不過，"心"雖具本覺智光，心之體性雖然清淨，但由於客塵汙染，無明障蔽，煩惱所惑，眾生並不能見到"心"之實相，心的本有光明不能顯發，眾生遂有輪回之苦。衝熱o堪布才南在《噶舉派之傳承與教義略講》概括了噶舉派的觀點:"心之體性自性清淨，然由客塵所障覆，自己的實相由自己未能明見，一切皆依煩惱之緣起而有六種苦樂，從而呈現為輪回之相。由遠離客塵而明見自身之實相，由依靠清淨之緣起而現證法性勝義之身，其他之顯現，則呈現為色身之莊嚴妙幻。""心性無有垢，變幻由色身所攝，顯現極樂世界，各種壇城變幻，極稀奇之諸變幻，周遍無邊之虛空。""此一心性之諸種子，從中發出輪回和涅盤。""心已由貪等難破之垢所雜染，心由金剛者所輪轉，自性光明從分別中得到解脫，離去貪等垢染，無有能所二取即殊勝菩薩，此已成殊勝涅盤。"
(轉引自《藏傳佛教哲學境界》班班多傑著)
對噶舉派的觀點，一些人提出異議:既然心性本淨，客塵咋能汙染了它?既然心性能汙染，日後雖能除垢，但還是會重新汙染的呀?
噶舉派如是回答:那客塵，並不是從心中突然生出的，客塵之垢跟本淨心性從無始以來就是共住共存的。真心如天空，客塵如雲翳;真心如大海，客塵如波浪;心性如金礦中真金，客塵如金礦中雜質。此外，尚有多種比喻:"萎華有佛、蜂群繞蜜、糠燴更糧、類內真金、貧家寶藏、殼內果種、弊物裹金像、貧女懷輪王、鑄模內金像。由客塵煩惱所障，諸眾生中住彼如來藏。"(《究竟一乘寶性論》)
概而言之，真心與妄心，一時俱有，同時共存，是心性之兩個方麵，一為體，一為用，體不離用，用不舍體，體用一如，故"俱生心性為法身，俱生妄念法身波，境相俱生法身光，心境無別是俱生。"
不過，客塵雖與真心共時同有，但本淨的心性是心的本體，客塵僅僅是客體。其二者的關係，是依附的外在關係，而非本質的內在關係。客塵可除，客塵可破，經過如法的修煉，客塵可以脫離本淨之妙明心。心為客塵障蔽時，即是"迷"之眾生;客塵消除時，即是"覺悟"之佛。故曰:"雖然心之本性清淨，然具客塵時，佛之功德則不可明朗也，離垢時，佛之功德呈現。""眾生皆是佛，然由客塵障;假若破除彼，即是聖佛也。"
(轉引自《藏傳佛教哲學境界》班班多傑著)
故心性有淨垢的雙重性，因此而有了輪回及諸多煩惱，並成為一切之種子，由此生發輪回涅盤等。淨是心的本質，垢是心的汙染，汙染可除，本淨常存。其真如本性雖為蘊、處、界、貪同、嗔、癡等諸多客塵所纏縛，但因其自性清淨，遂為成佛之因，故稱為"如來藏"。
崗波巴大師認為:"法身性空周遍於一切眾生之中，故一切有情眾生即是清靜佛性"，"聖佛即是法身，法身即是性空。性空又無所不遍及，即周遍於一切有情之中";"聖佛之真如與有情之真如無優劣、大小、高低之區別也，故謂一切有情即清靜佛性"。
因為客塵汙染程度之不同，眾生相應地有了不同的種性。崗波巴大師在《解脫莊嚴寶論》中分為五種種性:①、斷滅種性，"雖見輪回諸過患，不生絲毫之哀思，雖聞佛陀諸功德，不生絲毫之信心，無羞無恥無慈悲，造種種罪無憂悔，若人具足此六非，是為斷滅如來種。""或有惟作諸惡行，或惟破壞諸白法，毫毛之善亦不為，與解脫法成絕緣。"此類眾生，以其客塵汙染極重，長劫輪回，曆時久遠，但若能省悟，仍有成佛可能。②、不定種性，隨境而變，隨緣而轉，以其學法因緣，或成聲聞，或成緣覺，或成大乘菩薩，或成外道;③、聲聞種性，"極端懼輪回，信樂於涅盤，悲心甚微小，此乃聲聞性。""見輪回若起大怖，誠信欽慕涅盤道，於利生業不愛樂，具此征者聲聞種。"④、緣覺種性，"深厭輪回欣涅盤，慈悲心小傲慢大，秘密師承喜獨居，識者知為緣覺性。"⑤、大乘種性，"根別體性及名稱，超勝其他之原因，表相及其諸征兆，大乘種性如是知。"大乘種性又分為兩種，一是"自性住種"，從無始以來，其法爾就俱足此種功能之故。一是"習所成種"，此類眾生需勤修善根才能成長佛法。