黑死病過後，歐洲的生態環境再次得到恢複。其後的150年裏，每隔6到12年，這個大陸的某個不幸的地方就會流行一次鼠疫，就好像一隻冥冥之中看不見的手，非常有效地把歐洲人口控製在很低的水平。
1500年以後，黑死病變成每15到20年出現一次，歐洲的人口終於從穀底回升了。倫敦、巴黎、巴塞羅那、羅馬很快成為當時的現代化城市，城市的人口接近黑死病之前的水平。於是較大的鼠疫流行就出現在這些城市裏，每一次流行起碼能殺死20%的居民。威尼斯保存了相當完整的居民統計資料，1624年該城有居民142804人，1630到1631年出現鼠疫大流行，隻剩下98244人，減少了三分之一。1651年到1653年發生在巴塞羅那的大鼠疫殺死了45%的居民，甚至還有的城鎮死亡率達到80%到85%，比黑死病時期的死亡率還要厲害，因為那時隻殺死36%的居民。
黑死病像一場擺不脫的惡夢，成為歐洲人征服新大陸的動力之一，為了擺脫黑死病巨大的陰影，他們走出歐洲，跨過大海，也走出了人口與自然之間循環反複的死結。
鼠疫所表現的是一種暴虐至極的狂暴，另外一種傳染病則是慢工出細活，更為有效地控製著人口增長的速度。
平衡的武器
1520年，正在應付西班牙及其盟友的阿茲特克帝國首都特諾茲提朗突然爆發瘟疫，包括皇帝在內，死者甚眾，瘟疫很快蔓延到其他城鎮，像多米諾骨牌一樣摧毀了阿茲特克帝國的軍事和經濟基礎，導致阿茲特克帝國無法抗敵而滅亡。
這場瘟疫是由一名死在特諾茲提朗的黑奴帶來的天花病毒引起的，它不僅摧毀了阿茲特克帝國，而且還傳播到南美的印加帝國，導致包括皇帝和眾多貴族在內20萬人死亡，也導致了印加帝國內戰，給了西班牙人可趁之機，強大的印加帝國同樣亡於天花。
以墨西哥為例，歐洲人到了的100年間，土著居民隻剩下10%，天花起到了種族滅絕的效果，為歐洲人大規模殖民美洲創造了條件。
天花的這種大規模殺傷能力隻是一次意外，其原因在於流行美洲的天花病毒直接來自人類和病菌的起源地非洲，對於基因相對單一的印第安人的殺傷力太大。就天花本身來說，它起的並非這種強烈的殺傷作用，而是細水長流的效果，因為天花不同於鼠疫，鼠疫可以在齧齒類動物身上存活，天花則隻能在人身上繁殖，必須要有大量的人口，而且是從來沒有感染過天花的人群。
天花和鼠疫不一樣，它是由病毒引起的。病毒剛剛感染人以後沒有任何症狀，通常在第12天開始發病，病人高燒、頭疼、肌肉痛和嘔吐，到第18天，全身出現斑點。如果病毒攻擊心腎肝腦肺等重要髒器，病人在一個月以內就會死亡，病人死亡率為三分之一。存活者有六分之一單目或雙眼失明，每個人身上都留下永久性的斑點，也就是麻子，除了少數人以外，多數人因此顯得非常醜陋。
得過天花以後人獲得終身免疫，不會再得天花。所以天花在人群中的流行是有間隔性的，一次流行中，這個地區很大比例從來沒有感染過天花的人感染了天花後，病毒流行因為缺乏感染對象而終止了。過了一段時間以後，天花再次光臨時，雖然成人大多具有免疫能力，但是兒童從來沒有接觸過天花，於是天花就這樣周而複始地在各地旅行著，而且主要以感染兒童為主。為了生存，天花病毒的感染力極強，1970年德國的一家醫院收治了一名天花病人，造成17名住院病人被感染，其中一名和該患者隔著三層樓。專家用特殊儀器進行調查，發現天花病毒可以隨著空氣經過走廊上樓。