鹹豐十一年（1861年）九月，鹹豐帝的靈柩要被運回北京，八大臣全部在護送隊伍之中。慈禧讓人馬車隊緩緩而行，自己卻跟慈安、載淳抄小道提前四天返回了京城。一回到京城，慈禧便召集恭親王奕等大臣，利用自己目前在朝廷的勢力，稱肅順等人偽造輔政詔書，罪大惡極。大學士周祖培、賈楨等人立即請求慈禧垂簾聽政。朝廷這邊奕已經安排妥當，當然是無人敢反對，慈禧也終於可以下定決心了。
鹹豐皇帝的靈柩剛運回北京，慈禧便讓恭親王等人將八大臣分別緝拿，然後將肅順、載垣及端華三人賜死，其餘人等皆革職流放。自此，八大臣已被全部鏟除，慈禧終於可以名正言順地垂簾聽政。鹹豐十一年（1861年）十一月一日，慈禧與慈安在養心殿東暖閣正式開始垂簾聽政，同時立有大功的恭親王奕被封為議政王，執掌軍政大權。
同年十一月，大清年號更為“同治”，意思是兩宮皇太後與皇帝一同治理朝政。因當年為辛酉年，故慈禧發動的政變又被稱之為“辛酉政變”。
慈禧不斷增強的權力欲望加上縝密的思維與計劃，終於讓她掃除了最大的障礙，從而實現了她的人生理想，即垂簾聽政，掌握朝廷大權。她當時僅僅二十七歲。
從鏟除異己到賣國求榮
此時的慈禧已是大權在握，便開始在朝廷裏為所欲為。她在朝廷裏的勢力也是越來越大，成為了一個真正的獨裁者。於是，很自然地，她與兒子同治發生了衝突。
同治十二年（1873年），同治帝已經十八歲了。在多方壓力下，慈禧不得不同意在這一年把權力還給同治，讓他親政。同治是個比較堅強而且認真的皇帝，他仔細地處理著朝廷的每一件事，希望能善用自己的權力，真正地治理好國家。可是相對於兒子來說，更看重權力的慈禧卻並沒有從心裏同意把權力還給同治，她打心眼兒裏對同治履行屬於自己的權力十分不滿，有機會便對他進行訓斥，同時還主動參與朝政的相關事宜。同治當然不願接受，於是母子二人便逐漸產生了衝突。可惜同治在朝中的勢力遠遠不及慈禧，所以如果這場鬥爭真要在朝廷發生的話，那麼同治必輸無疑。同治本人也清楚地知道這一點，所以他輕易不敢把矛盾太激化。
可是後來有一次，慈禧與同治卻有了一次直接的衝突。當同治想重建圓明園時，奕提出了反對意見，同治心中有些不快。而在奕走後，其子載澂又來見同治，同治因心中有氣便避而不見。奕的兒子載澂便玩笑般地稱同治今日有些擺架子。這話被同治聽到後，心中大怒，便下令將其父子賜死。但在眾朝臣的竭力勸阻下，才改為革去奕的官職。
奕從成為慈禧的心腹重臣以來，在朝中一直呼風喚雨，從沒想過會吃什麼虧。如今突然聽到皇上將他革職，心中大驚，立即向慈禧說明此事。慈禧聞之，並沒把這個當什麼大事，隻是告訴他什麼事都沒有，讓他安心離去。
當同治發現奕仍在朝中任恭親王，又聽說是慈禧讓他繼續在朝中公幹時，心中大怒，立即寫了一份詔書，命革去他官爵。奕得知後，又一次請求慈禧庇護。慈禧仍然未把這當什麼事，隻是把同治找來訓斥了一頓，責令他必須收回成命。
同治心中十分氣惱，可是又不得不遵從，隻好又下詔令，將爵位還給了奕，慈禧這才罷休。可是這件事的發生，卻讓同治對慈禧徹底失望，他知道自己無論如何也鬥不過這個掌權的母親，便索性開始逐漸地遠離朝政，打算不再處理朝廷中的任何事。更甚的是，慈禧連他的私生活都不斷幹預，使他在宮中過得極不開心，他從此便開始自甘墮落。在太監的建議下，他又時常在夜間去花街柳巷尋花問柳。不幸的是，不久之後他便染上了性病，後來在同治十三年（1874年）十二月駕崩於養心殿，年僅十九歲。
母子鬥法，可謂當時的清宮一絕。雖然慈禧未直接殺死同治，卻也等於間接地下了手。從二人的權力分析來看，同治的失敗當在情理之中。可惜！誰讓他有如此一個母親呢？
同治去世後，因未留下兒子，所以繼位者隻能在他下一輩的同族人中選擇。可是慈禧擔心自己成為太皇太後之後不便於垂簾聽政，便決定還是在同治的同輩人中選擇。
慈禧為了能夠繼續控製朝權，便提出立奕的兒子載澂為帝，可奕知道這皇帝當得並不自在，便婉言相拒。慈禧思考再三，終於決定立鹹豐帝的侄子載湉為帝。當時載湉年僅四歲，慈禧能直接對他加以控製，這樣一來她便又可以毫無顧忌地控製朝政大權了。
光諸元年（1875年），載湉繼位，即光緒帝。於是，慈禧跟慈安繼續垂簾聽政，仍同以前一樣把持著朝政。
在慈禧把持朝政的這些年裏，她對外不斷滿足外國侵略者的無理要求與“索賠”，對內則不斷派兵去鎮壓以太平天國為主的農民起義，造成國家一片混亂。即便如此，她還是把主要精力放到了朝廷內部的權力鬥爭上來，並未把大清的危險當成一回事。