二月十八日，丁父憂。上諭曾國藩見在江西，軍務正當吃緊。古人墨絰從戎，原可奪情，不令回籍。惟念該侍郎素性拘謹，前因母喪未終，授以官職，具折力辭。今丁父憂，若不令其回籍奔喪，非所以遂其孝思。著賞假三個月，回籍治喪。俟假滿後，再赴江西督辦軍務，尋固請終製。
上諭曾國藩本以母憂守製在籍，奉諭幫辦團練。當賊氛肆擾鄂皖，即能統帶湖南船勇，墨絰從戎。數載以來，戰功懋著，忠誠耿耿，朝野皆知。伊父曾麟書因聞水師偶挫，又令伊子曾國華帶勇遠來援應，尤屬一門忠義，朕心實深嘉尚。今該侍郎假期將滿，陳請終製，並援上年賈楨奏請終製蒙允之例。覽其情詞懇切，原屬人子不得已之苦心。惟現在江西軍務未竣，該侍郎所帶楚軍，素聽指揮，當茲剿賊吃緊，亟應假滿回營，力圖報效。曾國藩身膺督兵重任，更非賈楨可比。著仍遵前旨，假滿後即赴江西督辦軍務，並署理兵部侍郎，以資統率。俟九江克複，江麵肅清，朕必賞假，令其回籍營葬，俾得忠孝兩全，毫無餘憾。該侍郎殫心事主，即以善承伊父教忠報國之誠，當為天下後世所共諒也。
國藩複奏稱，江西各營安謐如常，毋庸親往撫馭，並瀝陳才難宏濟，心抱不安。奉旨先開兵部侍郎缺，暫行在籍守製，江西如有緩急，即行前赴軍營，以資督率。八年五月，奉命辦理浙江軍務，移師援閩。閩匪分股竄擾江西，遣李元度破之廣豐、玉山。張運蘭複安仁時，國藩駐軍建昌，東南北三路皆賊。國藩計東路連城，賊勢已衰，閩事不足深慮;北路景德鎮乃大局所關，又較南路信豐為重，乃遣運蘭攻景德鎮，蕭啟江追剿信豐之賊。九年，啟江破賊南康，克新城墟池江賊巢，遂複南安，解信豐圍。賊竄湖南，將由粵、黔入蜀。國藩隨檄啟江馳赴吉安，援應湖南運蘭複景德鎮、浮梁縣，江西肅清，餘賊竄皖南。國藩奉命防蜀，行至陽邏，奉諭以皖省賊勢日張，飭籌議由楚分路剿辦。
國藩回駐巴河，簡校軍實。因奏言自洪楊內亂，鎮江克複，金陵逆首，凶焰久衰。徒以陳玉成往來江北，勾結撚匪，廬州、浦口、三河等處，迭挫我師。遂令皖北之糜爛日廣，江南之賊糧不絕。欲廓清諸路，必先破金陵。欲破金陵，必先駐重兵滁和，而後可去江寧之外屏，斷蕪湖之糧路。欲駐兵滁和，必先圍安慶，以破陳逆之老巢，兼搗廬州，以攻陳逆所必救。進兵須分四路:南則循江而下，一由宿鬆、石牌規安慶，一由太湖、潛山規桐城。北則循山而進，一由英山、霍山攻舒城，一由商城、六安規廬州。南軍駐石牌，則與楊嶽斌黃石磯之師聯為一氣;北軍至六安州，則與壽州之師聯為一氣。國藩請自規安慶，多隆阿、鮑超取桐城，胡林翼取舒城，李續宜規廬州。奏入，上是之。
十年二月，賊酋陳玉成犯太湖，國藩分兵破之。四月，賞兵部尚書銜，署兩江總督，六月，補兩江總督，以欽差大臣督辦江南軍務。七月，命皖南軍務統歸國藩督辦。十一年，國藩進駐祁門，督飭楊嶽斌、彭玉麟、曾國荃、鮑超等水陸夾擊，為逐層掃蕩之計。先後複黟縣、都昌、彭澤、東流、建德、休寧、徽州、義寧。悍賊數萬，據安慶久不下。曾國荃、多隆阿等圍之。陳玉成來援，諸軍擊走之，拔其城，賊無脫者。進複池州、鉛山、無為、銅陵及泥汊、神塘河、運漕、東關各隘。賞太子少保銜。命統轄江蘇、安徽、江西、浙江四省軍務，巡撫、提鎮以下悉歸節製。