世上。她要幾個貝勒發誓，在她死後一定要好好照顧自己的兒子。
代善首先發誓，他一定會保護並照顧好她的兒子。阿巴亥雖惱他不念舊情，不救她的性命，但此時代善有如此保證，倒也讓她心裏寬慰了幾分。她又將眼睛盯向另兩個貝勒，皇太極便與莽古爾泰同時發誓，表示一定會保護她的兒子。
阿巴亥心中已沒有了顧慮，便終於一咬牙，待沐浴盛裝並佩戴上努爾哈赤賞賜的珠玉後，於努爾哈赤去世的同年同月的十二日辰時自縊而亡，終年僅三十七歲。
終於以完敗告終！阿巴亥不算一個平庸的女子，但她碰到了皇太極，心思總是遜了一籌。爭儲之戰就此告一段落，局勢終於穩定了下來。可惜這穩定的背後卻有著那麼大的犧牲。惜哉！
阿巴亥一死，皇太極再無障礙，在所有貝勒的擁戴下，他順利地登上了大汗之位。他登位後，遵守了自己的承諾，沒有為難阿巴亥的兒子，甚至於後來還把多爾袞當成了自己的心腹之臣。但他對外所稱阿巴亥的死因卻與他編造的遺詔略有不同，隻說阿巴亥是心念先皇，以身相殉，自願陪同先皇共葬於沈陽的福陵。他這樣說，大概是想掩蓋他陰謀裏折射出的罪行吧！而皇太極並沒打算就此罷休，因當年幫她告發阿巴亥及代善風流案的妃子德因澤知其曾設的陰謀，便也一同令其殉葬了，同時殉葬的還有另一位庶妃阿濟根。德因澤落得如此下場，不知她是不是後悔自己當年的種種舉動。由此可見皇太極手段之狠，令人心驚。
直到順治七年（1650年）時，多爾袞總攝朝政，便將其母追諡為“孝烈恭敏獻哲仁和讚天儷聖武皇後”。一年後，多爾袞病故，孝莊太後與順治立即將其列為罪人，同時，其母阿巴亥也被除去了諡號，其牌位也被從太廟中移了出來。
阿巴亥本可以成為受後人紀念的大妃，可惜其子卻偏偏做了大清的罪人角色，連累她屈死後也終不能受後世皇族人尊重。隻能說其時運不濟也！
★人物點評
阿巴亥的結局是悲劇性的。但是，她的悲劇恰恰又是因為享有無比的幸福而導致的。如果沒有此前的幸福，她的悲劇也許不會出現。可是，為什麼會出現這麼矛盾的情況呢？
阿巴亥的大半生都是伴隨努爾哈赤在金戈鐵馬中度過的。阿巴亥跟隨他四處征戰時，雖然她在努爾哈赤的身邊顯得比較突出，但卻並沒有顯示出她非常出眾的一麵。不過也並不奇怪，有努爾哈赤這樣的男人，即使有實力的女人恐怕也樂得去圖一份輕閑，不去更多地操一些心了。阿巴亥嫁給這樣的男人，可謂是極為有福了。但這福也有限度，因為她有幾個對汗位非常有競爭力的兒子，而恰恰皇太極又是一個心機深沉，對儲位誌在必得的野心家。所以，她與皇太極之間便不可避免地會發生衝突。努爾哈赤在世時，有努爾哈赤為她提供庇護，而努爾哈赤一死，她的屏障消失了，加之她在朝廷裏並沒有更加根深蒂固的基礎，所以，在與皇太極的較量中，她不僅輸掉了權力，甚至輸掉了性命。實際上，她是輸在了追求權控與施展陰謀的較量之中。因為她隻是在權力上打主意，而皇太極卻施展詭計，在遺詔上做手腳，不管願不願意承認，正大光明之道好像總是鬥不過陰險卑劣之途。這種例子其實也不僅僅發生在阿巴亥的身上，在我國封建史上這樣的事情也比比皆是。
從阿巴亥被努爾哈赤棄後又被召回的過程來看，頗像楊玉環兩次被驅又兩次被請回的過程。二人都有著非凡的魅力，隻是楊玉環憑借的完全是自己的美麗，而阿巴亥或多或少還因為她的能力也為努爾哈赤所欣賞。但兩個人的這種“召回”卻有了同一種效果，就是最終因為她們過於受寵而成了政治鬥爭中的犧牲品。楊玉環從某種意義上說就是死在了太子李亨之手，而阿巴亥則死在了皇太極之手。看來紅顏多薄命，倒不是什麼偶然的事了。
阿巴亥隻是一個犧牲品，她不幸成為了汗位爭奪戰中的突出人物，所以才有此一劫。但從另一個角度看，如果她真的在這場較量中勝出了，即她的兒子多爾袞繼承了汗位也未必是好事。皇太極何許人也，他必然不會甘心屈服於別人的統治，仍然會圖謀奪權，造成國家的混亂。而由皇太極執政，多爾袞一時之間卻無力與他抗衡，他隻是在許多年後當順治登上帝位後才做上攝政王，那時江山已經趨於穩定，沒有大的外患。所以從這個角度看，皇太極的勝利也屬於曆史的選擇，而阿巴亥卻不幸地出生在了這個時代，所以她的去世便也顯得有了一定的“積極”意義。