第四號要求徹底改為：“按左開（注：條約是從右到左豎寫的）要領中國自行宣布所有中國沿岸、港灣及島嶼，概不讓與或租與他國。”
對於關鍵的第五號要求，日本的修正案用換文和雙方代表的“言明”來代替。
有關南方鐵路問題，日本在換文中提供了兩個選擇方案：“對於由武昌聯絡九江、南昌路線之鐵路，又南昌至杭州及南昌至潮州之各鐵路之借款權，如經明悉他外國毫無異議，應將此權許與日本國”或“對於由武昌聯絡九江、南昌路線之鐵路及南昌至杭州、南昌至潮州各鐵路之借款權，由日本國與向有關係此項借款權之他外國直接商妥以前，中國政府應允將此權不許與何外國”。有關福建沿海島嶼問題，修正案以換文形式要求中國政府允諾，“無論何國”都不許在福建沿岸建設造船廠、軍用蓄煤所、海軍根據地和其他一切軍事設施，中國政府不能以外資在該地建造上述設施。
另外，修正案要求中國外交總長“言明”：中國政府認為必要時，應聘請多數日本人顧問；中國政府“允準”日後日本國臣民在中國內地為設立學校、醫院而租賃或購買地畝；中國政府派遣陸軍軍官到日本，與日本軍事當局協商采買軍械或設立合辦軍械廠之事。日置益則代表日本“言明”：“關於布教權問題，日後應再行協議。”中國接受修正案後，日本歸還膠東港。
這個修正案盡管作了有限的讓步，依然嚴重侵犯了中國主權和利益。日本亡我之心不死。
經過五天的考慮，中國外交部在5月1日回絕了修正案，提出了“反修正案”，並且聲明這個方案是中方的最後決定。中國政府對第五號有關的所有內容，全部拒絕，對其他四號中的要求也提出了修改。中國政府允許日本人在東北南部居住、經營、租地，但不允永租，並要求日本人服從中國法律，和中國人一樣交稅，一旦出現爭論歸中國官吏審判；拒絕在內蒙古東部地區和日本合辦農業及工業；要求日本無條件歸還膠州灣，中國要參加日德和談，更要求日本政府承擔日德山東戰爭對中國造成的損失。在反修正案中，中國也作了有限的讓步。
國恥紀念日
一
中日雙方的底線都暴露給對方後，交涉進入了簡單的、是與否的“問答階段”。
為了向內外交困的袁世凱政府施加壓力，日軍以換防為名向大連、青島及塘沽等地增派軍隊，進行武力威脅。但到5月4日、5日，袁世凱堅持“凡屬中國能夠讓步者，均已作了讓步，但慮及中國主權和與其他外國條約之關係以及國內輿論沸騰等，終不能再作更多之讓步”。中國國內的反日情緒和國際輿論壓力也到達了巔峰。日本元老派對內閣的二十一條要求讓國家陷入不利局麵，尤其是第五號要求嚴重惡化中日關係，導致日本在華經濟損失，十分不滿。他們對內閣失望之餘向天皇施加壓力，於是5月6日的日本禦前會議由天皇“聖裁”，決定削除最關鍵、讓中國反映最激烈的第五號要求。二十一條中最有殺傷力的第五號要求，因為日本的主動撤銷，走進了曆史。
第二天（5月7日）下午3時，日本駐華公使日置益在整整交涉了110天無果以後，主動造訪外交總長陸征祥，拿出了檔案名為《覺書》的最後通牒。
《覺書》要求除第五號各項“日後另行協商”外，限中國在48小時內完全接受4月26日日本修正案的其他所有內容。日置益警告說日本在華軍隊已經蓄勢待發，“如到期不受到滿意之答複，帝國政府將執認為必要之手段”。此前，日本政府頒布關東戒嚴令，命令山東、奉天（遼寧）日軍備戰。日本軍艦遊弋在渤海，對中國政府進行赤裸裸的武力威脅。