1997年1月8日，百拓立克公司在北京注冊成立，這家公司就是方舟科技的前身。最初，李德磊在百拓立克公司並不占有股份，方舟科技的另一位重要人物胡銘增占股30%，李德磊的親戚李洪澤占股30%，出資40萬的趙建勳則占股40%。
百拓立克公司在成立之後，主要承接外包業務，李德磊是主要介紹人。最初的外包業務主要來自李德磊工作的摩托羅拉公司。1997年，李德磊離開摩托羅拉，加入日立（美國）半導體公司，擔任微處理器設計總監的職務。這樣一來，百拓立克公司的外包業務也從摩托羅拉轉為日立（美國）半導體公司，主要從事基於日立芯片的相關業務。
但好景不長，日立公司日本總部突然停止了所有外包項目。不知道是因為發現了公司內部員工將項目承包給與自己有關係的公司，還是日立公司總部對外包業務產生了不同意見，結果就是百拓立克公司失去了主要的外包業務。
到這時，百拓立克公司已經培養起一支技術熟練的CPU隊伍。現在失去了主要的業務支撐，百拓立克公司麵臨著被解散的風險。李德磊隻得離開日立（美國）半導體公司，回到中國重整旗鼓。
2000年3月8日，北京中芯微係統技術有限公司成立，這家公司正是李德磊在百拓立克公司基礎上建立起來的。在新公司中，趙建勳的股份減少，李洪澤的股份則被剝離，李德磊的弟弟和弟媳加入董事會，各持股35%，胡銘增依然保有30%的股份，作為新公司的法人代表。
重整完公司之後，李德磊便想到了倪光南。這時的倪光南剛剛離開聯想集團，想要自主研發芯片的勁頭也很足。找到倪光南之後，李德磊說：“原百拓立克公司的芯片技術團隊培養起來不容易，就這麼散了實在讓人心疼。”正是這些話語影響了倪光南此後的決定。
麵對當時中國信息產業缺芯少魂的現狀，倪光南既痛心又無力。即使是久負盛名的科學家，靠個人力量也是無法解決這些問題的。倪光南想要研發國產芯片和操作係統，就必須要依托團隊的力量。
中芯微的技術團隊也確實讓倪光南眼前一亮。當時中國研發高性能的CPU芯片技術難度很大，市場推廣的難度更大。如果轉作嵌入式芯片，加上現成的Linux操作係統，難度就會降低很多。在倪光南看來，中芯微技術團隊基本上具備了自主研發嵌入式CPU的技術能力。
最初，倪光南並沒有加入中芯微公司，但卻將自己全部的熱情傾注在了中芯微技術團隊之中。倪光南不僅為其提供技術支持，同時還主動幫助中芯微尋找風險投資。
雖然已經沒有了聯想集團總工程師的頭銜，但倪光南在當時依然很受業界尊重。出於對研發國產芯片的熱情，倪光南在中芯微業務推廣上也不遺餘力，用自己的名譽為中芯微團隊進行擔保，最終打動了一位同樣熱心於自主芯片研發的深圳民營企業家。這位企業家直接為中芯微團隊投資了2000萬元，作為研發費用。
千禧之年，中國製定了“十五規劃”，開始大力發展高技術產業，其中集成電路和軟件成為了主攻目標。與此同時，中國政府還出台了支持集成電路發展的“18號文”。中國芯片產業似乎遇到了“天時、地利、人和”的大好機遇，中芯微技術團隊的出現，更讓倪光南看到了希望。
重新回到技術道路上的倪光南似乎又找回了在聯想集團的研發激情，隻不過這一次，他更多將精力放在尋找研發資金和業務推廣上。倪光南很清楚，當時中芯微公司的問題並不是技術團隊實力不足，而是缺乏充足的研發資金和市場。
