升任兩江總督後，曾國藩更是處處小心，慎之又慎。他還告誡好大喜功的弟弟曾國荃要見好就收、急流勇退、學會求缺。
天京天京合圍之後，李鴻章、左宗棠先後攻下了蘇、杭，曾國荃率領五萬大軍陳兵於天京城外，卻難以將天京攻下，來自於朝廷上下的各種議論紛起，湘軍內部的矛盾也一天一天尖銳起來，曾國荃十分焦躁，以至生了肝病。曾國藩多次寫信相勸。勸他“不要代天主張”，認為凡成大事，人謀居半，天意居半。把功勞退讓一些，對於名利二字，要看得淡一些才行。他耐心的勸告曾國荃，想邀請李鴻章來助戰，他在信中寫道：少荃實際上與兄弟相互親近、相互護衛，我打算上奏朝廷請求準許少荃親帶開花炮隊、洋槍隊前來金陵會剿。接到弟弟此次回信後，我即一麵上奏朝廷，一麵函谘少荃，請他立刻西行。如蘇軍齊到成功，則弟受其勞，而少荃享其名。則即可以一同接受封賞，又可以為自己增福。蓋獨享大名為折福之道，則與人分名即受福之道矣。如蘇軍雖到，而城賊仍堅持不下如故，則謗可稍分，而責亦稍輕。
緊接著又寫信開導曾國荃說：少荃會剿金陵，好處甚多，其不好處不過分占美名而已。後之論者曰：潤公克鄂省，迪庵克九江，沅甫克安慶，少荃克蘇州，季高克杭州，金陵一城沅與泉各克其半而已。此亦非甚壞之名也。何必全克而後為美名哉？人又何必占天下之第一美名哉？……少荃將到之時，餘亦必趕到金陵會剿，一看熱鬧也。
李鴻章是不想和曾國荃搶功的，但這時朝廷已經下旨令李鴻章速率軍幫助攻打金陵。李鴻章一麵上奏朝廷，說曾國藩完全可以平定此次大亂，金陵即日可克。一麵請求派他弟弟攜帶大炮到金陵助攻。
當然，沒有等到淮軍到達之前，曾國荃就把金陵攻了下來。並於當天夜裏就上奏報捷，滿心以為會受幾句讚揚，不料挨當頭一棒。上諭指責曾國荃破城之日，不應立即返回雨花台大營，以致讓千餘太平軍突圍，語氣相當嚴厲。事情發生後，曾國荃部下各將都埋怨趙烈文，以為是他起草的奏折中有不當言詞引起的。趙烈文則認為，這與奏折言詞無關，而完全是清政府有意苛求，左宗棠在攻破杭州城時陳炳文等十多萬人突圍而去，而清政府指責。幸好抓住了李秀成，否則曾國荃更無法下台。
但是，清政府並未就此了結，數日之後，清政府又追查天京金銀下落，令曾國藩迅速查清，報明戶部，以備撥用。尤其嚴重的是，上諭中直接點了曾國荃的名，對他提出嚴重警告。上諭說：\"曾國藩以儒臣從戎，曆年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名。惟所部堵將，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。\"這無疑是說，曾國藩兄弟如不知禁忌，就難以\"永保勳名\"，\"長承恩眷\"了。曾國藩當然能品出這些話的味道，掂出它的分量。何況，曾國荃確實非常驕傲，以為攻陷天京全是他一人的功勞。因而，攻陷天京前後，就成為曾國藩思想上最緊張的時期。他心裏很明白，如何處理好同清政府的關係，已成為能否保持其權力和地位的關健，而正確認識並擺脫自己目前的這種政治處境，則是他麵臨的迫切問題。
所謂功高震主，當時的清政府，早已經對他和日益強大的湘軍產生了戒備之心。曾國藩沒有實權地征戰了8年。在他的政治生涯裏，相當一部分壓力來自朝廷的疑忌，這使得他戰戰兢兢，如履薄冰。
在湘軍攻克武漢時，鹹豐皇帝很高興，立即下旨，封曾國藩為湖北巡撫，並且誇獎曾國藩，說他雖然是一介書生，卻能夠立下大功。任命下達後又反悔，隨即收回成命。鹹豐帝仰天長歎：\"去了半個洪秀全，來了一個曾國藩。”鹹豐皇帝之所以收回成命，正是考慮到曾國藩的號召力和凝聚力。