這樣，袁世凱成為李鴻章外交政策的堅定執行者。在朝鮮，他的官銜成為欽命駐紮朝鮮總理並通商大臣，在漢城成立了公署。
1895年，朝鮮半島爆發了類似中國義和團的"東學道"運動。主要就是反對洋教、反對洋人，一時間，朝鮮半島完全卷入了這場急風暴雨的大規模運動中。
東學道農民起義陡然爆發，來勢凶猛，弄得朝鮮政府一下子手足無措。朝鮮國王便急電清政府代為"戡亂"。這時，袁世凱也認為東學道不過烏合之眾，一擊即潰。所以也電請清政府發兵朝鮮，平複亂眾。當時，日本、俄國也積極插手朝鮮內政，意欲使之淪為他們的"保護國"。
但是，袁世凱卻低估了日本人，他在為請清政府出兵寫給李鴻章的信中，談了他自己對日本人將會采取行動的看法:認為日本充其量不過借口保護使館，派來百餘名士兵開赴漢城而已。李鴻章接受了袁世凱的意見，在朝鮮"速為代戡"的正式請求下，於1894年6月4日派兵1500名，馳往漢城。同時，遵照《中日天津條約》，照會日本外務省。
但是，早在1894年5月底，日本早已進行了秘密戰爭動員。中國政府出兵朝鮮的照會一到，當即於6月9日，由日本駐朝公使大鳥率800"護衛隊"，強入漢城。日本海軍陸戰隊8000人，在仁川登陸，向朝鮮首都漢城挺進。朝鮮半島局勢急轉直下。
李鴻章、袁世凱麵對日本如此迅速大規模的出兵朝鮮，真是大出意料之外，瞠目結舌。緊接著，日本政府向清政府提出旨在吞並朝鮮的《朝鮮內政改革案》，逼令中國同意。
袁世凱自然對日本逼迫中國同意的"改革案"的實質十分清楚。為了能夠爭取日本人放棄武裝行動，袁世凱便苦勸閔妃集團，起用卓有聲望的老臣，進行改革。然而對於閔妃來說，事關自己權勢利害，她便斷然拒絕。
於是，袁世凱斷然決定在朝鮮發動政變，推翻閔妃集團，扶大院君執政。他密報李鴻章，以求得到李鴻章的批準。但李鴻章認為事關中、日、朝三國關係，沒有貿然同意，而是想通過俄國居間調停，從外交途徑上以求息事寧人。
袁世凱行伍多年，深知戰爭迫在眉睫時應該采取辦法，兵來將擋。他發動政變的意圖為李鴻章否決後，又數次急電李鴻章，請求大量往朝鮮增調海陸兩軍兵力。這時中國軍隊在朝1000餘人，而日軍駐朝8000餘眾。袁世凱請求增援也並非一味好戰。他認為這樣首先可以示以聲威，在軍事力量上取得互相抗衡的地位;其次，即使戰爭一旦爆發，中國方麵也不至於因寡不敵眾而損失慘重。
李鴻章認為俄國在朝鮮半島上並非無利可圖，利用俄國的這種心理，更可以"聯俄製日"。李鴻章正致力於俄英出麵調停、斡旋中日在朝爭端。袁世凱的第二次建議同樣被李鴻章否決了。
日本利用在朝鮮半島的軍事勢力，迅速迫使朝鮮政府承認了內政改革草案。
在這種情況下，袁世凱孤身在朝鮮，盡管是以"監國大臣"自居，也隻好一言不發，保持沉默，靜候李鴻章從談判桌上帶回豐碩的成果。日本人充分利用了談判桌前爭取的時間，馬上控製了朝鮮政府。袁世凱在等候遠方來鴻時，卻眼見自己在朝鮮苦心經營12年的親華勢力，頃刻間土崩瓦解，意態慘然。
眼見日本人控製著朝鮮政局，大勢已去。敵眾我寡，難以動作。袁世凱心灰意冷，隻想一走了之，擺脫在朝鮮孤立無援、四麵楚歌的境況。1894年6月29日，袁世凱連發三電致李鴻章，請求允許他回國。
但是，李鴻章卻比袁世凱有耐心，他還在等待著俄國調停的佳音。因此回電，稱:"要堅負，勿怯退。"
袁世凱身居朝鮮，自知自己處時長久性命難保，而且縱然一死，也無力挽既倒之狂瀾。因而下定決心，擺脫困境。在李鴻章來電的同一天，再次犯顏致電，陳述了自己目前窘迫的處境，渲染了自己縱然一死也無濟於事的痛楚。
大軍不援，袁世凱僅三寸之舌，又豈能對付千萬兵戈!李鴻章最終還是被打動了，回電允許袁世凱回國。1894年7月17日，袁世凱化裝易服，搭乘"平遠艦"，悄悄離開了漢城。
至此，袁世凱結束了在朝12年政治生涯，隻留下朝鮮政府為他在漢城樹立的"功德碑"。