雖然並不擅長做這些方麵的工作，但在倪光南看來，在當時的中芯微公司，這種工作也隻能自己去做，也正是這個原因，倪光南開始了為中芯微四處奔走宣傳的日子。
第四節 “方舟1號”橫空出世
為了中芯微的芯片研究，倪光南不停地四處奔走。找錢、找政府、找資源、找人才，凡是能夠出力的地方，倪光南一點兒也不含糊。付出了這麼多，倪光南本人卻沒有索要一分錢、一份股。
在倪光南四處奔波的同時，中芯微團隊的技術人員也在沒日沒夜地苦幹。依靠倪光南找來的資金和設備，中芯微團隊經過刻苦鑽研，最終在2001年4月設計出中國第一片嵌入式芯片“方舟1號”。
“方舟1號”是一款0.25微米的32位CPU芯片，是一種采用自行設計體係結構麵向網絡應用的CPU芯片，具有速度快、成本低、集成度高的特點，其主頻可以達到166兆赫，每秒能夠執行2億條指令。即使與國外同類型芯片相比，技術性能差距也不大。
“方舟1號”芯片隻能在這種網絡計算機上使用。在推出“方舟1號”芯片的同時，中芯微公司還推出了基於“方舟1號”開發的網絡計算機NC2000。
在此之前，實際上北大等單位已經推出過中國自主設計的嵌入式芯片。但是“方舟1號”卻是第一款可以進行商品化的32位芯片，其他嵌入式芯片還不能推廣到市場中。雖然當時“方舟1號”芯片在技術上並不成熟，但它的出現依然受到矚目。
為了更好地推廣“方舟1號”，倪光南在2001年5月正式加入中芯微公司。
2001年7月10日，國家幾個部委召開了盛大的新聞發布會。科技部高新技術與產業化司、信息產業部電子信息產品管理司、中國工程院學部工作部和中關村科技園區管委會分別作為各自部委代表出席。
“方舟1號”的技術鑒定團隊更是陣容豪華。整個技術鑒定工作由中國工程院出麵，前任院長宋健擔任鑒定委員會主任，前任副院長朱高峰則擔任鑒定委員會副主任。這種鑒定規格在中國工程院的曆史上也是第一次，“方舟1號”剛一出世便被推上了神壇。
除了在宣傳方麵享受到高規格待遇，“方舟1號”在推廣方麵也得到了各種支持。北京市政府自掏腰包訂購了幾萬台NC計算機，中關村管委會則以中關村軟件園的名義入股中芯微5000萬元人民幣。
除了北京市政府對“方舟1號”進行大力支持，中央高層也對NC計算機的推廣給予了支持。在2002年10月，國務院信息化辦公室、國務院西部地區開發領導小組辦公室、科技部聯合實施“縮小數字鴻溝——西部行動”。這場行動的一個重點內容就是推廣應用國產NC計算機以及基於Linux的軟件產品。
國務院眾多部門、西部地方政府和科研單位都加入了這場行動之中，中芯微公司因此獲得了眾多來自政府部門的訂單。
第一款國產芯片的誕生似乎點燃了全國上下的熱情，倪光南很樂於看到這種形勢。很早之前他就認為，中國國產芯片和操作係統的研發想要取得成功，就需要政府部門的支持。隻有這樣，中國芯片產業才能逐漸壯大，追趕上發達國家的步伐。
倪光南很清楚，政府支持是國產芯片起步的關鍵。想要最廣泛地推廣國產芯片，還需要獲得市場的認可。其實當時“方舟1號”芯片在技術方麵還存在著很多不足，如果沒有政府支持，推向市場並不容易，但倪光南依然憑借著自己的聲望和信譽，為中芯微公司拉來了不少訂單。
但倪光南的熱情卻並沒有被李德磊收下。政府對NC計算機的巨大支持讓李德磊的眼中隻有政府采購，對於市場推廣完全不在乎。倪光南拉來的訂單直接被拒絕供貨，這讓倪光南感到既困惑又窘迫。
