隋文帝趁機廢除梁國，拜在長安的蕭琮為隋朝上柱國，賜爵莒公。雖然二位叔父叛隋，但蕭琮未受牽累，隋煬帝時也甚見親重，改封梁公。由於隋煬帝後期有“蕭蕭亦複起”的譏言，蕭琮才受疏忌，但最後下場是善終於家。
福兮禍所倚。對於陳朝來說，後梁的投附不僅不是好事，反而給了隋文帝楊堅大舉伐陳的口實。當時，陳朝的錢塘縣臨平湖一直因水草淤塞，忽然自開，民間傳言:“湖開天下平。”陳後主聽後“惡之”。依理，“天下平”是天下統一的意思，陳叔寶也知道天下統一的主人肯定不是自己，故而十分鬱悶和憂慮，“乃自賣於佛寺為奴以厭之”，又搞梁武帝“舍身”那一套把戲來欺騙自己。
大臣章華在國家危亡之際，上表極諫陳後主:
昔高祖(陳霸先)南平百越，北誅逆虜;世祖(陳蒨)東定吳會，西破王琳;高宗(陳頊)克複淮南，辟地千裏，三祖之功勤亦至矣。陛下繼位，於今五年，不思先帝之艱難，不知天命之可畏，溺於嬖寵，惑於酒色，祠七廟而不出，拜三妃而臨軒，老臣宿將，棄之草莽，諂佞讒邪，升之朝廷。今疆場日蹙，隋軍壓境，陛下如不改弦易張，臣見麋鹿複遊於姑蘇矣!
書上，正戳中陳後主短處，惶惶不可終日的陳叔寶不僅不幡然悔悟、重新振作，反而羞怒交加，當日就捕殺了章華。
大儒王夫之對此發表感慨:“大臣不言，而疏遠小臣上諫，其國必亡。小臣者，權不足以相正，情不足以相接，驟而有言，言之婉，則置之若無。言之激，則必逢其怒，大臣雖營救而不能免，況大臣之妒忌以相排也乎!”觀後世曆史，此言極當，屢試不爽。
公元588年4月，隋文帝下伐陳詔:
陳叔寶據手掌之地，恣溪壑之欲……驅逼內外，勞役弗已;窮奢極欲，俾晝作夜;斬直言之客，滅無罪之家;欺天造惡，祭鬼求恩;盛粉黛而執幹戈，曳羅綺而呼警蹕;自古昏亂，罕或能比。君子潛逃，小人得誌。天災地孽，物怪人妖。衣冠鉗口，道路以目。重以背德違言，搖蕩疆場;晝伏夜遊，鼠竊狗盜。天之所覆，無非朕臣，每關聽覽，有懷傷惻。可出師受律，應機誅殄;在斯一舉，永清吳越!
同時，又派人“送璽書暴帝(陳後主)二十惡，仍散寫詔書三十萬紙，遍諭江左”，做足了宣傳攻勢。
各方準備充分，諸將安排妥當，隋朝便於公元588年冬以晉王楊廣、秦王楊俊、清河王楊素為行軍元帥，共九大總管(大將)，五十一萬八千士兵，楊廣任名義上的伐陳總司令，八道並出，“東接滄海，西拒巴蜀，旌旗舟楫，橫亙數千裏”，以席卷之勢，大舉伐陳。由於晉朝郭璞有過預言:“江東分王三百年，複與中國合”，隋軍文武，皆懷必克的信心。
陳文帝聽聞北軍前來，還自我安慰:“王氣在此，自有天佑。齊兵三來，周師兩至，無不摧敗。隋軍此行，又能何為!”
都官尚書孔範也馬上附和:“長江天塹，自古以來，限隔南北，今日虜軍豈能飛渡!邊將軍校想邀功，妄言事急，沒什麼大不了的!為臣我常患官小，北虜若渡江，為臣可依憑殺賊之功，將能當太尉的大官了。”朝中眾佞臣，你一言，我一語，互相吹捧，後主聽得高興，深以為然，“奏伎，縱酒，賦詩不輟”。
隋文帝開皇九年(589)正月十五，隋朝大將賀若弼已從廣陵渡江。同時，晉王楊廣大軍也在六合鎮紮下大營。正月庚午，賀若弼又攻拔京口，隋軍南北並進，“緣江諸戍，望風盡走”。辛未，賀若弼軍又進據鍾山，韓擒虎屯軍新林，對建康形成合圍之勢。“陳人大駭，降者相繼。”
當時，建康城內還有十多萬軍隊，但陳後主不懂指揮，“唯日夜啼泣”，大權均委於施文慶。施文慶知道諸將深恨自己，更怕這些人立功後對自己不利，處處抑製軍將，“諸將凡有啟請，率皆不行”。
此前，陳朝大將蕭摩訶數次請兵，趁隋軍立足未穩出擊，皆為陳後主所拒。待建康城被圍成鐵桶一般時，大將任忠、司馬消難勸後主北據蔣山，南斷淮水，堅守建康與隋軍相持，待其師老兵疲後再想辦法破敵。如此關鍵時刻，佞臣孔範不知哪裏生出膽子，想要立大功，他對陳後主說:“司馬消難狼子野心(此人是北來降臣)，任忠淮南傖士，怎能聽這兩個人的話!請陛下下令，我率軍與敵一決，定能成功，博取燕然勒石之青史芳名!”
