利益的問題隻能靠利益去解決，妥善協調利益問題是破除行政壁壘的前提。妥善協調利益首先表現為承認既有利益。這既有利益不僅包括曆史演進中產生的、在現實生活中存在的、地方政府用於完成其經濟政治任務的“正當”利益，也包括在此過程中附帶產生的一些不應該但事實上已然存在的灰色利益。比如，就珠三角來說，打破行政壁壘，意味著可能背離原先相對嚴格的等級化格局。原來的區域中心城市可能降格，一個行政上的地級市有可能被淡化，而次中心城市可能升格，甚至曾經一個鄉鎮有可能大放異彩，這對原先級別高的城市無論是城市領導人還是普通市民都意味著既有福利的喪失。雖然這種利益不具有根本的合法性，但確實也不能不顧及。
其次，科學分配新增利益，在公正的基礎上構建新的利益關係。我們要研究如何分配因經濟一體化帶來的總體收益及補償少數地方因一體化帶來的局部利益的階段性受損。鼓勵區域內各行政主體可以本著共贏、共享的原則，以帕累托最優為標準，精誠協商，尋求各種可行的分配方式。如公共服務的有償轉讓、稅收分成、按要素分配等，這一方麵保證了各主體間的公平、合理分配，更重要的是調動了各區域單元加強經濟合作的積極性。
（二）充分發揮市場配置資源的主導作用，是破除行政壁壘的根本動力
如果說維護自我利益是行政壁壘出現的動因的話，政府職能的錯位則是行政壁壘愈演愈烈的推手。
改革開放以來，我國以經濟建設為中心，經濟發展成為了全社會重中之重的工作。按道理講，在社會主義市場經濟背景下，經濟增長與發展的主體應該是企業等市場主體。但由於我國社會主義市場經濟尚在探索完善過程中，加之發展階段的局限與特殊國情等因素，政府事實上成為了這些年來保證經濟增長、推動經濟發展的主體。在資源配置上行政的色彩很濃厚，甚至一些主要的、關鍵性的資源主要是依靠政府的行政力量而不是市場來配置。由此，盡管我國在理論上是全國一個統一的大市場，但在地方政府間競爭越來越白熱化的背後，市場被分割了，市場的作用被淡化了。不僅做不到全國一個統一大市場，就是一個省級區域內都做不到統一市場，有的省份甚至在地級行政區域內市場都是分割的。
行政區劃的劃分依據是曆史沿革和政治管理的便利，而經濟區劃則主要是由經濟主體在市場力量的牽引下逐步形成凸現的，兩者之間必然不可能保持一致。“斷頭路”在兩市交界處戛然而止，雷同項目爭相上馬，政策資源惡性“壓價”，這種種“怪象”從市場經濟角度來看好像是不可思議的，但就行政運行規則來講則是情理之中的。土地的使用、道路的建設、環境的保護既然都是由行政地區內部規劃，當然不必放到整個大區域的全局來考慮。某一行政區劃內的管理者基於地方利益和自身理性，為保全行政區經濟而犧牲更大區域的經濟協同甚至是一種“政治正確”的表現。在這樣的情況下，珠三角區域內部各城市之間生產布局重複，產業結構同化、特點同化、職能同化現象不可避免，區域內產業相似係數肯定越來越高。
那麼用什麼來填補政府經濟主體讓位後出現的經濟發展空白呢？答案是明確的，也是唯一的，這就是市場。事實上，區域一體化，錯位發展，適度競爭，所有這些要求如果僅僅依靠行政運作，隻能是一句空話；而依靠市場作為，則是必然選擇。