1798年拿破侖率領法軍入侵埃及，這次出征慘遭失敗。雖然拿破侖的軍隊在陸地上取得了全盤勝利，但是納爾遜統率的英國海軍摧毀了法蘭西共和國艦隊。1799年拿破侖放棄了他在埃及的軍隊，返回法蘭西共和國。
拿破侖回到法蘭西共和國發現人們記憶猶新的是他指揮意大利之戰的成功而不是出征的潰敗。拿破侖利用這一優勢，一個月後就與其他人一起發動了一次政變，宣告成立一個新政府——執政府，他任政府的第一執政。雖然拿破侖主持製定出一部完備的憲法，並為民眾投票通過，但那隻不過是他實行軍事獨裁的一付假麵具，他很快就戰勝了政變中的其他同謀者。
因此拿破侖飛黃騰達的速度令人吃驚。1793年8月在土倫包圍戰之前他隻不過是個無名鼠輩，一個24歲的非完全法蘭西共和國血統的小軍官；6年以後，年僅30歲的他就成為法蘭西共和國無需爭辯的君主，他在君主的寶座上一坐就是14年多。
拿破侖在執政期間，對法蘭西共和國的行政和法律體製進行了重大的改革。他改革了法蘭西共和國的金融結構和司法製度；創辦了法蘭西銀行和法蘭西大學；實行了法蘭西共和國行政的中央集權製。雖然其中的每項改革對法蘭西共和國本身產生了重要的而且在某些方麵是持久的影響，但是對世界上的其他國家沒有什麼影響。
但是拿破侖所進行的改革中有一項肯定遠遠地超過了法蘭西共和國國界，這就是創編了法蘭西共和國公民法典，著名的《拿破侖法典》。
這部法典在很多方麵體現了法蘭西共和國革命的理想。例如，在法典麵前人人無血統特權，在法典麵前人人平等。與此同時法典還與過去的法蘭西共和國法律和風俗相近到足以使法蘭西共和國大眾和法律界接受得了的程度。總之，法典穩健適度，條理清晰，簡潔明了，令人誇口稱頌。因而法典不僅在法蘭西共和國一直得到實施（今日法蘭西共和國的民法與原版的《拿破侖法典》明顯相似），而且經過局部的修正也為其他許多國家所采用。拿破侖一貫主張的方針就是做革命的保衛者。但是1804年拿破侖卻正式宣布自己為法蘭西帝國皇帝，而且還讓他的三個兄弟在歐洲的其他國家登極。他的這些行為無疑引起了一些法蘭西共和國人的憤恨——他們認為這樣的行為是對法蘭西共和國革命理想的徹底背叛——但是拿破侖所麵臨的唯一嚴重的困難卻是來自對外戰爭。
1802年拿破侖在亞眠與英國簽訂了一項和平條約，目的是使法國在曆經10多年連綿的戰爭後有個喘息之機。但是翌年和平條約就被撕毀，法蘭西與大不列顛及愛爾蘭聯合王國及其同盟國之間發生了一係列長期的戰爭。雖然拿破侖的軍隊在陸地上不斷地贏得勝利，但是不打敗大不列顛及愛爾蘭聯合王國的海軍就無法征服大不列顛及愛爾蘭聯合王國。
1805年拿破侖時運不濟，在特拉法爾加海角上一場決定性的戰役中，大不列顛及愛爾蘭聯合王國海軍勢如破竹，取得了徹底勝利，此後大不列顛及愛爾蘭聯合王國基本上取得了海上的控製權。雖然拿破侖僅在特拉法爾加海角戰6周後大破奧俄聯軍，取得了極其輝煌的勝利，但是也未能真正補償他那海軍的重大慘敗。
1808年拿破侖使法蘭西帝國卷入了在伊比利亞半島上的一場長期而無目的的戰爭，使法軍多年陷入困境。但是拿破侖鑄成的致命大錯是他的征俄之戰。1807年拿破侖會見俄國沙皇，簽訂了提爾西特協議，發誓要建立永久性的友誼。但是亞曆山大一世拒絕接受其大陸政策使這種聯盟逐漸出現了惡性分裂，1812年拿破侖率大軍入侵俄國。
戰爭的結局為人所共知。俄國部隊在一般情況下避免與拿破侖進行對陣戰。於是他得以迅速出擊，到9月份就已經占領了莫斯科。但是俄國人點燃起漫天大火，幾乎使全城化為灰燼。拿破侖在莫斯科等待5個星期，求和的希望也化為泡影，於是終於決定撤軍，然而為時已晚。俄國的軍隊以逸待勞，俄國的冬天殘酷無情，法軍供給短缺，這一切立刻使法蘭西帝國士兵心驚膽戰，亂作一團，相互踐踏，結果能活著逃命者還不足十分之一，麵對如此情況，拿破侖又一次離開了自己的軍隊，隻身返回法國本土，即刻組建軍隊準備迎擊那些隨時有可能背叛法國的人。
不出所料，奧地利和普魯士都認識到現在是他們擺脫法蘭西帝國的妙時良機。他們會師共同攻打拿破侖。1813年拿破侖在萊比錫戰役中又遭到了一次毀滅性的失敗。翌年他宣告辭職，被放逐到意大利沿海的一個小島——厄爾巴島上。這裏不應該是他人生的終點，作為一個影響了整個歐洲的領袖，這樣地離開自己的舞台並不光彩。他要與命運抗爭，要與他的人民在一起。
1815年他從厄爾巴島奇跡般地逃回法國。在法國他不費一槍一彈奪回了帝位，歐洲的列強們驚奇了，恐慌了，害怕了。麵對這樣的威脅，歐洲列強再次對他宣戰。1815年6月18日，滑鐵盧成了拿破侖最終謝幕的舞台。滑鐵盧之戰後拿破侖被大不列顛及愛爾蘭聯合王國人囚禁在南大西洋的一個小島——聖赫勒拿島上，於1821年因患癌症在那裏死去。