陳後主好主意不聽，竟聽這麼一個軍事方麵百分百業餘的“狎客”之議，下令諸軍出擊。“諸軍南北二十裏，首尾進退不相知”。
隋朝大將賀若弼聞訊，率輕騎登山，觀察軍情後，以甲士八千人為陣，以待陳軍。
陳軍方麵，隻有大將魯廣達一人率部下兩三千人進戰隋兵，也殺掉隋兵近三百人，“隋師退走者數四”，嚇得名將賀若弼也“縱煙以自隱”。但是，陳朝其餘諸將各懷鬼胎，孔範自不必說，他由一幫親兵圍著處於陳軍核心中的核心，龜縮觀望;蕭摩訶前計不用，又恨陳後主與自己老婆奸通(蕭大將軍已是年過花甲之人，其正妻年齡不會太年輕，陳後主性趣多多，連什麼granny
sex和mature
sex也不偏廢)，故而一直率部下“觀戰”，沒有出力。
剛得小勝的陳朝兵士斬殺隋兵後，紛紛拿著人頭回奔建康城內向後主“領賞”，趁陳兵驕惰，賀若弼指揮隋軍，直朝孔範一軍殺來。兩軍還未交手，孔範縱馬便逃，一時之間，“陳諸軍望見，騎卒潰亂，不可複止，死者五千人”，連大將蕭摩訶也被活捉，軍敗如山倒。
陳朝老將任忠跑得不慢，奔回台城，告知陳後主:“陛下您好好呆著，為臣我無所用力。”後主惶急，拖出兩大箱籠黃金給任忠，讓他出外募人出戰。
任忠帶著兩大箱黃金，一出城就投降了隋將韓擒虎，並掉轉頭帶領隋軍直入朱雀門，為敵前導。陳朝殘軍欲戰，任老將軍大手一揮，“老夫尚且投降，你們還要幹什麼?”眾人聞言，一時散走。
陳後主召集百官，根本沒有人來，隻有尚書仆射袁憲一個人在殿中陪侍左右。陳叔寶長歎:“我平日待卿甚薄，今日深感慚愧。非唯朕無德，也是江東衣冠道盡!”
隋兵四麵八方衝入皇宮，陳後主又驚又怕，準備避匿。袁憲勸說:“請陛下正衣冠，禦正殿，依梁武帝見侯景故事。”陳後主本性怯懦，表示“白刃兵鋒，不知禍福，我還是避一下再說”。言畢，“下榻馳去”。他跟著一幫宮人往景陽殿跑，不大功夫就累得喘不上氣，於是便想投井自盡，侍人蔽井，“陳(後)主與爭，久之，乃得入”。
“既而軍人(隋軍)窺井，呼之，不應，欲下石，乃聞叫聲;以繩引之，驚其太重，及出，(後主)乃與張貴妃、孔貴嬪同升而上。”
有關後主與兩美人投井的描寫，千百年來，大家一直是當作笑談，但從未有對此產生置疑:古代宮中大多是進口狹窄的小井，怎容三人一起龜縮於其中。又有考證說“白蓮閣下有小池，麵方丈餘”，即使如此，後主與兩個美人又是如何“跳入”而不淹死，又怎樣空手扒住那麼濕滑的井壁或池壁的呢?這三人又不是壁虎，手腳無吸盤，井壁直上直下，根本堅持不了多久。再者，後主跳井本意“自殺”，又怎麼能有時間帶著兩個寵妃在井水中“潛水”!種種推斷，皆不能成立。因此，筆者認為，陳後主應該是舉手投降，至於與兩美女投井之說，可能是得勝的楊廣等隋軍編造的故事，一來彰顯這位亡國之君的可恥與可笑，二來凸現隋軍的聲威。而且，這一出編造的故事，也符合陳後主香淫好色的性格。
陳後主是NFDA2蛋，其皇後沈氏卻“居處如常”。張貴妃所生的太子陳深年才十五，也閉宮門而安坐，舍人孔伯魚一旁侍立，見隋軍推門闖入，這位英俊少年安坐不動，神色安祥，並向兵士道辛苦:“戎旅在途，眾位辛苦。”隋軍見陳朝太子如此風度，皆立於原地不敢妄動，一齊向他行軍禮。
晉王楊廣的長史(參謀長)高熲先入建康城，剛剛坐穩，其子高德弘就急忙入見，傳楊廣口訊，要高熲留下張麗華貴妃給晉王。高熲說:“從前薑太公蒙麵以斬妲己，現在豈可留張麗華這樣的禍水!”於是，下令斬張美人於青溪。楊廣聞之大恨。這件事情，也成為日後隋煬帝殺高熲的導火索。
