秦始皇認同李斯的意見。於是下令，除官方藏書、秦國國史和醫藥、卜筮、農作之書外，私人所藏文藝哲學諸子百家之書一律焚毀，有膽敢聚談詩書的斬首，以古非今的滅族。這就是焚書。一年後，秦始皇又因方士侯生、盧生等人拒絕為其尋藥而逃亡，一怒之下活埋儒生四百六十餘人。這就是坑儒。
統一大業使秦始皇名揚千古，焚書坑儒則讓他背上萬世罵名。於是此君便成為中國曆史上最有爭議的人物之一。敬之者恨不能追隨左右步其後塵，仇之者則恨不得鞭屍揚灰食肉寢皮。但秦始皇不知道這些，便是知道了大約也不會在乎。在他看來，有了中央集權和官員代理這兩個製度，又封住了天下人“以古非今”的嘴巴，便完全可以建立一個“永恒的帝國”了。他甚至得意洋洋地說:“朕為始皇帝，後世以計數，二世三世至於萬世，傳之無窮。”(《史記·秦始皇本紀》)這倒也不能說是他狂妄自大。因為障礙已經掃除，製度已經建立，所有的財力、權力和武力都集中在他手裏，正所謂“良將勁弩，守要害之處，信臣精卒，陳利兵而誰何”(賈誼《過秦論》)，他的帝國沒有理由不萬壽無疆。
可惜曆史的車輪並不是由獨裁者的手指頭來撥動的，它甚至並不理會文化人的議論和評說。早在思想家和文學家們拿起“批判的武器”之前，暴政之下忍無可忍的人民便已實施了他們“武器的批判”。陳勝，一個農民的兒子，一個卑微的戍卒，一個被判苦役的人，在走投無路之時揭竿而起，引發了席卷全國的反秦鬥爭。公元前206年，沛公劉邦率領的義軍攻入關中。已經不敢稱帝的秦王子嬰“係頸以組”(絲帶係在脖子上，表示打算自殺)，白車素馬，降於軹道之旁。一個多月後，各路諸侯兵至，項羽殺子嬰，屠鹹陽，一把火燒了皇宮。那熊熊燃燒的大火，據說竟“三月不滅”(《史記·項羽本紀》)。威風八麵顯赫一時的大秦帝國滅亡了。它在曆史上隻存在了短短十五年，而且實際上隻有十二年。秦始皇一死，它就名存實亡;秦二世一亡，它就蕩然無存。但它卻並沒有因此而被人們忘記。一種尚有爭議的說法認為，China即“秦”的讀音。這種說法雖然無法得到確證，卻比其他兩種說法(絲綢和瓷器)更具有象征意義。事實上，在20世紀前漫長的兩千多年間，China確實就是“秦”，是不叫大秦帝國的大秦帝國。因為所有王朝實行的都是秦始皇創立的帝國製度，就連少數民族建立的那些或長或短的王朝也不例外。
百代都行秦政治;而秦王朝政治遺囑的第一執行人，就是漢。