2002年12月9日，中芯微公司再次更名，變成了方舟科技（北京）有限公司。除了更名外，中芯微公司的人員結構也發生了變動。胡銘增離開，李德磊成為方舟科技的法人。
根據媒體披露，在當時方舟科技公司的股權分配中，公司法定代表人兼董事長李德磊以人民幣現金37.52萬元加場地和設備等入股，分得24.8%的股份；深圳市中緯實業發展有限公司法定代表人、董事長劉斌則以人民幣現金279.44萬元，占有21.06%的股份；北京中關村軟件園發展有限公司法定代表人、董事長李保欣占股5%；李德磊的弟弟李德晶則占有剩餘45.36%的股份。
第五節 “如日中天”的方舟科技
在將中芯微公司更名為方舟科技時，李德磊所想的可能是手中握有政府支持這張牌，企業就會像諾亞方舟一樣，一路平安地向著遠方駛去。政府支持確實讓方舟科技的規模擴大不少，但並沒有讓它變得穩固。在經曆了短暫成功之後，方舟科技開始逐漸走向失敗。
麵對著源源不斷的政府訂單，方舟科技如日中天。可以說“方舟1號”在問世之初就沒有接受過市場的檢驗，好像一出生就受到父母嗬護的孩子一樣。雖然前期成長可以得到父母的照料，但如果不學習一些必備的生活技能，長大後就沒辦法好好生存。
方舟科技所犯的錯誤就是忽視了市場的作用。在“方舟1號”誕生之初，李德磊基本沒有市場這個概念。最初，方舟科技甚至連市場部都沒有，還是在倪光南與劉強的建議下，方舟科技才成立了市場部。
可即使成立了市場部，管理者缺少市場意識，也隻是讓市場部形同虛設。在方舟科技建立市場部之後，倪光南依靠自己的影響力為方舟科技拉來了客戶。北京裕興科技決定投入上百萬元，放棄英特爾，開始使用方舟芯片，但方舟科技得到訂單後，卻給出了拒絕供貨的回應。這是多麼荒唐的舉動。
電腦芯片一旦更換之後就會被套牢，方舟科技拒絕供貨讓裕興科技十分惱火。由於對倪光南的信任，裕興科技並沒有與方舟科技簽署合同，所以也沒有辦法走法律途徑解決問題。此時倪光南又一次感覺到科研人員在企業無法做主的現實，這次事件讓他十分難堪。
在此之後，方舟科技又以同樣的方式拒絕了其他幾家非政府采購客戶。對於當時如日中天的方舟科技來說，非政府客戶的訂單再多也比不上政府采購，隻要做好政府采購，就能夠賺得盆滿缽滿，為什麼還要浪費精力去做那些“小生意”呢？作為生意人，不管什麼樣的客戶，都要認真對待，這是起碼的常識，誰願意自己的客戶少呢！
在方舟科技看來是小生意，但對倪光南來說，這不僅是自己依靠人情關係拉來的資源，同時也是方舟芯片普及應用的關鍵。所以當接到方舟科技拒絕供貨的回應時，倪光南很詫異，他不僅詫異李德磊有錢不賺，更詫異方舟科技為什麼會放棄繼續發展的機會。
當時的倪光南可能並不明白，方舟科技隻是李德磊的個人公司，這家公司建立的目的也並不是為了將國產芯片研發進行到底。作為商人，賺錢是最主要的目的。國產芯片有市場就做國產芯片，國產芯片市場沒了就轉作別的業務，總之就是什麼事情賺錢就做什麼事情。
當然，倪光南選擇加入方舟科技，並不是因為看中了李德磊，更多還是看中了這家公司的人才儲備和技術儲備。對倪光南影響最深的則是對研發國產芯片的熾熱情懷，他希望能夠通過一個項目讓方舟科技的人才隊伍和技術儲備向更高層次發展。