縱兵劫掠造成了嚴重的惡果，幾乎毀掉了蘇定方的所有戰果。
百濟將軍黑齒常之率先造反。
黑齒常之是百濟一位了不起的人物，身高七尺有餘，身材壯碩，驍勇善戰，富有謀略，是百濟國內一位英雄人物。他官居達率，達率相當於中國的刺史。在戰爭初期，他率軍抵抗唐軍的進攻，但是隨著百濟國王與太子投降，他也放下武器，舉城向蘇定方投降。
唐軍在百濟的劫掠，使黑齒常之義憤填膺，他與十幾名心腹秘密返回治地，收羅舊部，占據任存山，砍伐樹木，結為柵欄，作為軍事基地。黑齒常之的反抗，一呼百應，不到半個月的時間，前往歸附黑齒常之的百濟軍民，達三萬餘人。
這次叛亂的速度之快，令蘇定方措手不及，他急急率軍進攻任存山。兩位名將對陣，黑齒常之憑借所占據的有利地形，挫敗了蘇定方的進攻，唐軍被迫撤退。黑齒常之乘勢發起反攻，收複多座城池，蘇定方派兵與之交戰多次，沒辦法打贏。此時蘇定方準備班師回國，他留下郎將劉仁願及一萬名士兵，鎮守熊津都督府，自己則率唐軍主力，押著百濟國王以及其他官員，渡海返回國內。
唐高宗仍然遵循舊例，赦免了百濟國王夫餘義慈，其餘百濟官員也一概釋放，很好地保持了戰爭中人道主義的立場。同時任命左衛中郎將王文度為熊津都督，王文度便是唐軍第二次西征西突厥時下向程知節奪權，又下令屠殺恒篤城的將領，當時被罷了官，但幾年後又時來運轉，撈了一個熊津都督。王文度雖然是官場不倒翁，不料他渡海剛到百濟，便因水土不服，一病嗚呼了。
此時百濟的叛亂愈演愈烈。
百濟大將福信以及大僧侶道琛在周留城聚眾起事，從日本迎回百濟王子夫餘豐，將他扶立為百濟國王。黑齒常之與他的部將沙吒相如各率一部分兵力，占據險要地形，積極響應福信及道琛的複國運動。
緊接著，道琛率百濟複國軍圍攻鎮守熊津的劉仁願部，此時複國軍已經控製了百濟絕大部分的土地，將唐軍壓迫在熊津一座孤城內，形勢非常嚴峻。
由於王文度的突然去世，唐高宗下詔，起用劉仁軌為檢校帶方州刺史，接管王文度的軍隊。如果不是王文度驟死，那麼劉仁軌就沒機會位列大唐名將的名單中，為什麼呢，因為此時他已經六十歲了，而且之前沒帶過兵。
在唐高宗時代的軍事史上，有一個很突出的特點，就是老將特別多。這些老將有的是在唐朝開國戰爭中就戰功彪炳，如李世勣、程知節；有一些是從軍很久，但老了才成為一方統帥，如蘇定方；還有一些是沒上過戰場，但年邁時不小心成為一代名將，如劉仁軌。當然，從這些方麵我們可以作出這樣一個推論：唐高宗時代的輝煌戰績，乃是繼承貞觀時代所遺留下的龐大的資本，包括人才資本。
先來簡略了解劉仁軌這個人。
劉仁軌出生於隋末，年輕時正逢天下大亂，但他並沒有拔刀上戰場成就名將之路，而是酷愛讀書，在很艱難的戰亂時代，發憤圖強，博涉文史。到了李淵開國之後，劉仁軌因為肚子裏有些墨水，被授予息州參軍，不久升任陳倉縣尉。劉仁軌擔任這個小官好些年，直到唐太宗即位後，發生了一件事，才使得他的命運出現轉折。
當時在陳倉有個折衝都尉，叫魯寧，此人在陳倉縣橫行霸道，其他地方官員都躲他遠遠的。劉仁軌多次警告他，但沒有用，魯寧反而更加趾高氣揚，不把劉仁軌放在眼中，劉仁軌派人將他抓捕，杖斃堂下。這下可不得了，州官把這事報到朝廷，唐太宗大怒，罵道：“這是什麼混賬縣尉，竟敢殺我折衝都尉。 ”下令將劉仁軌押解到朝廷。
但劉仁軌真是幸運，唐太宗親自傳他問話，結果發現此人很有見識，為人正直，不禁暗暗稱奇，不僅未追究其罪，反而授他櫟陽縣丞。
到了貞觀十四年，唐太宗在秋收前準備去狩獵，劉仁軌雖然官很小，但他上表勸阻唐太宗。唐太宗想起了這個曾殺折衝都尉的小官，於是下詔對他一心為國的忠心與勇氣表示嘉獎，並提拔為新安縣令。此後數年，劉仁軌多次升遷，擔任給事中。
在擔任給事中期間，劉仁軌得罪了一個人。這個人是中書侍郎李義府，當時李義府深得唐高宗與武則天的恩寵，權傾朝野。
656年時，洛陽有一個美女淳於氏犯案，被關押於大理獄。李義府見淳於氏美豔欲滴，心生不軌，想把她納為小妾，就暗中囑咐大理寺丞畢正義將她無罪釋放。大理卿段寶玄在複核此案時，發現疑點重重，懷疑有人從中做鬼，便上奏唐高宗，請求重新調查。
唐高宗派劉仁軌調查此事。劉仁軌辦事嚴謹，配合大理寺，將畢正義抓了起來。李義府害怕事情敗露，便以威脅手段迫使畢正義在獄中自縊身亡。雖然線索斷了，劉仁軌並不放棄，在他窮究之下，事情終於水落石出，揪出背後的主謀李義府。不過由於李義府是皇帝與皇後身邊的紅人，最終還是逃過一劫，這件事後，李義府對劉仁軌恨之入骨。
四年後（659年），李義府找準機會報複，將劉仁軌外調為青州刺史。從此，劉仁軌的厄運降臨了。
一年後，唐高宗派出大軍，對高麗發動戰爭。作為青州刺史的劉仁軌負責海上運輸，當時正是逆風，船隊不宜出海，但李義府卻嚴加催促，劉仁軌沒有辦法違抗命令，隻得率船隊出發。船隊在海上被暴風雨打得七零八落，許多船沉入海中，物品人員損失慘重。