國藩力辭，上不許。諭曰:“前命曾國藩以欽差大臣節製江浙等省巡撫提鎮，以一事權。曾國藩自陳任江督後，於皖則無功可敘,於蘇則負疚良深，並陳用兵之要，貴得人和，而勿尚權勢;貴求實際，而勿爭虛名，懇請收回成命。朕心深為嘉許，仍諭令節製四省以收實效。曾國藩複陳下情,言見在諸路出師將帥聯翩，威柄太重，恐開斯世爭權競勢之風，兼防他日外重內輕之漸。足見謙卑遜順，慮遠思深，得古大臣之體。在曾國藩遠避權勢，自應如此存心。而國家優待重臣，假以事權，從前本有成例。曾國藩曉暢戎機，公忠體國，中外鹹知，當此江浙軍務吃緊，生民塗炭，我兩宮皇太後孜孜求治，南望增憂，若非曾國藩之悃忱真摯，豈能輕假事權。所有四省巡撫提鎮以下各官，仍歸節製。該大臣務以軍事為重，力圖攻剿，以拯斯民於水火之中。毋再固辭。”
先是賊圍杭州，國藩迭奉援浙之命，谘令太常寺卿左宗棠統軍入浙，檄派張運蘭、孫昌國等水陸各營均歸調度，以厚兵力，並撥給錢漕厘金以清所部積欠。因奏稱左宗棠前在湖南撫臣駱秉章幕中讚助軍謀，兼顧數省，其才實可獨當一麵。懇請明降。諭旨令左宗棠督辦浙江全省軍務。
上以浙江巡撫王有齡及江蘇巡撫薛煥不能勝任，著曾國藩察看具奏，並迅速保舉人員，候旨簡放。國藩奏言，蘇浙兩省群賊縱橫，安危利鈍係於巡撫一人。王有齡久受客兵挾製，難期振作，欲擇接任之人，自以左宗棠最為相宜。惟此時杭州被困，必須王有齡堅守於內，左宗棠救援於外。俟事勢稍定，乃可更動。至江蘇巡撫一缺，目前實無手握重兵之人可勝此任，查有臣營統帶淮揚水師之福建延建邵遺缺，道員李鴻章勁氣內斂，才大心細，若蒙聖恩將該員擢署江蘇巡撫，臣再撥給陸軍，便可馳赴下遊，保衛一方。
至是杭州失守，國藩複奏陳補救之策。一、擬令各軍堅守衢州，與江西之廣信，皖南之徽州為犄角之勢，先據形勝，扼賊上竄。左宗棠暫於徽、衢、信三府擇要駐紮，相機調度。總須先固江西皖南邊防，保全完善之地，再籌進剿。一、請於浙江藩臬兩司內，將廣西按察使蔣益灃調補一缺，飭帶所部五六千人赴浙，隨左宗棠籌辦防剿，可收指臂之助。一、浙省兵勇，恃寧紹為餉源。今全省糜爛，無可籌畫。懇恩飭下廣東粵海關、福建閩海關按月協撥銀兩，交左宗棠以資軍餉。奏入，上皆如所請行。
同治元年正月命以兩江總督協辦大學士。國藩奏言，自去秋以來，迭荷鴻恩，臣弟國荃，又拜浙江按察使之命，一門之內，數月之間異數殊恩，有加無已。感激之餘，繼以悚懼。懇求皇上念軍事之靡定，鑒微臣之苦衷，金陵未克以前，不再加恩於臣家。又前此疊奉諭旨，飭保薦江蘇、安徽巡撫，複蒙垂詢閩省督撫，飭臣保舉大臣，開列請簡。封疆將帥，乃朝廷舉措之大權，如臣愚陋，豈敢幹預。俟後如有所知，堪膺疆寄者，隨時恭疏入告，仰副聖主旁求之意。但泛論人才，以備采擇則可;指明某缺，徑請遷除則不可。蓋四方多故，疆臣既有征伐之權，不當更分黜陟之柄。風氣一開，流弊甚長，辨之不可不早。尋遣將擊走徽州、荻港之賊，複青陽、太平、涇縣、石埭。國荃會同水師，複巢縣、含山、和州，並銅陵閘、雍家鎮、裕溪口、西梁山四隘。弟貞幹複繁昌、南陵，破賊三山、魯港。