因香巴噶舉的經典和理論體係沒能廣傳於世，其組織係統也沒能趨於更加完善，故其於開派數百年後漸趨衰微並為史家忽視。
香巴噶舉的多成就師，是它興盛的一個原因;香巴噶舉的少思想家和組織者，也成為它終於衰微的一個原因。
世界性宗教有三個特點:一是產生的創建性，二是教義和信眾的普世性，三是其組織的獨立性。香巴噶舉既沒能廣傳其自成體係的宗教理論以弘揚其精神，又無嚴密的組織形式以穩定其僧侶，更無朝廷的支持以外力形式完善其組織，所以，它沒能像塔波噶舉那樣造成巨大而持久的曆史聲勢。
塔波噶舉正好在香巴噶舉最薄弱的兩個方麵占有優勢，塔波拉傑以其紮實的顯教理論功底著書立說，自成一家，其支派帕竹噶舉等教派又取得過政權。它的世俗權力雖然很有限，但它能使教派在得到世俗支持的同時，將政治所特有的一種相對嚴密的組織體製引入教內以穩定其"隊伍"，所以，塔波噶舉四大八小，卓然成一大派。
寧瑪派的組織雖然相對鬆散，但寧瑪派在廣傳其自成一家的宗教理論方麵卓有成效。有許多人是為其理論所吸引而產生信心進入寧瑪派的。無垢光尊者等寧瑪派大師的理論修養之高和著述影響之大是寧瑪派曆千年而不衰的一個重要原因。當然，在其理論的指導下的修行之殊勝之果，亦是原因之一。
香巴噶舉的教法具備了世界性組織的因素，即它的普世性能為所有的人類接受，而空行佛國、密嚴刹土等又使人類向往彼岸有了可能，其二十四個空行母助行者成道之殊勝，使本尊與行者形影不離，相較於一般宗教之說更有吸引力和可行性。香巴噶舉除了有彼岸世界和終極關懷之殊勝外，更因有了三支法大手印等見地，而使佛國壇城降臨到人間，這已不是離惡)趨善、避凶趨吉、離苦得樂，而是超越了善惡苦樂吉凶等二元對立。所聞本尊咒聲，所見本尊壇城，所行本尊事業，行者隻要如法修煉，則紅塵便是佛國。這非常符合時下提倡的人間佛教宗旨，可以使遙遠的佛國降臨於人間，可產生大悲憫，得到大自在;而對密嚴刹土之向往，又使其信仰有了終極意義。
五、香巴噶舉部分行者的困惑及其原因初探
前不久，我跟一些學者進行了"香巴噶舉文化研究抽樣調查"，結果發現，許多香巴噶舉信仰者，對其宗教哲學相當陌生。那些天，我老是接到電話或是信件。其內容，大多述說其對香巴教法的困惑和懷疑。其疑惑程度，已經嚴重影響到了信仰。我雖然也能與世隔絕地清修，事不關己，明哲保身。但有時的世故和小心，其實是一種犯罪。因為在我們世故的間隙，不知有多少人會失去人身，糊塗而來，糊塗而去。佛說:一失人身，萬劫不複。所以，當事關香巴噶舉教法的清淨和信仰者的信根，需要說話時，我還是要說自己該說的話。雖然我的言行可能會招致一些非議，也可能給別有用心者提供機會--任何時候，不做事者總是會誹謗做事者的--但因為我無求與世，即不想靠信仰換高名，又不想借教法謀大利，倒也不怕別人說啥。跟寫《我的靈魂依怙》一樣，我想做的，僅僅是傳播真理讓人明白而已。所以，我必須說我該說的話。