內戰爆發時，李本一隨部與解放軍在安徽交鋒，並在靈璧、泗縣等地取得“捷報”。當國民黨軍隊對山東實施重點進攻時，第7軍也隨之調到山東。此後整編第74師被圍，離該師最近的第7軍、整25師和整83師成了解圍的主力。可惜三個部隊各懷鬼胎，都是出兵不出力，坐看整74師覆沒，張靈甫等將領陣亡。事後國防部追究責任，對整25師和整83師的指揮官做出了處罰，但是對於新桂係的第7軍不好下手，畢竟白崇禧位高權重，動第7軍，容易落的個打壓雜牌的名聲。有人就出了主意，拿李本一開刀，重談李當年在南京的作為。白崇禧要保第7軍整體，就不便顧及個體，於是在白對李的再三保證之下，李本一“歸案”了。1947年7月25日，國民政府明令公布“陸軍少將李本一著即免官，並剝奪原授該員之忠勤勳章及陸海空軍甲種一等獎章、幹城甲種一等獎章、華胄榮譽獎章”，此外軍事法庭判處他三年有期徒刑。不過一切的一切都隻是做做樣子，李本一在監獄裏“坐”了三個月，就在白崇禧先前的保證下重回第7軍當副軍長了。好麼，三年變成三月了……
1948年3月，李本一接掌第7軍（時稱整編第7師），當時他不會想到，躊躇滿誌的他會成為第7軍的末代軍長。當時的第7軍未被賦予作戰任務，李本一就帶著部隊先後在信陽和孝感整訓。在1949年3月與解放軍江漢軍區的交鋒中，第172師損失一部，李本一沒有想到，他所率領的精銳竟然會被“共匪”的地方團隊擊敗，但這次戰鬥沒有引起李本一的重視，他過高地估計了自己部隊的戰鬥力，而且也忽視了當時部隊的士氣。
解放軍發起渡江戰役後，江防沿線的國民黨軍隊有如飛毛腿一般地往南轉進。1949年8月，位於湖南的中央軍竟然宣布了起義，而始終貫徹**反蔣思路的新桂係為了獲得美國支持，竟然堅持抵抗，這不得不說是一種諷刺。這首當其衝的，就是李本一的第7軍，根據“小諸葛”白崇禧的部署，要李本一在青樹坪伏擊解放軍，李倒也不負眾望，給了解放軍的追擊部隊一個措手不及。但回過神來的解放軍立即集中兵力圍攻第7軍，這回輪到李本一措手不及了，這原本是進攻的部隊就這麼三下五除二的被解放軍擊潰，7軍的副軍長淩雲上、參謀長鄧達之、第171師師長張瑞生和第172師師長劉月鑒全部被俘，隻剩下個光杆軍長李本一衝出包圍圈回廣西複命去了。
這一結局，使“小諸葛”頓時氣得七竅生煙，不過他沒有處罰李本一，要和“共匪”幹仗，還是需要李本一這樣的猛將的。白一麵重新調整廣西防務，一麵升李本一為第3兵團副司令官，並要其重建第7軍。經過東拉西拚的，終於以廣西的幾個地方保安團，搭建起了171師和172師的架子，再加上在衡寶戰役中未受損傷的224師，李本一似乎又有了些底氣。但他沒想到，解放軍攻入廣西後，他的224師首先在梧州覆沒，師長劉昆陽被俘，緊接著第172師又由師長劉維楷率領在百壽起義了。李本一隻得帶著171師向3兵團張淦的司令部靠攏，但又沒想到，最後賴以堅持的171師師長楊受才卻拋下張司令官和他李軍長跑了。11月30日，第7軍殘部在博白覆滅，李本一化裝脫逃，但仍不免於12月16日在平南被俘。此後李本一相繼被關押在漢口、合肥。1951年8月24日，李本一經過公審，被安徽省皖北人民法院以在抗日戰爭時期“殘殺三萬群眾”等罪名判處死刑，並於當天執行槍決。
(本章完)