與大臣們相比，皇帝們文化水準普遍不高，既然辯不過大臣，就動手，好在廷杖製度讓他們能合法地發泄心中的怨氣。
所謂廷杖，就是皇帝看哪個大臣不順眼，就推出午門之外，扒下褲子，打屁股。由於這種方式非常適用於發泄皇帝對忠臣們的深刻怨毒，所以皇帝們屢用不爽，有的時候，廷杖被當成了消滅那些討厭的大臣的一種簡便方式，因為不用經過任何司法程序。
有明一代死於廷杖的官員不可計數。偏偏忠臣對此毫無畏懼，甚至他們還渴望死亡，因為這樣會使他們在忠臣榜上得到最高的榮譽。
東林黨人就是這樣一群忠臣。他們反對魏忠賢，原因不在於魏忠賢的水平太低，也不在於政治見解的不同，而在於魏忠賢的身份。明朝祖製，太監不可幹政。即使魏忠賢真的才略能經天緯地，也不能由他來代天理政。因此，在魏氏掌權之後，各種反對的奏疏就一上再上。
天啟二年（公元1622年），剛剛踏入官場的初生牛犢、新科狀元文震孟上了一道奏折，指責皇帝沒有真正承擔起經國大任：“皇上昧爽臨朝，寒暑靡輟，於政非不勤矣，而勤政之實未見也。鴻臚引奏，跪拜起立，第如傀儡之登場，了無生意。”
文震孟直言不諱地指出了當時政治現象的不正常：雖然皇帝按時上下班，從不遲到早退，可不過就是一具傀儡，被人操縱。
這位新科狀元顯然掌握了曆朝忠臣上書的訣竅，用語尖刻，一針見血，讓人無法回避。魏忠賢見疏大怒，立刻下旨，要對文震孟廷杖八十。然而，朝臣們堅決反對，大力救護，文震孟被免除了廷杖，僅被貶秩調外而已。
通過這一回合，魏忠賢第一次明確認識到，朝廷上下有一股反對自己的巨大勢力。這僅僅是個開始，後來，此類奏疏越來越多。
天啟三年（公元1623年），周宗建上書把魏忠賢比做前朝太監劉瑾，說他禍國殃民，要求立予罷斥。緊接著，給事中劉化弘、陳良訓，禦史方大任、黃尊素等人數次從不同角度直接或間接地攻擊魏忠賢。
天啟四年（公元1624年）六月，東林黨人的代表，左副都禦史楊漣上書曆數魏忠賢二十四條大罪，指責魏忠賢奪皇帝之權，恣意專擅；指責魏忠賢擅改成例，破壞法度；指責魏忠賢僭越，出行時儼然是天子的派頭。
這一上書，實際上成了東林群臣對魏忠賢發起總攻的動員號令。六、七、八月，彈劾魏氏的奏折蜂擁而至，竟多達七十餘章。從大學士、尚書，到普通的京官，都加入了這一行列。一時間，紫禁城上空烏雲密布。
政治金鍾罩
見到這些鋪天蓋地的奏折，“擔當能斷”的魏忠賢心中真的惶惶無主了。一方麵，他感覺委屈，自己一心一意為大明朝做事，換來的卻是這樣的結果；另一方麵，他也越來越心虛，畢竟，他也知道太監幹政，曆來都是不合正統的。
朝臣們的咄咄逼人，讓他無比明確地感覺到了自己頭上的危險，一旦身敗名裂，等待自己的必然是最慘的下場。然而，權力的滋味讓人一旦嚐了，就絕難舍棄。
魏忠賢是個憑本能生活的人，維護既得利益的本能毫不猶豫地控製了他，他立刻找到了客氏，一起到皇帝麵前去乞求庇護。
和曆朝皇帝一樣，天啟帝對這些朝臣們絕無好感，也不信任。在他眼裏，這些成天板著臉的大臣既陌生又可怕，同時還討厭。而魏忠賢的忠誠他從不懷疑，這個在自己身邊侍候了幾十年的老仆像狗一樣馴服聽話，善解人意，對他關心備至。主仆二人情深誼厚，這種情誼是幾十年共同生活中一點一滴積累起來的，絕難打破。
因此，在魏忠賢和客氏“日夜哭訴”之後，他堅定地站在魏忠賢一邊，同意魏忠賢把楊漣的奏折留中不發，也就是不予答複。同時以皇帝的名義頒旨表彰魏氏的忠與賢，維護魏忠賢的權威。在以後的日子裏，皇帝對魏忠賢的信任從未動搖，他與魏氏風雨同舟，義無反顧地做了魏忠賢的堅強靠山。
對於皇帝的庇護，慷慨激烈的東林黨人毫無辦法。他們可以對皇帝直言不諱，可以一針見血，可以指責，甚至可以諷刺，但對皇帝的決定卻不能不執行。畢竟，皇帝是他們的主人，他們是皇帝的附屬物。雖然皇帝昏庸，然而大明天下是皇帝的私產，他要怎麼處理，奴才們無權幹涉。他們所能做的，隻能是冒死進諫而已。
皇帝的庇護就像金鍾罩、鐵布衫，刀箭不傷。對於這一發現，魏忠賢滿心驚喜。沒想到滿朝“正人君子”黑雲壓城氣勢洶洶的攻擊最後竟然沒損及他一根毫毛。他擦了擦額頭的冷汗，驚魂初定。然而，他沒想到的事還在後頭呢。