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黃來福糾察治理軍隊的同時，規模浩大的兩鎮五年政務治理，也是同時展開。
從萬曆二十七年年底到萬曆二十八年年初，抽選自總督府屯牧部中富有經驗的屯田人員，作為總督府的幕僚派遣人員，會同兩鎮的戶部，工部等委官，同時在在山西鎮的汾河，沱河等流域，大同鎮的桑幹河，禦河等流域展開了大規模的荒地勘查，水渠路線等修建籌備。
黃來福決定在五年規劃中，在這些地方修建數十個大型水利工程，幾條巨型的水渠等，為未來的大規模軍屯打下基礎。他可不是隨便說說的，經由東征債券及開發債券籌備來的巨額資金，為他這種大規模的建設，撐起了堅實的保障基礎。
這個年代，由於小冰河天災的影響，這幾河流域中，可供利用的平川及荒地還是很多的，隻要水利跟得上去，完全可以將這些荒地變成良田。
退一步來說，就算兩鎮內的土地不足，塞外還有大批的土地，完全可以安置鎮內富餘的軍隊人力，讓原先那些隻能空耗糧餉，吃著閑飯無所事事的軍士們找到新的用武之地。
事務可說是在雷厲風行中進行，一旦某地的水渠路線，荒地勘查結束，就是大批被劃分為乙等軍，丙等軍的兩鎮軍士們被移防在這裏，成為當地新的屯田衛所。
不說兩鎮內某地整個千戶所，百戶所的軍隊及家屬全部被移到外地是常事，就是整個衛所的軍士被移也不是沒有。
大明軍屯百年下來，許多地方的軍屯土地九成變為當地文官武將豪強太監的私產是很正常的，就如原來的五寨堡軍屯地一樣，大部分成了黃家的私產，餘者軍士們，過著奴隸都不如的生活。
黃來福正是深深地了解到這一點，所以他幹脆來個釜底抽薪，讓人全部卷走，讓他們轉移地方，就算原來衛所的土地還是那些將官們所有，現在他們鎮守的地方都變了，看他們怎麼辦。
黃來福動作極快，而且手段強硬，沒有任何質疑的餘地，任誰敢挑起事端，敢推諉猶豫者，他鎮壓起來決不手軟。
而且對於這種遷移，除了原先當地少數的軍官及豪強官員外，各衛所軍堡中普通的軍士們，他們是抱著無所謂的態度，反正在原來的地方他們也是祖祖輩輩吃不飽穿不暖，換到外地至少有個盼頭。
況且，在這種大規模的遷移中，總督府至少一直保持著他們每日的衣食無憂，就更讓他們沒有埋怨的心思。特別是總督府對未來生活的承諾，讓他們更是心動。
一時間，山西鎮大同鎮內整衛整所的軍士軍餘湧動，大規模放棄原先的舊衛所，搬移到新地點重新設立屯田衛所，當然了，事情由易而難，首先遷移的衛所軍士們，大多還是屬於那種極為窮苦，沒有絲毫盼頭的地方。
至於當地軍頭官員豪強勢力過大，而且也屬於略富足一些的地方，隻是先期遷移走一批的丙等軍士作為新墾殖地點的屯田軍。
不過這種大規模的人員來回湧動，還是看得場外的人目瞪口呆。沒想到黃來福來這一套，也隻有他這種氣魄極大的人，才敢來這一套，換成別人，隨便一個軍士喧變，就將他嚇回去了。
而且眼下有黃來福坐鎮兩鎮，手下有幾營戰力強悍的軍隊在旁，又有數萬強壯的甲等軍不斷挑選出來，兩鎮的安全也並不是問題。
這些新生的衛所屯田大軍們，每到幾河流域中新的墾殖地點後，便會同各地招募來的流民及當地民戶大軍們，熱火朝天地建設新住所，開墾荒地，興修水利等，大批的新興衛所及村鎮不斷湧現了出來。
新興屯田衛所及村鎮不斷湧現，當地大規模建設的同時，也帶來了許多的商機，一時間，這些地方的周邊聚集了大批的商隊民戶等，運糧的人，賣菜的人，拉工的人，運石頭木頭的人……牲口與人口的聚集，又需要眾多的客店踏房等，那種熱火朝天的味道，讓許多人都感受得到。
對於這些新興的軍屯之地，黃來福改變了以往那種授田於軍士們的作法，在這個小冰河災害橫行的年景，他們這種與小老百姓一樣一家一戶的耕作方式根本抵抗不了災害的橫行，而且也非常容易又陷入自己耕地被官員及豪強侵吞的結果。
如果這樣，黃來福可以想象，最多十年，這些軍屯又可能走回了原先大明軍屯的老路上去。所以黃來福在這些軍屯之地采用了五寨堡農場似的耕作方式。
這些土地其實都是屬於總督府控製所有。這些軍士們其實便是總督府下的工人。在這些地方，大規模的興修水利，使用五寨堡良種，施用肥田農藥，采用大規模的耕作方法。
