但是，支持政協及對共緩和的力量並非國民黨內主流意見，政協對國民黨之衝擊遠較外界認知的更為嚴重。因為政協決議一旦實行，即意味著國民黨將由無競爭的一黨壟斷執政權退而為通過民主競爭而取得執政權，在這個過程中，一定有相當部分的黨員失去執政時的既得利益，而且也有國民黨在民主競爭中敗陣，從而最終失去執政地位的危險，因此其黨內對政協的強烈反彈非為無因。與政協前後中共無論公開還是私下對政協的積極評價相比，國民黨則無論公開還是私下對政協均以負麵意見居多。1月至2月間發生的滄白堂與較場口事件，可謂一葉知秋，當時的社會輿論認為，國民黨“如果心理上先蒙上一層陰影，對於鬧嚷嚷、活潑潑的人民行動看不慣，一定要以拳頭鐵條打擊別人表達意見的自由，那可就太危險了。以小喻大，則滄白堂的石塊與較場口的鐵條，可能就是國家大亂的縮影。”《民主的習慣》，上海《大公報》1946年2月12日。然而情勢的發展正應了輿論之擔心。政協閉幕後，國民黨內對政協的反對聲一浪高過一浪，並以憲草決議為攻擊重點。首先是支持國民黨的憲法專家公開撰文，從法理角度攻擊政協憲草與“五權憲法之精神大相徑庭，而且十之七八皆根本欠妥”，尤其是“對於中央政製之擬議，幾無一是處”;聲稱“如果曲解了五權憲法的原則而製定的憲法，也不是我們所需要的憲法”，主張堅持國民大會應為有形的存在;五院行使治權，不容與政權相混;省長可以民選，但不主張省憲。三民主義憲法促成會編印《憲草修改原則批判集》，1946，第116、118、57、63頁;孔繁霖編《五五憲草之評議》，第87~88頁。政協憲草案規定由選民投票行使選舉、罷免、創製、複決四權，是為國大，從而將有形國大化為無形;行政院對立法院負責，從而隨時可以發動倒閣;省得製定省憲，保證了地方自主權。這樣的憲法當然對中共和其他非執政黨有利，而不利於國民黨和蔣介石個人的集權。實際即反對政協憲草的國會製、責任內閣製和省自治原則，而主張中央集權、大權獨攬的總統製，以利於國民黨和蔣介石個人集權。同時國民黨輿論工具又發表了一係列指責政協的文章，聲稱政協隻能代表黨派意見，不能代表全體國民意見;國民黨隻能“還政於民”，不能“還政於黨”;政協決議沒有法理效力，不過供政府采擇，應該由國民大會決定，等等。參見李旭編《政治協商會議之檢討》，時代出版社，1946;孔繁霖編《五五憲草之評議》;《憲草修改原則批判集》。葉青(任卓宣)撰文對政協的攻擊可為代表，該文稱:中國現在的政治問題是統一和民主二者。政協對於統一無所成就，對於民主的成就則是分贓。這有什麼好處呢?沒有，但是壞處則有之。對於統一，政協把它由現階段徹底完成推到北洋軍閥時代的聯省自治。對於民主，政協把它由20世紀的民主政治(三民主義的)推到18世紀的民主政治，個人主義的，就中國而論，則是由北伐以後的民權主義推到辛亥革命以後的代議政治。這不是開倒車嗎?如果政協決議一一見諸施行，那就要造成中國退步，政協帶有濃厚的反動性質。葉青:《政治協商會議決議之檢討》，李旭編《政治協商會議之檢討》，第179頁。政協既已被他們認定為“反動”，則他們對政協的反對可謂“吊民伐罪”，國民黨內反對政協火藥味之濃於此可見一斑。公開的反對已經如此激烈，私下的反對則更無顧忌，在國民黨高級官員的各種私下集會中，對政協的反對已蔚為潮流，這些反對意見可見《王世傑日記》、《徐永昌日記》和唐縱《在蔣介石身邊八年》1946年1月至3月間的有關敘述。所有這些均為六屆二中全會對政協及對共政策之爭論準備了條件。
國民黨最高領袖蔣介石對政協實際也不滿意。1月12日，蔣在日記中寫道:“頒發停戰命令，以及宣布政府關於保障人民自由權利等四項要旨，在現時觀之，對於政府乃為不利……但為國家前途計，此時隻有忍辱負重耳!”他又在其年末反省錄中寫道:“自一月十日政治協商會議開會與頒發軍事停止衝突令後，政府無論政治、軍事各方麵，皆處於被動逆勢”，“餘此時之處境，乃至感痛苦。”秦孝儀主編《總統蔣公大事長編初稿》卷6(上)，第13、348頁。“忍辱負重”與“至感痛苦”是蔣對自己態度的最好說明，也是他事後對國民黨各級幹部所不斷表白的。
作為國民黨的領袖，蔣介石當然感到了實行政協決議對於國民黨和他個人統治地位的威脅，但他不會就此束手，而是謀劃如何推翻政協決議。政協剛剛閉幕，2月4日，蔣介石在接見外國記者的談話中，談及改組政府時稱:現在乃政黨合作之開始，將來政府采取何種方式須由國民大會決定。中國國民黨河北省黨部編印《政治協商會議之經過及有關文件》，1946，第49頁。這裏已透露出蔣不承認政協決議的訊息。10日，蔣約請國民黨高級幹部談話，由憲草案入手，表示了他的意見:“此次政治協商會議中，憲草所決定之原則與總理遺教出入處頗多。餘事前未能評閱條文，在協議決定以前，不及向本黨代表貢獻意見，以相商榷。協議既定之後，本黨代表八人所同意者，黨不能不為八位代表負責，雖有不同意之處，黨亦隻好為所派遣之代表負責也。然事實上欲據此原則作為定案，則窒礙甚多，且決不能拘束國民大會而使之通過，亦為甚明之理。”對憲草決議規定的國大形式及中央和地方政製，蔣均提出了反對意見，並“深望今日在座之各位老同誌，於此次憲草審查委員會開會時，盡保障三民主義五權憲法之責任。”秦孝儀主編《總統蔣公大事長編初稿》卷6(上)，第41~43頁。蔣的這番談話，明白無誤地要否定政協決議，在座諸位國民黨高級幹部更不會不領會蔣之心思，故追根尋源，國民黨內對政協決議之反對實源於蔣介石，由此也不難理解，為何政協以後國民黨多數人視政協決議為無物，並對其大加攻擊了。