第三，其最輝煌的成就是在教育思想方麵。他的教育思想博大精深，其中最值得關注的，一是論述“小學”和“大學”教育，二是關於“朱子讀書法”。比如對於大學教育方法，朱熹一是重視自學，二是提倡不同學術觀點之間的相互交流。小學和大學教育的見解，為中國古代教育思想增添了新鮮的內容。他的《四書集注》被明清兩代作為科舉考試的內容。
“朱子讀書法”六條，即循序漸進:讀書應該按照一定次序，前後不要顛倒，不可囫圇吞棗，急於求成；熟讀精思:讀書既要熟讀成誦，又要精於思考；虛心涵泳:讀書時要反複咀嚼，細心玩味；切己體察:必須要見之於自己的實際行動，要身體力行；著緊用力:必須抓緊時間，發憤忘食，反對悠悠然，必須精神抖擻，勇猛奮發，反對鬆鬆垮垮；居敬持誌:必須精神專注，注意力高度集中。所謂“持誌”，就是要樹立遠大誌向，並以頑強的毅力長期堅守。“朱子讀書法”集中地反映了我國古代對於讀書方法的研究成果，其中不乏合理的內容，值得我們借鑒。主持四大書院之白鹿洞書院、嶽麓書院。為了幫助人們學習儒家經典，他又於儒家經典中精心節選出“四書”並刻印發行。
這是教育史上的一件大事。“四書影響深遠，後來成為封建教育的教科書，使儒家思想成為全麵控製中國封建社會的思想。他編寫了許多通俗易懂的教輔書藉，如《三字經》、《弟子規》等國學普及書本，最早出自其著作。
第四，朱熹一生雖然為官時間不長，但十分注重為下層人民辦好事。反對地主豪紳在災荒時期用高利貸剝削農民，上疏要求減免租稅。請求政府興修長江石堤，解決石堤失修問題，雇用饑民，解決他們缺食問題，饑民稱善。微服下訪，調查時弊和貪官汙吏的劣跡，彈劾了一批貪官以及大戶豪右。政治上堅決主張對金抗戰，反對調和。
第五，科學思想。英國科技史家李約瑟評價：“朱熹是一位深入觀察各種自然現象的自然學家”。“當我們進一步考察這一精心表達的自然體係時，我們不能不承認宋代哲學家所研究的概念和近代科學上所用的某些概念並無不同。”“反映了近代科學的立足點”，“至少理學的世界觀和自然科學的觀點極其一致，這一點是不可能有疑問的。”“宋代理學本質上是科學性的，伴隨而來的是純粹科學和應用科學本身的各種活動的史無前例的繁盛。”朱子對天文、地理、生物、農業、氣象等都有研究。他設想設計一個球體類似天球，球體內部標上星辰位置，人進入球體內部，隨著球體的轉動人可以隨之觀察星辰。朱熹用渾儀觀測過北極星的位置與地麵所構成的夾角，並試圖通過比較各地北極星的高度及其與地中嶽台的關係以證明大地的運動，表明了他通過對照比較各地不同的觀測數據而進行懷疑思考的科學精神。除此之外，對地質學化石、否認神創論、宇宙起源、地心說、大地自轉、日食與月食、潮汐、雪花六角晶體形狀、雨虹等的形成、地理對氣候的影響、生物與人類起源、中醫診脈、農業生產結構、農作物布局及具體的生產技術等問題都有見解闡述。
第六，美學思想。朱熹的哲學體係中含有藝術美的理論。他認為美是給人以美感的形式和道德善的統一。認為文與質、文與道和諧統一才是完美的。“問渠那得清如許，為有源頭活水來”。朱熹對“文”、“道”關係的解決，在哲學思辨的深度上超過了前人。
許多年裏，朱熹之言，被皇家視為不能更改的、絕對的權威。其思想學說從元代開始已成為中國官方哲學，不但深刻地影響了中國的傳統思想文化，而且還遠播海外，產生巨大的影響。
朱熹他不信鬼神，不相信世間萬物是由鬼神主宰的，更不相信冥冥之中是有定數的，他認為逢事在人為，沒有人不可以做到的事情。這在中國古代文人中是十分難得的。
他的學說，不僅成為中國的國學，而且從十四世紀開始，就已經相繼流傳於日本、朝鮮等東南亞諸國。朝鮮李氏王朝非常推崇朱子學說；而日本從德川幕府時代起，就以朱熹的學說為官學了。
他的學說對我國封建社會的曆史發展影響很大，以至後來的康熙皇帝稱朱熹為：“集大成而緒千百年絕傳之學，開愚蒙而立億萬世一定之歸”。
他所創立的南宋理學迄今仍被美國、日本、韓國、馬來西亞等國推崇。
朱熹書法造詣精湛，筆墨雄贍，超逸絕倫。自古以來，傳世墨跡，雖是斷簡殘編，都被奉如至寶加以珍藏。
我們現在所用的許多成語、警示之言都出自朱子著作如“山珍海味”、“一寸光陰一寸金”等等。他第一個提出“光明正大”的從政觀。