上以國藩前奏，情詞懇摯，出於至誠，不再加恩而進國荃、貞幹等職。國藩駐安慶督師，奏請仍建安徽省會於安慶，設長江水師提督以下各官，指授諸將機宜，以次規取皖南北府縣各城。國荃率師進圍金陵。蘇浙賊酋李秀成等分道來援，大小數十戰，力卻之。二年五月複江浦、浦口，克九洑洲，長江肅清。因淮南運道暢通，籌複鹽務，改由民運。奏陳疏銷輕本保價杜私之法。三年正月，官軍克鍾山，合圍金陵。六月，金陵平。
上諭曾國藩自鹹豐四年在湖南首倡團練，創立舟師，與塔齊布、羅澤南等屢立戰功，保全湖南郡縣，克複武漢等城，肅清江西全境。東征以來，由宿鬆克潛山、太湖，進駐祁門，迭複徽州郡縣，遂拔安慶省城，以為根本。分檄水陸將士，規複下遊州郡，茲大功告蕆，逆首誅鋤，由該大臣籌策無遺，謀勇兼備，知人善任，調度得宜。曾國藩著加恩賞，加太子太保銜，錫封一等侯爵，世襲罔替，並賞戴雙眼花翎。浙江巡撫曾國荃，賞加太子少保銜，錫封一等伯爵，並賞戴雙眼花翎。將士進秩有差。
時撚匪倡亂日久，僧格林沁戰歿於曹州，賊勢日熾。四年四月，命國藩赴山東一帶督兵剿辦撚匪。山東、河南、直隸三省旗綠各營及地方文武員弁，均歸節製調遣。國藩將赴徐州督師，乃招集新軍，添練馬隊。檄調劉鬆山、劉銘傳、周盛波、潘鼎新諸軍會剿。五月，賊竄回雉河集，國藩駐臨淮關，遣兵擊走之。先後奏言，此賊已成流寇，飄忽靡常，宜各練有定之兵，乃足以製無定之賊。臣由臨淮進兵，將來安徽即以臨淮為老營，及江蘇之徐州、山東之濟寧、河南之周家口，四路各駐大兵為重鎮。一省有急，三省往援。其援軍之糧藥，即取給於受援之地。庶幾往來神速，呼吸相通。時撚酋張總愚、任柱、牛落紅及發逆賴汶光擁眾十數萬，倏分倏合。八月，國藩遣銘傳敗之，穎州賊東走曹州。國藩檄鼎新力扼運河，派軍馳赴山東助剿。賊不能渡運，遂南走徐州，據豐、沛、銅山境內。九月，國藩遣李昭慶、鼎新敗之。徐州豐縣賊複竄山東。十月，盛波、銘傳敗之。寧陵、撫溝賊竄陷湖北黃陂。五年正月，國藩遣銘傳破之，複其城。任逆回竄沈邱，將據蒙亳老巢。遣銘傳盛波擊之。張逆分股入鄆城。三月，銘傳、張樹珊敗之。穎州、周口群賊合據濮、範、鄆、钜間，諸軍擊破之。張逆趨單縣，任逆走靈壁。國藩駐徐州修浚運河，以固東路。五月，遣諸將敗張逆於洋河、王家林，敗任逆於永城、徐州。時賊自二月北竄，堅圖渡運，徘徊曹、徐、淮、泗者，兩月有餘，迄不得逞。於是張逆入豫，任逆入皖。國藩遣盛波大破牛逆於陳州，敗任、賴二逆於烏江河。樹珊敗張逆於周口。牛、張二逆渡沙河而南，任、賴二逆亦竄渡賈魯河。國藩以前防守運河，粗有成效，必仿照於沙河設防，俾賊騎稍有遮攔，庶軍事漸有歸宿。定議自周家口下至槐店扼守沙河，上至朱仙鎮扼守賈魯河。因奏言，河身七百餘裏，地段太長，不敢謂防務既成，百無一失。然臣必始終堅持此議，不以艱難而自畫，不以浮言而中更，以求有裨時局。自古辦流寇，本無善策，惟有防之，使不得流，猶是得寸則寸之道。俟河防辦成，則令河防者與遊擊者彼防此戰，更番互換，庶足以保常新之氣。六月，遣鬆山、張詩日大破賊於上蔡、西華。賊由河南巡撫所派防軍汛地逸出，東竄河防無成。七月，遣鬆山、宋慶大破之南陽、新野。九月，銘傳、鼎新破之，鄆城運防賴以無恙。國藩自陳病狀，七月，上命國藩仍回兩江總督本任，以李鴻章代辦剿撚事宜。