太和十八年(494)春，孝文帝回到舊都平城，在任城王拓跋澄等人的協助下，逐漸說服了不願遷都的鮮卑舊臣。年末，由於得知齊明帝弑少帝自立，以維持正統自封的北魏孝文帝準備親自統兵伐齊。出發前，他下詔嚴禁國內士民穿著胡服，“國人多不悅”，鮮卑族臣民對此詔都很反感。
太和十九年(495)，孝文帝親自率兵渡淮河，率三十萬鐵騎，屯兵壽陽。此次出兵倉猝，加上天氣濕熱，士卒疲勞，北魏軍隊基本沒有什麼戰果而言，久攻數城不下。而且，洛陽又處於草創之際，本來就消耗了不少人力、物力，加上軍中後勤供應短缺，又有不少鮮卑貴族反對，孝文帝不得不撤軍。
統一語言
變姓改製
公元495年，孝文帝太和十九年七月，拓跋宏又親下詔令:“今欲斷諸北語，一統正音。其年三十以上，習性已久，可以允許延緩;三十以下，久在朝廷之人，禁止講鮮卑語。如果觸犯，當作降黜。”不久，又下切詔:“不得語北俗之語於朝廷，違者免所居官。”
很快，北魏又依據《漢誌》改革度量衡。年底，孝文帝又廢除了北魏長久以來以貨易貨的交換方式，下令鑄造太和五銖錢，並詔令公私使用。
建成金墉宮後，孝文帝又在洛陽立國子監、太學、四門小學。
太和二十年(496)正月，孝文帝又做出令人吃驚的舉動，他頒布詔書，以為“魏之先出於黃帝，以土德王。夫土者，黃中之色，萬物之元也。拓跋氏改姓元氏。”
不僅改皇族拓跋氏為元氏，對於鮮卑貴臣大姓，北魏孝文帝也下詔改姓:拔拔氏為長孫氏，達奚氏為奚氏，乙旃氏為叔孫氏，丘穆陵氏為穆氏，步六孤氏為陸氏，賀賴氏為賀氏，獨孤氏為劉氏，賀樓氏為樓氏，勿忸於氏為於氏，尉遲氏為尉氏，“其餘所改，不可勝記”。
為了使漢化改革更加徹底，孝文帝又“以範陽盧敏、清河崔宗伯、滎陽鄭羲、太原王瓊四姓，衣冠所推，鹹納其女以充後宮”，並下詔“定諸州士族，多所升降”，品定鮮卑族的穆、陸、賀、劉、樓、於、嵇、尉八姓為與漢族四大姓相仿的鮮卑大姓。
當然，孝文帝也有矯枉過正之嫌。鹹陽王元禧娶隸戶女為妻，孝文帝“下詔切責”，並命令他的六個弟弟重新納娶正室夫人，“前者所納，可為妾媵”。好好的鮮卑貴族女孩，一下子因為此道“命令”而成了小老婆。至此，六王分別娶漢族大姓的女兒為正妻。
其間，還有一個小插曲:孝文帝與大臣廷議，有人詔議薛氏為河東茂族，孝文帝表示不同意，“薛氏，蜀姓，豈可入郡姓!”正巧，當時擔任宮廷執勤任務的羽林監薛宗起正在殿門，聽孝文帝如此說，便氣呼呼地從殿門處直入中堂，入稟道:“臣之先人，漢末仕蜀。二世之後，複歸河東，至今已有六世，非蜀人也!今事陛下於北土，難道以後就是虜姓了嗎?”言畢，年少氣盛的將軍把手中的鐵戟摔在當庭，不顧而出。
孝文帝也笑了。他忙派人召薛宗起回殿，說:“愛卿你說你薛家不是蜀姓就罷了，奈何又擠兌朕為胡虜呢?”於是宣布薛姓為河東郡姓，還鼓勵說:“愛卿名宗起，實為起宗啊。”可見，孝文帝不乏大度、幽默和寬容，少了漢族皇帝的忌刻和陰毒。
太武帝時，崔浩想“大整流品，明辨姓族”，得罪了不少鮮卑權貴，並最終導致他數族被誅。如今，鮮卑帝王自上而下進行漢化，竟然能一舉成功。
當然，孝文帝的“門閥主義”並沒有得到廣泛支持，漢族重臣李衝等人都堅決反對，他們紛紛以“賢才主義”為宗旨，站在士人立場上抵製門閥主義矯枉過正的形式化。但是，中華之事，有時要達至成功，往往需要“矯枉過正”才能行得通。凡事皆有利有弊，孝文帝大興門閥，胡漢高門倒是一泯界限，北朝的“寒人”階層除有武功外，再無寸進之階。因此，武人階層樂於見天下“有事”。原先的六鎮鮮卑將士逐漸喪失了“國人”崇高的地位，見摒於“清流”之外，最終揭竿而起，給北魏皇權造成了致命的重擊。
孝文帝遷都、改姓等等舉措，一直以來並沒有遇到根本性的抵製和反抗，但他的太子元恂卻“以身作則”，首先有驚人之舉。太子元恂“體素肥大，苦河南地熱，常思北歸。”孝文帝賞賜他堂皇漢製朝服，太子元恂隻在上朝時穿穿裝樣子，一回東宮就又換上“胡服”。中庶子高道悅為東宮官屬，常常苦諫，勸他別惹父親不高興，這位十四歲的大胖孩子不僅不領情，內心十分仇恨跟前這位嘮嘮叨叨的大儒。其實，所有這些表現，不過是青春期的逆反心理。放在常人身上也罷，但身為太子，一舉一動就是天大的事情。
公元496年10月的一個晚上，孝文帝外出，太子元恂與左右密謀，召牧馬輕騎，率眾想逃離洛陽，夜奔平城。臨行，他竟手刃高道悅，親自刺死了苦口婆心的屬官。
察見宮內亂起，同為宗室的禁軍首領元儼立刻守住皇宮及洛陽各個城門，元恂畢竟羽翼未豐，東竄西竄，跑到半夜也沒能跑出去。尚書陸琇得知消息，連夜疾馳，奔告孝文帝。
孝文帝“大駭”，又不敢聲張，仍舊繼續按既定行程，到達目的地後才不緊不慢地還宮。回洛陽後，孝文帝立刻把元恂逮至禦前，親手用大棒教訓他。氣急之下，他又令其弟鹹陽王元禧代自己猛揍這個忤逆之子，“扶曳而出，不起者月餘”。喘定後，孝文帝馬上於清徽堂召見群臣，議廢太子。
太子太傅穆亮、少保李衝都是太子名義上的保傅，“並免冠稽首而謝，”表示自己有訓導無方的責任。孝文帝並未遷怒於人，表示:“卿所謝者，私也;我所議者，國也。古人有言，大義滅親。今元恂違反背尊，欲跨據恒朔謀逆。天下未有無君之國，此小兒今日不滅，乃是國家大禍。”於是，廢元恂為庶人，拘於洛陽，“以兵守之，服食所供，粗免饑寒而已。”這位太子身陷囹圄，頗知咎悔，常常一卷佛經在手，很是歸心向善。但是，生於天家，有些過錯絕對犯不得。一年後，孝文帝巡視代地，中尉李彪上奏說太子又與左右謀逆。已經對元恂大感寒心的孝文帝不問真偽，派兄弟元禧攜詔書毒酒，於河陽監所賜死元恂，時年十五，“以粗棺常服”，隨便找個地方在當地埋掉。更可惜的是，他母親白死了，兒子並沒有當成皇帝。