作為中國通的樺山資紀，本想在中國人的傳統節日——中秋佳節時好好慶祝一番。不過，他的這番“閑情逸致”，卻被台北城內、城外的幾起爆炸事件給破壞殆盡。尤其是在得到民政局長官水野遵斃命和全城大搜查一無所獲的消息之後，失去了理智的樺山資紀被徹底激怒了。他立即在總督府官邸召開了緊急會議，圍繞著占領區不斷惡化的治安狀況商討對策。
會議進行得緊張激烈，以伏見宮貞愛親王為代表的軍方勢力與以陸軍局長官大島久直、海軍局長官角田秀鬆為代表的總督府勢力，針對如何應對台灣義軍在台北地區的襲擊活動，發生了激烈的爭吵。鑒於台北地區的治安形勢日益惡化，陸軍局長官大島久直主張暫緩南進作戰行動，先集中優勢兵力，對台北、基隆地區展開大規模的掃蕩，待北部地區的治安穩定下來，以及第三旅團投入到台灣戰場之後再展開新的攻勢；然而伏見宮貞愛親王卻對這一方案持反對意見。他認為南進作戰已經全麵展開，為了占領新竹，大日本皇軍已經付出了很大的代價，怎麼能因支那人的一些襲擊騷擾就半途而廢呢？其實皇軍可以南進與掃蕩並舉，隻要堅持到第三旅團投入戰場，這場戰鬥的勝利就一定會屬於大日本帝國……
為了各自的利益，雙方各持己見誰也不肯讓步。然而，就在他們沒完沒了的吵嚷聲中，基隆、瑞芳、八堵以及金包裏、深坑、錫口街、龜侖嶺等地幾乎同時被襲的噩耗相繼傳到了台北總督府：獅球嶺隧道遭義勇軍襲擊被完全炸毀，基隆通往台北的主要交通線已告斷絕；基隆港軍火倉庫發生大爆炸，人員、物資損失慘重；瑞芳、八堵煤礦礦井相繼被台灣抵抗力量炸毀，短期內無法恢複生產；陳秋菊“匪部”在中秋前夜攻打了深坑的憲兵屯所，殺死憲兵警察十多人，並占領了深坑莊；許紹文“匪部”在中秋節那天混進金包裏街，襲擊了憲兵分駐所，二十名日本憲兵全部為天皇盡忠；同日，詹振率部攻入錫口街，搗毀了設在街上的一個電報線路維護站，總督府直屬通訊中隊的六名通訊兵被殺，同時還切斷了台北、基隆間的電報通訊線；晚一些時候，林李成、王秋鴻襲擊了龜侖嶺的樟腦工廠，殺死守衛工廠的警察三十餘人，焚毀樟腦上千斤……
這一封封如雪片般飛來的軍情電報，猶如平地裏響起了一連串的炸雷，使得台灣總督樺山資紀、伏見宮貞愛親王以及陸軍局長官大島久直、海軍局長官角田秀鬆等日軍在台的高層官員受到了無比強烈的震撼。在一陣頭暈目眩之後，樺山資紀終於明白了支那軍的戰略企圖，然而知道又如何，該發生的已經發生了，一切都已經不可挽回。
會議室中鴉雀無聲，大島久直、伏見宮貞愛等人也沒有了再爭論地興致，所有的人都不約而同的把目光投向了樺山資紀，靜靜地等待著總督兼台灣軍務司令官做出最後的決定。
此刻的樺山資紀隻可以用萬刃穿心來形容。天皇選擇自己作為台灣的第一任總督，其中寄予了多大的信任和希望啊！然而這幾個月以來，不但南進行動損兵折將，屢受挫折，而且連已經占領的台北地區也出現了如此大的紕漏，真是愧對天皇、愧對帝國呀！雖然放棄南進已取得的戰果，確實令人心有不甘，但從目前的情況來看，僅僅依靠台北現有的軍隊，顯然沒有能力將占領區的抵抗力量一舉蕩平。再說獅球嶺隧道斷絕、基隆港軍火倉庫被炸，已經使得皇軍繼續南進的戰略難以為繼，再打下去也隻不過是自取其辱罷了。樺山資紀暗暗歎了一口氣：亡羊補牢，但願還不算晚！
抬起頭掃視了一眼與會眾人，樺山資紀沉聲說道：“台北地區是大日本皇軍立足台灣的根本，它的穩定對帝國未來在台灣的命運至關重要。目前，台北各地的兵力十分緊張，很難應付支那人此起彼伏的騷擾和襲擊，不解除這種威脅，大日本皇軍將永無寧日。我建議，暫時停止對竹南的作戰準備，從各地臨時抽調到新竹附近地區的兵力都各歸其部，務必保證台北地區治安的穩定。”
會議室中一陣沉默，眾人都明白樺山資紀這番話的意思，其實就是意味著此次南進行動將再次無功而返。掃蕩部隊撤回，新竹－台北之間的糧道必將重新斷絕，沒有了物資彈藥的補給，第二旅團也隻能從新竹撤退。之所以沒有直接下命令，隻不過是不想太掃北白川宮能久親王和伏見宮貞愛親王等軍方將領的麵子而已。
10月6日，日軍在台北－新竹間的掃蕩部隊全部撤回台北各地。10月10日，北白川宮能久親王率近衛師團及東路軍殘部黯然從新竹、大湖口、龍潭陂等地撤退。自此，日軍進攻新竹的第二次南侵行動終以失敗告終。
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