整份文件的末尾，袁世凱批道：“各條內多有幹涉內政侵犯主權之處，實難同意。”
第二天（1月19日），袁世凱召見軍事顧問日本人阪西利八郎，憤慨宣布：“日本竟以亡國奴視中國，中國決不作朝鮮第二。”
二
據說，袁世凱臨死的時候曾感歎：“日本去一大敵矣。”誠如所言，袁世凱一生與日本為敵，日本也始終視袁世凱為大敵。
日本是近代侵略中國最多、危害中國最深的國家，愛國之人無不視日本侵略勢力為敵。袁世凱仇視日本，完全是出於愛國義憤。袁世凱生父和嗣父雙亡後，曾由叔父袁保恒撫養。袁保恒在西北任職，就將袁世凱帶到了西北。當時西北正組織全民動員，軍民踴躍奔赴抗俄前線；左宗棠率領清軍，深入不毛之地，清除分裂勢力殘餘，逼迫沙俄勢力退出侵占的中國領土。這些事情給少年時期的袁世凱以很大影響。
袁世凱從軍後的第一次大行動，或者說袁世凱政治生涯的起步，就是入朝抗日。1882年，日本人利用朝鮮高宗李熙生父、大院君李罡應和明成皇後閔氏之間的矛盾煽動了“壬午兵變”。朝鮮向清朝求援。袁世凱所在的慶軍被派遣入朝平亂。在朝鮮，青年袁世凱與日本勢力死纏惡鬥了12年，彼此結下了深仇大恨。
袁世凱在朝鮮，先是參與設置鴻門宴，將大院君逮捕，押送到國內保定關押，後又馬不停蹄返回朝鮮，隨軍將日本人趕出朝鮮。事畢，袁世凱留駐漢城，主動向朝鮮高宗皇帝提出要幫朝鮮練兵自強。袁世凱用英德近代方法幫助朝鮮組建了幾千人的禁衛軍，軍容整齊、戰鬥力強，受到了高宗李熙的讚揚。兩年後，袁世凱指揮慶軍一半人馬留駐朝鮮，成為清朝勢力在朝鮮的實質代表。
1884年12月，日本人趁中法戰爭爆發之際，慫恿部分朝鮮官員叛亂和日本軍隊一起發動“甲申政變”，入宮劫持高宗，又矯詔殺害了許多大臣。局勢不明，敵我力量懸殊，袁世凱當機立斷，認為事情的關鍵是高宗皇帝被日本勢力劫持，首先要奪回皇帝。袁世凱不顧部下反對，先斬後奏，集合所有清軍攻進皇宮，迅速擊潰日軍，救出高宗，粉碎了政變。為了有效控製朝鮮，袁世凱甚至卷起鋪蓋住到高宗皇帝的隔壁，和皇帝一起接受大臣的彙報，處理朝鮮政務，指揮文武官員，成為事實上的“監國”。日本人對袁世凱恨得牙癢，“以執政親中國，疑朝鮮拒日，皆中國駐朝總辦袁世凱所為，殊怨袁”。於是日本政府“憾之刺骨，百般排陷之”，多次照會清廷，指責袁世凱挑釁多事，要求清政府查辦。
1885年，伊藤博文親自與李鴻章交涉，要求懲辦袁世凱。袁世凱一度心灰意冷，離開朝鮮。半年後，袁世凱再次受命護送大院君回朝鮮主政，第二次踏上朝鮮的土地，出任駐朝商務委員。袁世凱入朝強力恢複“監國”地位。此次，朝鮮局勢更加複雜，親日勢力高漲，部分勢力則借助西方列強力量希望製約清朝。袁世凱在朝廷投入極其有限的情況下，隻能在禮儀、外交等方麵勉力維持中國和朝鮮傳統的宗藩關係。勉強堅持到1894年，日軍借口鎮壓東學黨起義增兵朝鮮與清軍對峙。中日戰爭一觸即發，袁世凱處境惡化，一方麵是朝鮮國內的反清勢力敵視他，一方麵是對他恨之入骨的日本人到處宣揚要殺掉他。日軍甚至把大炮瞄準了袁世凱的官署。袁世凱依然盡職地拜訪日本公使，奉勸日本撤軍，但遭到日本拒絕。未幾，朝鮮在日軍的逼迫下宣布為獨立國。袁世凱工作正式失敗，悲壯地致電李鴻章：“倘若朝廷決定對日作戰，則請先撤回在朝鮮的使署人員，世凱以一身報國，無所畏懼，但恐有辱使命，有損國威。”1894年6月15日，袁世凱黯然回國。6天後，日軍擄去高宗，朝鮮停止向中國進貢。朝鮮局勢滑向了戰爭，袁世凱最終敗給了日本。
袁世凱回國後負責編練北洋新軍，明確不招收日本軍校畢業生，寧願舍近求遠進口德國武器裝備和軍事技術，對低廉方便的日本軍火不屑一顧。看著袁世凱在晚清和民國政壇的崛起，仇視袁世凱的日本政府如鯁在喉。袁世凱出任清朝內閣總理時，日本人策劃了截車炸車、襲擊官邸的計劃，企圖暗殺袁世凱，沒有成功。辛亥革命時，日本又夥同沙俄趁火打劫，出兵滿蒙，一個要殖民東北，一個策劃蒙古獨立。袁世凱派人去蒙古查辦，鎮壓叛亂，還查獲了日本向喀喇沁王提供的軍火。民國初年，北京政府缺錢缺人，但袁世凱四處向英國、法國等歐洲列強尋求援助，就是不對躍躍欲試想借機擴大在華影響的日本伸出橄欖枝。