軍士們每月有保底夠生活的月俸，然後勤者獎，懶者罰。讓他們養家糊口的同時，還保持著生活的希望，最大限度地提高他們的生產積極性。
黃來福的盤算，這種高成本大規模的耕作方法後，很快這些軍屯都可以自給自足，當糧食不愁後，有了相關的原料及市場，接下來的商業及工業的發展便順理成章了。
很快，便會在這些屯田衛所內大規模的發展農副業，農牧業等，仿效五寨堡大畜場進行大規模的養殖，進而建立起各種的食品廠，屠宰場，榨油廠等，然後對外增值銷售，將農牧漁業成為一體。
由農而穩，由工而富，而商而活，最終這些屯田衛所不但能自己養活自己，還能為自己創造巨大的價值。而到了這一步，一個新興的商業城鎮便誕生了，還可以帶動周邊的地區發展，形成一個良性的循環。
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從萬曆二十七年年底，兩鎮內大規模的軍屯同時，依兩鎮的五年計劃，大規模的道路修建也在進行。
大批的總督府幕員，隨同兩鎮的工部官員，還有各道各堡的文官武將們，依黃來福的計劃規劃，己經風風火火地勘測從五寨堡到太原城的水泥路線，從五寨堡到大同城的水泥路線，從五寨堡到歸化城的水泥路線。
在這點上，與兩鎮的軍屯及礦業建設不同，不論是文官還是武將們，都是非常讚同，大同鎮巡撫魏允貞同樣是非常讚賞，當勘測從五寨堡到大同城的水泥路線時，可說是通力配合。
交通的重要，不論是放在古代還是現代，都是舉世公認的，就是在古代，大善人的重要標誌也是修路鋪路，隻是無奈錢糧有限，稍稍修建那種達百裏之上的道路，也沒有幾個人有能力做到罷了。
眼下總督府的承擔了大部的資金，不需要地方上耗費多少錢糧，而修路的好處又是有目共睹的，有優良的道路從自己境內經過，便會帶來多少好處？五寨堡就是個明顯的例子。
現在有這種好事，自然是人人踴躍。
而且總督大人仁慈，不需要兩鎮百姓出瑤役，而采用支糧支銀的方式來用工。每天有管夠的麵餅熱湯，每月還有不少的月銀，在眼下這個災年頻繁，越來越多流民的時代，有什麼比這更吸引人的？
小民什麼都沒有，就是有一把力氣，而對於小老百姓來說，能掙錢，能吃飽，誰會吝嗇賣力氣？
而且由於三條道路工程浩大，怕要建設長達數年，需要海量的用工單位，不但是兩鎮的富餘民工被掃一空，就是遠在兩鎮外的流民民夫們，隨著消息的傳開，也是被吸引，不斷地湧入山西鎮大同兩鎮。
一時間，從萬曆二十七年年底，從各地流民及民戶中招募來的密密麻麻的修路民夫又成為兩鎮內新的一道風景線。
而多達數萬的修路民夫們又吸引了外圍無數的商隊盤旋在外，三條水泥路需要的海量水泥又讓神池堡的水泥廠徹夜不停地開工著……
總督府獨自承建三條規模浩大的水泥路引起了朝野的廣泛讚譽，這種利國利民的好事，任誰也挑不出絲毫的毛病，不論是如何對黃來福不滿的官員們，在這點上，也不得不稱讚黃來福兩句，萬曆皇帝更是專門下旨嘉獎。
當然了，比起這個大規模道路修建政務的好評如潮，黃來福在接下來的礦業政務經營上，則是彈劾他的折子堆得比他人還高，全靠萬曆皇帝在後撐腰強壓著，否則他淹也要被百官禦史的口水所淹沒。
秉承黃來福的一慣強硬，在萬曆二十八年的正月時，他便宣布沒收山西大同兩鎮內所有非法礦主的礦山，接下來更是派出經驗豐富的寧武營進行武力接受鎮壓，到處是殺得血流成河。
據不完全統計，在接下來的幾年中，死在寧武營槍炮下的兩鎮非法礦主高達百人，非法武裝礦丁高達三千餘人，沒收非法礦主的財產多達兩百餘萬兩銀子。寧武營參將劉全利的名聲，緊跟黃來福之後，可止小兒夜啼……
萬曆二十八年正月十五日，公元1600年2月28日。
報經萬曆皇帝同意後，黃來福各遣軍士及流民一萬，在離山西鎮及大同鎮邊塞外數百裏的東勝衛、鎮虜衛、雲川衛故地上複設新的城堡軍營。
東勝衛、鎮虜衛、雲川衛原塞外三地明初時屬山西行都司管轄，明中葉後，大明勢力內縮，更由於補給不易，加上當時蒙古人騷擾嚴重，所以三地及附近衛所全部放棄，大明勢力縮回長城之內，也因此大明繁華內地承受了百年的戰火。
眼下三衛恢複，不但使大明防線大幅度北移，有力防護了山西鎮及大同鎮等地的安全。而且這種複土之功，是每朝每代，任何一個君王都所期盼的。
複衛不久後，萬曆皇帝專門以此告祭太廟，百官們也是紛紛上表祝賀。