就在朱元璋兵勢大張之際，郭子興卻陷入危局。原來兩虎終於難共一山，正像朱元璋所預測的那樣，彭大與趙均用火並，彭大被幹掉。郭子興落入老對頭的手裏，隻因趙均用顧忌朱元璋在滁州的三萬兵力，才沒敢動手收拾郭子興。郭子興不安於位，請求趙均用放他去守滁州。朱元璋也派人花錢買通趙均用的左右，讓他們幫郭子興求情。趙均用居然恩準，郭子興逃出虎口，帶領自己的一萬人馬來到滁州，朱元璋交出兵權，重受郭子興節製。郭子興眼看自己兵勢大盛，隊伍旗幟鮮明，軍容整肅，不禁大喜。
厚黑手段與精明頭腦
按理說，朱元璋現在是郭子興手下最大的功臣，理應加官進爵，專心倚任：現在郭子興麾下四萬軍隊，四分之三是朱元璋手創。然而，傳統中國的人際關係就是這麼奇怪，朱元璋功勞越大，郭子興對他的感覺就越複雜。這個幹女婿的能量實在出乎他的意料。這個小部下當初隻帶了二十四名親兵出來開辟根據地，他還曾經擔心是否會有去無回，讓他幹女兒守寡。做夢也想不到短短一年多，朱元璋就將三萬訓練有素的大軍拱手奉上。而他經營了這麼多年，才不過一萬多人馬。兩人能力高下，豈不一目了然？
所謂功高震主，一支隊伍中隻能有一個核心，一個權威，一個效忠對象。朱元璋功勞太大，太得軍心，郭子興坐享朱元璋的經營成果，心裏感覺不那麼踏實。所以他遲遲不給朱元璋晉升，反而還不斷找他的毛病。郭子興的兩個兒子郭天敘、郭天爵也同樣是心胸狹窄之輩，不想讓這個幹姐夫搶了自己的風頭，一有機會就風言風語地挑撥幾句。朱元璋的前部下中也有人看風頭不對，在郭子興麵前挑撥離間，彙報朱元璋獨立帶兵時的種種過失。
郭子興本來對朱元璋就不放心，再加上眾口鑠金，怎麼看朱元璋怎麼別扭，因此開始刻意打壓朱元璋。他先是把朱元璋身邊幾個親信的將校和幕僚全部調走，接著又剝奪了朱元璋的實際權力，“自是四方征討總兵之權”，朱元璋“皆不得與”，年紀輕輕就退居二線了。關係最惡化的時候，郭子興甚至因為一言不和，把朱元璋關了起來，不讓他出門，全靠妻子馬氏幾次偷偷給他送吃的。有一次馬氏將剛剛烤熟的烙餅揣在懷裏給他送去，把胸口燙紅了一大塊。這塊疤痕，使得朱元璋後來對這個結發妻子終生保持尊重。
雖然是自己手創的軍隊，但一旦交出兵權，朱元璋發現自己居然一無所有。朱元璋當然氣憤，當然鬱悶，但以他對人情世故的通透，他一下子就看透郭子興的內心。雖然有自己練出的三萬士兵做後盾，朱元璋並不想和郭子興鬧翻。因為農民的宗法意識是根深蒂固的，他朱元璋再能幹，也是郭子興的女婿和部下。以下犯上，以小反大，不管他多麼有能力，也會立刻為千夫所指，人心喪盡。以他的資曆、年齡、地位，他還是必須得依靠郭子興。
朱元璋知道怎麼贏回郭子興的信任。郭子興對他越過分，他就越加恭順謹慎。都說女婿是半子，他這個幹女婿卻把自己完全擺到孝子的位置，君要臣死，臣不得不死。父要子亡，子不得不亡。朱元璋任打任罵，從不發一句怨言。你越是懷疑我，我越是對你忠心耿耿，你不讓我管事，我就老老實實在家裏替你管家。你讓我帶小隊出征，我就拚命打仗，一往無前。所謂路遙知馬力，日久見人心，時間長了，郭子興一家上下都感覺對不住朱元璋。
郭子興也感覺不用朱元璋，自己做事總不大順手。其他人出的主意，總不如朱元璋高明，判斷事情，總沒有朱元璋清楚。加上左右親信也開始為朱元璋說好話，幾個月後，他終於消除了對朱元璋的懷疑，重新加以任用。朱元璋再度成為郭子興手下最有發言權的將領，郭子興大事小情，多都以朱元璋的意見為轉移。