區域經濟一體化不是絕對意義上的同城化、均一化和扁平化，而是異中求同，求同存異，是在允許區域多樣化基礎上的更富層次性、互補性與合理性的整體區域利益最大化。區域經濟一體化，實質就是打破行政區劃界限，按區域經濟原則統一規劃布局、統一組織專業化生產和分工協作，建立統一的大市場，優勢互補、聯合協作，連接形成為一個利益命運共同體。這一任務隻能依靠市場的作為。隻有真正依靠並充分發揮市場功能，珠三角地區才可能通過基礎設施、產業布局、城鄉規劃、環境保護、公共服務五個一體化構建城市規劃統籌協調、基礎設施共建共享、產業發展合作共贏、公共事務協作管理的一體化發展格局。
進一步看，讓市場主導，就要自覺、甚至不自覺也必須強製要求按照市場原則進行。市場原則與行政規則是兩套完全不同的規則體係。市場是不講行政級別的。從市場角度看區域管理，必須淡化行政級別的因素，按照經濟規模、人口等，分成大中小城市來給予地方相應的管理權限。比如珠三角一些鎮，在經濟總量、人口和產業規模等方麵，已經遠遠超過其他地方的一些縣級行政地區，就應該得到更多的發展權限。這樣，才能更有利於各地區之間的分工合作。
（三）推進職能轉換結構優化的行政創新，是破除行政壁壘的體製保障
破除行政區劃的壁壘，絕不意味著淡化行政區劃的作用和否定行政的功能。區域經濟一體化發展將更加依賴於行政的支持與保障。當然這時的行政體製肯定不能是原有的運行模式，必須進行行政創新，改革和完善行政管理體製，實行職能轉換和結構優化。珠三角地區利用好國家給予的科學發展模式試驗區和深化改革先行區兩把“尚方寶劍”，積極開展體製創新是區域經濟一體化的關鍵舉措。
首先，明確政府定位，把政府職能轉換到促進區域經濟一體化的要求上來。全麵推進政企、政資、政事、政府與市場中介組織分開，市場、企業、社會組織和政府各司其職。凡是能夠由市場機製調節的事，堅決放給市場；凡是應由企業自主決策的事，一律交還企業；凡是能夠由社會組織解決的事，積極移交社會組織管理；凡是應由政府承擔的職責，要切實履行好。政府要把精力集中到落實國家宏觀調控的政策措施，改善發展環境，推動經濟發展，促進就業和社會保障，加強市場監管，規範市場秩序，加快社會事業發展，切實保護生態環境等方麵上來，建設公共服務型政府。
其次，根據經濟功能區布局和區域內經濟社會協調發展要求，改革現有財政收支體製，完善政府考核獎懲製度。讓地、縣、鎮行政主體轉變發展方式，不要為賺錢而發展，因為這樣的發展往往是破壞性的發展，飲鴆止渴不可持續的發展。而要在發展中去賺錢，隻要是實現了又好又快的發展，或者說為整個區域內又好又快發展做出了貢獻，即使在自己本行政區劃內的具體發展行為沒有賺到錢，也能獲得其他行政區域的補償以及上一級行政區域的劃撥。對於領導幹部的考核評價體係也要從這一方麵著力。這樣，地方行政主體就有了明確而科學的行為導向。
最後，在有可能的情況下，進行行政區劃的調整和行政層級的改革。適應產業集聚、產業鏈協作的要求，適時進行區域內行政區劃的調整，使得行政區劃盡可能與經濟區劃重合。同時，本著減低行政成本，加大服務效能的要求，穩步進行地方行政層級的壓縮，條件成熟的城市可以實行一級政府三級管理，改區政府、街道辦事處為政府派出機構，實現扁平化管理。