國藩請以散員留營自效，奏言:朝廷體恤下情，不責臣以治軍，但責臣以籌餉;不令留營勉圖後效，但令回署調理病軀。臣屢陳病狀，求開各缺，若為將帥則辭之，為封疆則就之。則是去危而就安，避雜而趨易。臣內度病體，外度大義，減輕事權則可，竟回本任則不可。故前兩次奏稱，但求開缺，不求離營。蓋自抱病以來，反複籌思，必出於此，然後心安理得。請開江督各缺，目下仍在周口軍營照料一切，維湘淮之軍心，聯將帥之情誼。凡臣材力所可勉，精神所能到，必當殫竭愚忱，力圖補救，斷不因兵符已解，稍涉疏懈，致乖古人盡瘁之義。上諭曾國藩請以散員仍在軍營自效之處，具征奮勉圖功、不避艱難之意。惟兩江總督責任綦重，湘淮各軍尤須曾國藩籌辦接濟，與前敵督軍同為朝廷所倚賴。該督忠勤素著，且係朝廷特簡正，不必以避勞就逸為嫌，致多過慮。著遵奉前旨，仍回本任，以便李鴻章酌量移營前進，並免後顧之憂。國藩複奏，陳江督之繁，非病軀所能勝任。與其勉強回任，辜恩溺職，不如量而後入，避位讓賢。籲請仍開各缺。
上諭前因曾國藩患病未痊，軍營事繁，特令回兩江總督本任，以資調攝。並因請以散員自效，複迭次諭令迅速回任，俾李鴻章得以相機進剿。曾國藩為國家心膂之臣，誠信相孚已久。當此撚逆未平，後路糧餉軍火無人籌辦，豈能無誤事機。曾國藩當仰體朝廷之意，為國家分憂，豈可稍涉疑慮，固執己見。著即懍遵前旨，克期回任，俾李鴻章得以專意剿賊，迅奏膚功。該督回任以後，遇有湘淮軍事，李鴻章仍當虛心谘商，以期聯絡。毋許再有固請，用慰廑念。國藩回任後，六年，奏稱:製造輪船為救時要策，請將江海關洋稅酌留二成，一成為專造輪船之用，一成酌濟淮軍及添兵等事。從之。七月，補授體仁閣大學士，仍留兩江總督之任;十二月撚匪平，賞雲騎尉世職。七年四月，補武英殿大學士。七月調直隸總督。十二月到京，賞紫禁城騎馬。八年二月，查明積澇大窪地畝應征糧賦，請分別豁減。從之。三月，奏直隸刑案積多，與臬司張樹聲力籌清厘，甫有端緒。張樹聲見調任山西，請暫留畿輔一年，以清積案。
上諭曾國藩到任後，辦事認真，於吏治民風實心整頓，力挽敝習。著如所請，俾收指臂之助。又先後二次查明屬員優劣，開單具奏。得旨分別嘉勉降革，以肅吏治。時直隸營務廢弛，廷議選練六軍。上諭國藩將前定練軍章程，妥籌經理。
五月，國藩奏言:臣見內外臣工章奏於直隸不宜屯留客勇一節，言之詳矣。惟養勇雖非長策，而東南募勇多年，其中亦有良法美意。為此練軍所當參用者:一曰文法宜簡，勇丁樸誠耐苦，不事虛文，營規隻有數條，別無文告，管轄隻論差事，不計官階。挖濠築壘，刻日而告成。運米搬柴，崇朝而集事。兵則編籍入伍，伺應差使，講求儀節。及其出征，則行路須用官車，紮營須用民夫，油滑偷惰，積習使然。而前此所定練軍規製，至一百五十餘條之多，雖士大夫不能驟通而全記。文法太繁，官氣太重。此當參用勇營之意者也。