楊廣入建康後，立刻下令，斬殺施文慶、沈客卿、陽慧朗等佞臣，“以謝三吳”。孔範等人當時“過惡未彰”，隋人未知虛實，所以逃過一劫。後來陳朝亡國君臣入長安，壞事逐漸為文帝所聞，把孔範等四個佞臣流放邊地荒僻之所，壞人的下場，也不是太壞。
陳後主被俘前，在建康的陳朝宗室王侯有一百多，陳叔寶怕這些人趁亂自立，都集中在皇宮內一個地方軟禁。這下倒好，後主自己被抓，這些人也一並成為俘虜。接著，隋軍又持陳後主親筆詔諭，到陳朝各地招降，一時俱下，隻有陳宣帝第十六子嶽陽王陳叔慎在湘州起兵抵拒，苦戰數日，被隋軍俘殺，小夥子時年十八。可見，陳家子弟當中，有血性的人還真不多，隻有陳叔慎這一個例外，“情哀家國，竭誠赴敵，誌不圖生”。
至此，陳朝滅亡，隋朝得三十州、一百郡、四百縣，平毀建康宮室。公元589年5月，獻俘太廟，“陳叔寶及諸王侯將相並乘輿服禦、天文圖籍等，以次行列”，向隋文帝楊堅叩拜。隋臣宣隋帝詔書，“責以君臣不能相輔，乃至滅亡”。陳叔寶及宗室、群臣“並愧懼伏地，屏息不能對”。隋文帝統一四海，心中大悅，“既而宥之”，對陳朝亡國君臣，皆饒以不死，並好吃好喝好宅子地養起來。
雖然楊堅把他所篡奪的周朝宗室皇族殺得一個不剩，對陳叔寶一族卻很寬厚，並賞他做三品官，每次朝宴時還怕陳叔寶傷心，囑咐樂師不許演奏江南音樂。不料，陳叔寶奏稱說每次朝會自己沒有官號，要隋文帝給他實封一個官當當。隋文帝苦笑，對侍臣們說道:“叔寶全無心肝。”
聽監守的人說陳叔寶天天喝得大醉，很少有清醒的時候，隋文帝還真為陳後主身體著想，讓監守官員節製供酒，不久，又下令:“任他喜歡供酒吧，否則他不暢意喝酒，日子肯定也過不舒服。”把陳氏宗室子弟分置各州，賞賜土地衣物，派人護衛。
本性嚴酷的楊堅之所以能容忍陳氏子弟存活，主要是這一大家子沒人能對隋朝構成威脅(如果像南唐後主李煜那樣再寫什麼懷念故國的詩詞，說不定早被弄死了)。說來也怪，在南北皇朝迭興、殺戮至慘的時代，隻有南朝陳國五個皇帝及宗室子弟皆得善終，也真是個奇跡。後來，跟隨隋文帝東巡遊幸，陳叔寶還獻詩一首:“日用光天德，山河壯帝居，太平無以報，願上東封書。”稱頌隋文帝功德，表請封禪。隋文帝心中十分快意，他目送陳叔寶下殿時，又歎息說:“如果陳叔寶把作詩和喝酒的心思用於治國，又怎會有今天呢?”
隋文帝仁壽四年(604)年底，陳叔寶因疾善終，時年五十二，竟比隋文帝楊堅還多活了大半年。可笑卻又讓後人深感意味深長的是，陳叔寶死後，被剛剛繼位的隋煬帝追贈為大將軍、長城縣公，諡曰煬。諡法:好內怠政、好內遠禮、去禮遠眾，逆天虐民曰“煬”。誰料十來年後，隋煬帝死後自己也被諡為“煬”，這真是中國曆史上的一個戲劇性事件。為此，唐代大詩人李商隱有《隋宮》詩一首，以抒幽幽悵惋之情:
紫泉宮殿鎖煙霞，欲取蕪城作帝家。
王璽不緣歸日角，錦帆應是到天涯。
於今腐草無螢火，終古垂楊有暮鴉。
地下若逢陳後主，豈宜重問後庭花。
最後，還有一事值得一提。陳叔寶被生俘的時候，隋軍中有一大將名叫王頒，時為開府儀同三司，是王僧辯之子。當夜，王頒親自與兵士一起，挖開陳高祖的陵墓，“焚骨取灰，投水而飲之”，以報三十二年前陳霸先縊殺其父王僧辯的深仇大恨。
倘使死人有知，陳霸先在天之靈，不知作何感想?