上以國藩所練鄉勇得力，剿匪著有成效，諭令馳赴湖北剿賊。國藩以為賊所以恣意往來者，由長江無官軍扼禦故也。乃駐衡州造戰艦，練水軍，勸捐助餉。四年正月，督師東下，與賊接戰嶽州，又戰靖港，皆不利。得旨革職，仍準專折奏事。時國藩已遣楊嶽斌、彭玉麟與塔齊布合擊賊湘潭，大破之，複其城，賊退踞嶽州。七月，國藩攻克之，毀其舟。賊浮舟上犯，再破之。遂與塔齊布水陸追擊，自城陵磯二百餘裏，剿洗淨盡。賞三品頂戴。九月複武昌、漢陽，盡焚襄河賊舟。賞二品頂戴，署湖北巡撫，賞戴花翎。旋以國藩力辭，賞兵部侍郎銜，辦理軍務，毋容署理巡撫。
國藩建三路進兵策，奏言江漢肅清，賊之回巢抗拒者，多集興國、蘄州、廣濟諸屬。自巴河至九江，節節皆有賊船。擬塔齊布由南路進攻興國、大冶。湖北督臣派兵由北路進攻蘄州、廣濟，自由江路直下，與陸軍相輔為進止。上命如所請行。國藩揚帆而下，連戰勝賊。蘄州賊來犯，再破之。會塔齊布複興國、大冶。時賊以田家鎮為巢穴，蘄州為聲援，自州至鎮四十餘裏，沿岸築土城設炮位對江轟擊，橫鐵鎖江上，以阻舟師。南岸半壁山、富池口均大股悍賊駐守，舟楫往來如織。國藩計欲破田鎮，當先奪南岸。十月，羅澤南大破賊半壁山，克之。國藩部署諸將分戰船四隊，一隊扼賊上犯，二隊備爐剪椎斧前斷鐵鎖。賊炮船護救，三隊圍擊之，沉二艘，賊不敢近。須臾，熔液鎖斷，賊驚顧失色，率舟遁。四隊駛而下，追及於鄔穴，東南風大作，賊舟不能行，官軍圍而焚之，百裏內外火光燭天，浮屍蔽江。陸軍自半壁山呼而下，悉平田家鎮、富池口營壘，蘄州賊遁。是役也，斃賊數萬，毀其舟五千，遂與塔齊布複廣濟、黃梅、孔壟口、小池驛，上遊江麵肅清，進圍九江。
十二月，上以國藩調度有方，賞穿黃馬褂，賞狐腿黃馬褂、白玉搬指、白玉巴圖魯翎管、玉靶、小刀、火鐮各一。國藩遣水軍攻湖口、梅家洲，以通江西餉道。大小十餘戰，銳卒兩千人陷入鄱湖，為湖口賊所捍，水軍分為兩。
五年，賊竄武昌，分股乘夜由小池口襲焚國藩戰艦，戰失利。越數日，大風複壞舟數十。國藩乃以其餘，遣李孟群、彭玉麟及胡林翼所帶陸師回援武漢,親赴江西造船募勇，增立新軍，連破賊姑塘、都昌，進攻湖口，大敗之。七月，塔齊布卒，國藩馳往九江兼統其軍。八月，水軍複湖口。九月，補兵部右侍郎。九江不下，國藩以師久無功，自請嚴議。上諭曾國藩督帶水師，屢著戰功。自到九江後，雖未能迅即克複，而鄱湖賊匪已就肅清，所有自請嚴議之處，著加恩寬免。
六年，賊酋石達開竄江西，郡縣多陷。國藩馳赴省城，遣彭玉麟統內湖水師退駐吳城，以固湖防。李元度回剿撫州，以保廣信。諸將分扼要地，先後複進賢、建昌、東鄉、豐城、饒州，連破撫州、樟樹鎮、羅溪、瓦山、吳城之賊。會同湖北援師劉騰鴻、曾國華等，大破賊瑞州，複靖安、安義、上高，自江西達兩湖之路，賴以無梗。七年正月，複安福、新淦、武寧、瑞昌、德安、奉新，軍聲大振。不一歲，石逆敗遁江西獲安，曾國藩力也。