戚繼光和他所率領的後續部隊，要到第四日才進入海州城，第一撥海路先鋒也到達了。這時嘉靖入南京的消息已經傳開，海盜們聽到消息躍躍欲試，都想打完了北京城，再到南京去逛逛也不錯，戚繼光這一派將領卻頗懷隱憂。李彥直讓他們去打俺答、打海賊，他們都會毫不猶豫地奉命，但要讓他們去打嘉靖這個“太上皇”，他們未必會抗命，但心裏難保沒有疙瘩了。風啟察覺到他們這樣的想法，心道：“都督所謀甚當，若是真驅遣他們去攻打南京，隻怕我軍亦有隱憂。”
李彥直就在海州升帳，諸將個個臉色沉重，隻是一時都不敢開口，最後才由戚繼光問李彥直是否準備“前往南京”。這“前往”一詞用得也算委婉了，李彥直睨了諸將一眼，用一種訓斥的語氣大聲說道：“咱們是國家的軍隊！為國捍邊、為民除賊才是我們的份內事，至於皇帝的家事，管那麼多幹什麼！”
諸將一聽，全都直了直背脊，心頭都是一震。武將不得幹政，這一點明朝對兵將們本來灌輸得很充分，隻是李彥直此刻又有兵又有錢，又遭逢如此大變，許多將領便忍不住躍躍欲試起來，都想主帥會否趁機取“大富貴”呢？不料得到的卻是李彥直義正詞嚴的回應。
“我們這支大軍之中，有許多是在北京抗胡逐盜時臨時招募的，有一些甚至本來就是胡人、水手出身，可這些都已經是過去了，現在我們的身份是大明海軍都督衙門所部將兵，是國家的軍隊，是領了朝廷的命令到東南來平滅海寇、整頓海防、守衛海疆的，至於那些未經廷議的亂命，管他是皇家權貴也好，士林大臣也好，都無須理會。聽清楚了嗎？”
諸將一起應道：“聽清楚了！”
戚繼光等心懷忠義的將領自得李彥直這番訓斥，先是一陣慚愧，慚愧自己看低了李彥直將他當成軍閥之流了，跟著又是一陣感動，再跟著便是內心深處的欣喜，欣喜的卻是自己能攤上這麼個好上司。不過，仍有謹慎點的將領擔心皇家爭端遲早會波及海軍都督府。
“不要理那麼多，隻要大夥兒好好統兵，好好打仗，上麵不管發生什麼變故，什麼風險，都有我給大夥兒頂著。”李彥直說這幾句話時充滿了自信，加上他的累勝之威，霸氣自然而然就出來了。
諸將一聽齊聲應好，這些人大部分都是直腸直肚的漢子，對那些文官搞的權謀都頗為反感，所以李彥直的這個決定便得到了他們的由衷讚同。
諸將歸心之後，李彥直這才分派兵船戰馬，準備陸續進駐上海，卻又將戚繼光單獨叫了來說：“元敬，當初我們在北京征兵練兵，你曾說那裏的兵源極不理想。隻是當時我們既沒權，又沒錢，更沒時間，所以隻能將就。現在帶的這支隊伍，陸戰部隊說精銳那是和那些衛所贅兵比，其實隻算堪戰，至於海戰部隊，紀律又還不夠嚴明。現在我們錢糧和權力都有了，我便想在打擊海盜的同時，把這支大軍好好整頓整頓。”
戚繼光問：“李都督想如何整頓。”
李彥直道：“我想雙管齊下，分兩路進行，一邊是整頓舊軍，一邊再籌建一支適合東南氣候、地形的新軍。到上海之後，整頓舊軍方麵我會負責，你則去在東南幫都督府挑選一批良好的兵種子回來，訓練一支新軍。到時候我來做總督導，你做副總督導。”
戚繼光用兵傾向於未戰之前，先練精兵，並不推崇在戰場上使奇謀秘計，所以他對選兵、練兵、選將、練將都有一套自己的看法，李彥直委以此任，如何不叫他大生知己之感？雙拳重重一抱：“都督，屬下領命！”
李彥直便給他配備了關防印信，屬吏從幕，又撥了一批銀兩給他，說道：“軍餉方麵不用擔心，我會想辦法。武器方麵我也會購買，我到上海之後還會籌建一個軍械工坊，如果你需要創製新的武器，到時候可以交代軍械工坊承辦。”