當新製度把封國變成了郡縣，把原本分散獨立的“許多國家”（邦國）變成了集中統一的“一個國家”（帝國）時，它無疑需要一個強有力的中央機關。這個機關，錢穆先生稱之為“中央政府”；郡縣機關，則稱之為“地方政府”。這當然便於我們理解，但略嫌“現代化”。要知道，中國古代的政權機構，和現在所謂“政府”，並不一個概念。在嚴格的意義上，前者是不能夠叫做“政府”的，因為它根本就不具備現代政府管理和服務的職責和功能。它隻有一個職能，就是統治，因此也許應該叫做“衙門”，或者中央的叫“朝廷”，地方的叫“衙門”。但這樣也有問題。中央機關不僅有“朝廷”，還有“宮廷”，而所謂“宮廷事務”則既包括國家公務，也包括皇家私事，是“公私不分”的。正因為宮廷公私不分，所以宮廷加朝廷組成的機構，就不好叫做“中央政府”。“衙門”的說法也有問題。地方上的機關固然是衙門（比如縣衙），中央各部院府台又何嚐不是衙門？看來也隻好馬馬虎虎地分別稱之為“中央政府”和“地方政府”。但要說清楚，此政府非彼政府，它們和現代意義上的“政府”有著天壤之別。而且，能不使用這兩個概念時，就盡量不使用。
秦漢時期中央統治機構的製度設計，應該說還是比較合理的。其最為合理之處，就是區分了“宮廷”與“朝廷”，或“皇權”與“相權”。漢製，國家最高領導人為皇帝和宰相。皇帝所處為“宮”（皇宮），辦事機構為“尚”（尚衣、尚食、尚冠、尚席、尚浴、尚書）。這六尚，前五個都是管生活的，隻有尚書和政治有點關係。宰相所處為“府”（相府），辦事機構為“曹”，曹數有說六曹的，有說十三曹的，有說十五曹的，職司則有府史署用、官吏遷除、農桑祭祀、文書奏章、民事訴訟、郵傳交通、穀倉漕運、貨幣鹽鐵、盜賊刑法、兵役武裝等，全是公事。皇帝之尚多為私而宰相之曹全為公，可見在當時人們的心目中，以皇帝為首的宮廷是“半公半私”的（既代表國家同時又是私人），以宰相為首的朝廷才“一心為公”，除了為國家服務以外再也沒有別的作用和意義，是真正的“中央政府”。所以，他們的經費來源也不一樣。朝廷經費來源於大司農掌管的田賦收入。這是大頭，歸政府用，是“公款”。宮廷經費來源於少府掌管的工商稅收。這是小宗，歸皇家用，算是皇帝的“私房”。
這樣看來，漢代製度，大體上還算“公私分明”（但也隻是“大體上”，嚴格說來並不清楚，這才造成後來的問題）。同時，機構的設立，也還算“職權分明”。皇帝是國家元首，主要起象征國家統一的作用；宰相是政府首腦，帶領官員實際管理國家，並負政治上一切實際之責任。打個比方說，皇帝好比是董事長，宰相好比是總經理。總經理之外，還有“監事會主席”，就是禦史大夫。他同時也兼副總經理（副宰相），副手則為禦史中丞，此外還有侍禦史（監察中央）和部刺史（監察地方）。不過國家畢竟不是公司，所以除總經理（宰相）和監事會主席（禦史大夫）外，還有一個管軍事的官員，就是太尉。宰相管行政，太尉管軍事，禦史大夫管監察，合稱“三公”，是王朝的最高官員，共同向皇帝和國家負責。
這種製度，應該說還是蠻合理的。因為在這樣一種製度下，皇帝授權而不負責，宰相負責而無主權，一旦國家有事，皇帝就能夠以授權人的名義責問宰相和政府，宰相和政府也不能不承擔政治責任。這樣，宰相領導的政府就有可能成為“責任內閣”或“問責政府”。如果反過來，皇帝自己授權，同時又自己行政，則一旦國家有事，也就無人負責，無責可問。皇帝負責吧，無人來問（別人不是授權人，沒有資格責問）；宰相負責吧，無責可負（宰相不是負責人，沒有理由責問）。結果大約隻能像隋煬帝，說朕的江山朕自丟，丟了拉倒。除此之外，也隻有三種可能：一是下罪己詔，說什麼“四方有罪，罪在朕躬”，把責任大包大攬認下來，卻並無處分，也無法處分，實際上並不負責。二是找替罪羊，說什麼“君非亡國之君，臣乃亡國之臣”，所有的事情，都是“群臣誤我”，然後挑幾個確有問題或看不順眼的殺掉，實際上仍是不負責任。第三種更糟糕，就是在國難當頭時，說什麼“天下興亡，匹夫有責”，把責任推到老百姓身上，當然是更不負責。一個不負責任和不能負責的政權是必定要垮台的。所以要想政權穩定，君主就不能做行政首腦。用梁啟超的話說，就是“必元首無責任，然後可以責諸內閣”；“必君主無責任，然後可以責諸大臣”。