太祖……創製立法，至精大備，明明典則，貽厥子孫……真萬代之龜鑒。列聖相承，二百四十七年以來，海內晏如……實我皇祖德澤，法度纏綿而鞏固之……我皇祖經世大法，該而核，簡而要矣！
在這樣強大的恪守祖訓的政治傳統之下，表麵上看，黃冊製度一直運行下來，而且規矩依然森嚴。黃冊庫初建時，隻是在湖中的舊洲島上建有少量庫房。隨著黃冊每十年一造，每次彙送戶部約六萬冊，新舊並存，冊庫也每十年增建約三十間。所以後湖中的冊庫與黃冊，逐漸增多，布滿了舊洲、新洲、中洲等各島。
洪武二十四年（公元1391年）有冊庫34間黃冊五萬餘本。萬曆三十年，增長到667間。到明朝滅亡前夕，後湖共收貯黃冊達一百七十九萬餘本。正如後湖管冊官、南京戶部主事計宗道在一首詩中所形容的：“九州圖籍歸天府，萬載珍藏亦富哉。”這樣巨大的規模，在當時世界上是罕見的。
自明洪武十四年（公元1381年）起，至清兵攻陷南京，黃冊庫的工作前後二百六十多年從未間斷。不論從它保管整理的檔案的數量和文件利用的頻繁程度，還是從它本身各種規定嚴密的工作製度，後湖黃冊庫都是當時世界上最偉大的檔案館之一。
但事實上，明代中後期，黃冊製度其實隻剩下了空殼。
“祖訓”遠沒有朱元璋所說的那樣盡善盡美。某些朱元璋製造的“土法上馬”又異常強大的政治機器，隻有他這樣的政治強人才能開動得起來，而他的後世子孫們根本沒有那樣的精神力量去操縱。於是，雖然人們仍然要保留祖製的外殼，不敢稍稍觸動，但形勢的變化使得這個外殼已經毫無意義。
“祖製”演變成一具可怕的政治僵屍。黃冊製度就是這樣。明代中後期，黃冊製度已經演變成了一個可笑的政治笑話。
首先，庫內的黃冊數量雖然迅速增加，但質量已經大大下降，甚至徒有其表而已。
朱元璋製定的明確而嚴格的黃冊製造質量標準在洪武、永樂年間得到了貫徹。這兩朝的黃冊後來被人稱為“銅版冊”，就是說它堅固厚實，有如銅版。然而明代中期之後，各地造黃冊，已經不再遵守原來的規定。嘉靖三年，南京吏科給事中彭汝實這樣說：
各庫黃冊式樣大小不一，中間全損亦殊。大抵體裁最闊大者多損，體裁稍窄小者多全。蓋惟闊大則翻閱既難，曬晾不便，收藏搬運之際，亦未免於損破矣。（《後湖誌》卷十）朱元璋規定必須使用厚實白綿紙造冊，然而明中期以後，許多地方為貪汙經費，專門以脆薄的劣質紙張造冊。更有許多在造黃冊時動了大量手腳的底層官員為了毀滅罪證，特意使用容易被蟲蛀的上過粉的紙來造冊，裝訂時又違反規定，使用大量麵製漿糊。這樣，黃冊送到後湖之後，不久就會被蛀蝕一空。
這一著很奏效，明代中期之後，後湖黃冊庫經常發生黃冊“通架蛀光”
的情況。弘治三年（公元1490年），黃冊庫共有七十九萬二千九百餘冊，但其中殼麵不存，不同程度被蟲蛀或腐爛的已達六十四萬七千三百冊之多，占81%以上。（《後湖誌》卷九，《為補造蟲蛀黃冊以備清查事題本》）不但用紙嚴重違反規定，內容也越來越敷衍塞責。朱元璋本來要求是正楷，後來卻普遍是“字跡潦草，行款參差”。
這種狀況所反映的，絕不僅僅是基層胥吏們的貪贓枉法，更反映出官僚體係整體的敗壞。否則，如此明顯的不合呈式之處，各級負責審核的官員何以不能發現？後湖收冊官員何以竟能接收？
全縣都是百歲老人
黃冊外表的走樣還不是最可怕的，可怕的是黃冊內容的嚴重不實。
按理說，隨著時間的推移，經濟的發展，人口的上升，明朝總的田地量應該逐漸增長。然而在黃冊中的記載，卻恰好相反——實際負擔田賦稅糧的田地愈來愈少。洪武二十四年（公元1391年），黃冊記載全國的土田總額為八百多萬頃。到了弘治十五年（公元1502年），在黃冊上登戴的全國土田總額隻剩有四百二十九萬二千三百一十頃零七十五畝，一百十一年間，全國土田居然減少了一半。（《後湖誌》卷二）與此相同，明代的人口數，居然也是逐漸下降的。嘉靖八年（公元年）六月，霍韜在修《大明會典》前夕就提出了這個問題。他在給皇帝的奏章中寫道：“洪武初年，戶一千六十五萬有奇，口六千五十四萬有奇。時甫脫戰爭，戶口凋殘，其寡宜也。弘治四年，則承平久矣，戶口繁矣。乃戶僅九百一十一萬，視初年減一百五十四萬矣；口僅五千三百二十八萬，視初年減七百一十六萬矣。”（《世宗嘉靖實錄》卷一O二）也就是說，洪武二十六年（公元1393年）根據黃冊戶口數字的統計，人口已經達到六千零五十四萬五千八百一十二人。但到弘治四年（公元年）造冊時的戶口數目，人口反減至五千三百二十八萬一千一百五十八（萬曆《明會典》卷九，《戶口總數》）。按理，洪武年間兵革初息，弘治時則承平百年，加上貴州等邊遠地區都已經開始納入戶口統計，不可能出現這種情況。這隻能說明黃冊製度已經失去效用。